featureCounts - En ligne dans le cloud

PROGRAMME:

Nom

featureCounts - un programme de résumé de lecture très efficace et précis

UTILISATION

featureCounts [choix] -a -o fichier_entrée1 [fichier_entrée2]


Arguments requis :

-a
Nom d'un fichier d'annotations. Format GTF par défaut. Voir -F option pour plus de formats.

-o
Nom du fichier de sortie, y compris le nombre de lectures. Un fichier séparé comprenant un résumé
les statistiques des résultats de comptage sont également incluses dans la sortie (` .sommaire')

fichiers_entrée
Liste des fichiers d'entrée au format BAM ou SAM. Les utilisateurs n'ont pas besoin de spécifier qu'il s'agit de BAM ou
SAM.

Arguments facultatifs :

-A
Nom d'un fichier délimité par des virgules, y compris les noms d'alias de chromosome utilisés pour faire correspondre
les noms de chromosomes utilisés dans l'annotation avec ceux utilisés dans l'entrée BAM/SAM, s'ils sont
différent. Voir le Guide de l'utilisateur pour le format de fichier.

-F
Spécifiez le format du fichier d'annotation fourni. Les formats acceptables incluent « GTF » et
'SAF'. 'GTF' par défaut. Voir le Guide de l'utilisateur pour une description du format SAF.

-t
Spécifiez le type d'entité dans l'annotation GTF. « exon » par défaut. Fonctionnalités utilisées pour la lecture
le comptage sera extrait de l'annotation à l'aide de la valeur fournie.

-g
Spécifiez le type d'attribut dans l'annotation GTF. `gene_id' par défaut. Méta-fonctionnalités utilisées
pour la lecture, le comptage sera extrait de l'annotation à l'aide de la valeur fournie.

-f Effectuez le comptage des lectures au niveau de la fonctionnalité (par exemple, comptez les lectures pour les exons plutôt que
gènes).

-O Attribuez des lectures à toutes leurs méta-fonctionnalités qui se chevauchent (ou fonctionnalités si -f is
spécifié).

-s
Effectuez un comptage de lecture spécifique au brin. Valeurs possibles : 0 (non échoué), 1
(brins) et 2 (brins inverses). 0 par défaut.

-M Les lectures multi-mapping seront également comptées. Pour une lecture multimapping, tous ses rapports
les alignements seront comptés. La balise « NH » dans l'entrée BAM/SAM est utilisée pour détecter
lectures multi-mapping.

-Q
Le score de qualité de mappage minimal qu'une lecture doit satisfaire pour être compté. Pour
lectures appariées, au moins une extrémité doit satisfaire à ce critère. 0 par défaut.

-T
Nombre de fils. 1 par défaut.

-v Version de sortie du programme.

-J Comptez le nombre de lectures prenant en charge chaque jonction exon-exon. Les jonctions étaient
identifié à partir de ces lectures couvrant l'exon dans l'entrée (contenant 'N' dans CIGAR
chaîne de caractères). Les résultats du comptage sont enregistrés dans un fichier nommé ' .jcounts'

-G
Le fichier Fasta contenant le génome de référence utilisé pour générer le SAM d'entrée ou
fichiers BAM. Cet argument n'est nécessaire que lors du comptage de jonctions.

-R Sortir le résultat d'affectation détaillé pour chaque lecture. Un fichier texte sera généré pour
chaque fichier d'entrée, y compris les noms de lectures et les lectures de méta-fonctionnalités/fonctionnalités ont été
assigné à. Voir le Guide de l'utilisateur pour plus de détails.

--plusgrandchevauchement
Attribuer des lectures à une méta-fonctionnalité/fonctionnalité qui a le plus grand nombre de chevauchements
socles.

--minChevauchement
Spécifiez le nombre minimum de bases chevauchantes requises entre une lecture et une
meta-feature/feature à laquelle la lecture est affectée. 1 par défaut.

--read2pos <5:3>
Réduisez les lectures à leur base maximale de 5' ou de leur base maximale de 3'. Le comptage des lectures est ensuite effectué
sur la base de la base unique à laquelle la lecture est réduite.

--readExtension5 Les lectures sont étendues en amont par bases de leur
5' fin.

--readExtension3 Les lectures sont étendues en amont par bases de leur
3' fin.

--fraction
Utilisez un compte fractionnaire 1/n, au lieu de 1 (un) compte, pour chaque alignement signalé
d'une lecture multi-mapping en lecture comptage. n est le nombre total d'alignements signalés
pour la lecture multi-mapping. Cette option doit être utilisée avec l'option '-M'.

--primaire
Ne comptez que les alignements principaux. Les alignements primaires sont identifiés à l'aide du bit 0x100 dans
Champ DRAPEAU SAM/BAM.

--ignoreDup
Ignorer les lectures en double dans le comptage des lectures. Les lectures en double sont identifiées à l'aide de bit
Ox400 dans le champ BAM/SAM FLAG. La paire de lecture entière est ignorée si l'une des lectures est
une lecture en double pour les données de fin appariées.

--countSplitAlignmentsOnly Ne comptez que les alignements fractionnés (c'est-à-dire les alignements avec
Chaîne CIGAR contenant 'N'). Un exemple d'alignements fractionnés est les lectures exon-spanning
dans les données RNA-seq.

-p Comptez les fragments (paires de lecture) au lieu de lectures individuelles. Pour chaque paire de lecture, son
deux lectures doivent être adjacentes dans l'entrée BAM/SAM.

-P Vérifiez la validité de la distance appariée lors du comptage des paires de lecture. Utilisation -d ainsi que -D à
fixer des seuils.

-d
Longueur minimale du fragment/modèle, 50 par défaut.

-D
Longueur maximale de fragment/modèle, 600 par défaut.

-B Comptez uniquement les paires de lecture dont les deux extrémités sont correctement alignées.

-S
Spécifiez l'orientation de deux lectures de la même paire, 'fr' par défaut
(avant/arrière).

-C Ne comptez pas les paires de lecture dont les deux extrémités correspondent à des chromosomes différents
ou cartographie sur le même chromosome mais sur des brins différents.

--ne pas trier
Ne triez pas les lectures dans l'entrée BAM/SAM. Notez que les lectures de la même paire sont nécessaires
être situés l'un à côté de l'autre dans l'entrée.

--maxMOp
Nombre maximal d'opérations « M » autorisées dans une chaîne CIGAR . 10 par défaut. Les deux
« X » et « = » sont traités comme « M » et les opérations « M » adjacentes sont fusionnées dans le CIGAR
chaîne.

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