Il s'agit de la commande fastq_masker qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
fastq_masker - Masque les nucléotides avec « N » (ou autre caractère) en fonction de la qualité
DESCRIPTION
utilisation : fastq_masker [-h] [-v] [-q N] [-r C] [-z] [-i INFILE] [-o OUTFILE] Fait partie de FASTX
Boîte à outils 0.0.14 par A. Gordon ([email protected])
[-h] = Cet écran d'aide utile.
[-q N] = Seuil de qualité - les nucléotides de qualité inférieure seront masqués
La valeur par défaut est 10.
[-r C] = Remplacer les nucléotides de mauvaise qualité par le caractère C. La valeur par défaut est « N »
[-z] = Compresser la sortie avec GZIP.
[-i INFILE]
= fichier d'entrée FASTQ. la valeur par défaut est STDIN.
[-o OUTFILE] = fichier de sortie FASTQ. la valeur par défaut est STDOUT. [-v] = verbeux -
rapporter le nombre de séquences.
Si [-o] est spécifié,
le rapport sera imprimé sur STDOUT.
Si [-o] n'est pas spécifié (et la sortie va vers STDOUT), le rapport sera imprimé sur
STDERR.
Utilisez fastq_masker en ligne à l'aide des services onworks.net
