Il s'agit de la commande fftns qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
mafft - Programme d'alignement multiple pour séquences d'acides aminés ou de nucléotides
SYNOPSIS
mafft [Options] contribution [> sortie]
Linsi contribution [> sortie]
ginsi contribution [> sortie]
einsi contribution [> sortie]
fftnsi contribution [> sortie]
fftn contribution [> sortie]
nwns contribution [> sortie]
nwnsi contribution [> sortie]
mafft-profil group1 group2 [> sortie]
contribution, group1 ainsi que group2 doit être au format FASTA.
DESCRIPTION
MAFT est un programme d'alignement de séquences multiples pour les systèmes d'exploitation de type Unix. CA offre
une gamme de méthodes d'alignement multiples.
Orienté précision méthodes:
· L-INS-i (probablement le plus précis ; recommandé pour < 200 séquences ; raffinement itératif
méthode incorporant des informations d'alignement local par paire) :
mafft --localpair --maxitérer 1000 contribution [> sortie]
Linsi contribution [> sortie]
· G-INS-i (convient pour des séquences de longueurs similaires ; recommandé pour < 200 séquences ;
méthode de raffinement itérative incorporant des informations d'alignement global par paires) :
mafft --globalpair --maxitérer 1000 contribution [> sortie]
ginsi contribution [> sortie]
· E-INS-i (convient pour les séquences contenant de grandes régions non alignables ; recommandé pour
<200 séquences) :
mafft --ep 0 --genafpair --maxitérer 1000 contribution [> sortie]
einsi contribution [> sortie]
Pour E-INS-i, le --ep 0 option est recommandée pour permettre de grands espaces.
Axé sur la vitesse méthodes:
· FFT-NS-i (méthode de raffinement itérative ; deux cycles seulement) :
mafft --retree 2 --maxitérer 2 contribution [> sortie]
fftnsi contribution [> sortie]
· FFT-NS-i (méthode de raffinement itérative ; max. 1000 itérations) :
mafft --retree 2 --maxitérer 1000 contribution [> sortie]
· FFT-NS-2 (méthode rapide, progressive) :
mafft --retree 2 --maxitérer 0 contribution [> sortie]
fftn contribution [> sortie]
· FFT-NS-1 (très rapide ; recommandé pour >2000 séquences ; méthode progressive avec un
arbre guide) :
mafft --retree 1 --maxitérer 0 contribution [> sortie]
· NW-NS-i (méthode de raffinement itérative sans approximation FFT ; deux cycles seulement) :
mafft --retree 2 --maxitérer 2 --nofft contribution [> sortie]
nwnsi contribution [> sortie]
· NW-NS-2 (rapide ; méthode progressive sans l'approximation FFT) :
mafft --retree 2 --maxitérer 0 --nofft contribution [> sortie]
nwns contribution [> sortie]
· NW-NS-PartTree-1 (recommandé pour ~10,000 50,000 à ~XNUMX XNUMX séquences ; méthode progressive
avec l'algorithme PartTree) :
mafft --retree 1 --maxitérer 0 --nofft --parttree contribution [> sortie]
Groupe à groupe alignements
mafft-profil group1 group2 [> sortie]
ou:
mafft --maxitérer 1000 --la graine group1 --la graine group2 /dev/null [> sortie]
OPTIONS
Algorithme
--auto
Sélectionne automatiquement une stratégie appropriée parmi L-INS-i, FFT-NS-i et FFT-NS-2,
selon la taille des données. Par défaut : désactivé (toujours FFT-NS-2)
-6merpaire
La distance est calculée en fonction du nombre de 6mers partagés. Par défaut : activé
--globalpair
Tous les alignements par paires sont calculés avec l'algorithme Needleman-Wunsch. Suite
précis mais plus lent que --6merpair. Convient pour un ensemble de globalement alignables
séquences. Applicable jusqu'à ~200 séquences. Une combinaison avec --maxiterate 1000
est recommandé (G-INS-i). Par défaut : désactivé (la distance 6mère est utilisée)
--localpair
Tous les alignements par paires sont calculés avec l'algorithme de Smith-Waterman. Plus précise
mais plus lent que --6merpair. Convient pour un ensemble de séquences localement alignables.
