Il s'agit de la commande fdk qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
fdk - reconstruction cone-beam à partir de projections utilisant l'algorithme FDK
Le terme FDK fait référence aux auteurs Feldkamp, Davis et Kress qui ont écrit l'article fondateur
"Practical cone-beam algorithm" en 1984. Leur article décrit une rétroprojection filtrée
algorithme de reconstruction pour les géométries cône-faisceau. Le programme fdk de plastimatch est un
implémentation de l'algorithme FDK.
FDK UTILISATION
Le programme fdk prend en entrée un répertoire d'images de projection 2D et génère un seul
Volume 3D en sortie.
L'utilisation de la ligne de commande est :
Utilisation : fdk [options]
Options:
-Un matériel Soit "cpu" ou "cuda" (défaut=cpu)
-a "num ((num) num)" Utiliser cette plage d'images
-r "r1 r2 r3" Définir la résolution de sortie (en voxels)
-f filter Soit "aucun" ou "rampe" (par défaut=rampe)
-s scale Échelle l'intensité du fichier de sortie
-z "s1 s2 s3" Taille physique de la reconstruction (en mm)
-I indir Le répertoire d'entrée
-O outfile Le fichier de sortie
L'utilisation du programme fdk est mieux comprise en suivant les didacticiels :
fdk_tutorial_i ainsi que fdk_tutorial_ii.
CONTRIBUTION DES DOSSIERS
Trois formats différents de fichiers d'entrée sont pris en charge. Ceux-ci sont:
· Fichiers d'image au format Pfm avec fichiers txt de géométrie
· Fichiers image au format brut avec fichiers txt de géométrie
· Fichiers manuels Varian
Les fichiers pfm et raw sont similaires, en ce sens qu'ils stockent l'image sous la forme d'un tableau de 4 octets
flotteurs little-endian. La seule différence est que le fichier pfm a un en-tête qui stocke
la taille de l'image, et pas le fichier brut.
Chaque fichier image pfm ou raw doit avoir un fichier de géométrie dans le même répertoire que le .txt
extension. Par exemple, si vous souhaitez utiliser image_0000.pfm dans une reconstruction, vous devez
fournir un autre fichier image_0000.txt qui contient la géométrie. Une brève description de
le format du fichier de géométrie est donné dans projet_mat_file_format.
La séquence de fichiers doit être stockée avec le modèle :
XXXXYYYY.ZZZ
où XXXX est un préfixe, YYYY est un nombre et .ZZZ est l'extension d'un type connu
(soit .hnd, .pfm ou .raw).
Par exemple, ce qui suit serait une bonne disposition de répertoire pour les fichiers pfm :
Fichiers/image_00.pfm
Fichiers/image_00.txt
Fichiers/image_01.pfm
Fichiers/image_01.txt
Les fichiers hnd Varian doivent être stockés dans la mise en page d'origine. Par exemple:
Fichiers/ProjectionInfo.xml
Fichiers/Scan0/Proj_0000.hnd
Fichiers/Scan0/Proj_0001.hnd
Aucun fichier txt de géométrie n'est nécessaire pour reconstruire à partir du format Varian hnd.
IMAGE GEOMETRIE
Par défaut, lorsque vous générez un DRR, l'image est orientée comme si la source de rayons X virtuelle
étaient une caméra. Cela signifie que pour un film latéral droit, les colonnes de l'image vont de
inf à sup, et les lignes vont de la fourmi à la poste. Le système Varian OBI produit des fichiers HND,
qui sont orientés différemment. Pour un film latéral droit, les colonnes des images HND vont
de fourmi à poste, et les lignes vont de sup à inf. Une illustration de cette idée est montrée
dans la figure ci-dessous.
[image] Géométrie des fichiers Varian HND.UNINDENT
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