Applicable jusqu'à ~200 séquences. Une combinaison avec --maxiterate 1000 est
recommandé (L-INS-i). Par défaut : désactivé (la distance 6mer est utilisée)
--genafpair
Tous les alignements par paires sont calculés avec un algorithme local avec le généralisé
coût de l'écart affine (Altschul 1998). Plus précis mais plus lent que --6merpair. Adapté
lorsque de grands écarts internes sont attendus. Applicable jusqu'à ~200 séquences. UNE
une combinaison avec --maxiterate 1000 est recommandée (E-INS-i). Par défaut : off (6mer
la distance est utilisée)
--fastapair
Tous les alignements par paires sont calculés avec FASTA (Pearson et Lipman 1988). FASTA est
obligatoire. Par défaut : désactivé (la distance 6mer est utilisée)
--poidsi nombre
Facteur de pondération pour le terme de cohérence calculé à partir des alignements par paires. Valide
lorsque --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair ou --blastpair est
choisi. Par défaut : 2.7
--retree nombre
L'arbre de guidage est construit nombre fois dans la phase progressive. Valable avec une distance de 6mer.
Par défaut: 2
--maxitérer nombre
nombre des cycles de raffinement itératif sont effectués. Par défaut : 0
--fft
Utilisez l'approximation FFT dans l'alignement de groupe à groupe. Par défaut : activé
--nofft
N'utilisez pas l'approximation FFT dans l'alignement de groupe à groupe. Par défaut : désactivé
--pas de score
Le score d'alignement n'est pas vérifié dans l'étape de raffinement itératif. Par défaut : off (score
est vérifié)
--memsave
Utilisez l'algorithme de Myers-Miller (1988). Par défaut : activé automatiquement lorsque le
la longueur d'alignement dépasse 10,000 XNUMX (aa/nt).
--parttree
Utilisez une méthode de construction d'arbre rapide (PartTree, Katoh et Toh 2007) avec la distance de 6mer.
Recommandé pour un grand nombre (> ~ 10,000 XNUMX) de séquences sont entrées. Par défaut : désactivé
--dpparttree
L'algorithme PartTree est utilisé avec des distances basées sur le DP. Un peu plus précis et
plus lent que --parttree. Recommandé pour un grand nombre (> ~ 10,000 XNUMX) de séquences sont
saisir. Par défaut : désactivé
--fastaparttree
L'algorithme PartTree est utilisé avec des distances basées sur FASTA. Un peu plus précis
et plus lent que --parttree. Recommandé pour un grand nombre (> ~ 10,000 XNUMX) de séquences
sont entrés. FASTA est requis. Par défaut : désactivé
--taille des parties nombre
Le nombre de partitions dans l'algorithme PartTree. Par défaut : 50
--Taille de groupe nombre
Ne faites pas un alignement plus grand que nombre séquences. Valable uniquement avec --*parttree
option. Par défaut : le nombre de séquences d'entrée
Paramètre
--op nombre
Pénalité d'ouverture d'écart lors de l'alignement de groupe à groupe. Par défaut : 1.53
--ep nombre
Valeur de décalage, qui fonctionne comme une pénalité d'extension d'espace, pour l'alignement de groupe à groupe.
Par défaut: 0.123
--élaguer nombre
Pénalité d'ouverture d'écart lors de l'alignement local par paires. Valide lorsque --localpair ou
L'option --genafpair est sélectionnée. Par défaut : -2.00
--lep nombre
Valeur de décalage à l'alignement local par paire. Valide lorsque --localpair ou --genafpair
l'option est sélectionnée. Par défaut : 0.1
--lexp nombre
Pénalité d'extension de l'écart lors de l'alignement local par paires. Valide lorsque --localpair ou
L'option --genafpair est sélectionnée. Par défaut : -0.1
--ÉLAGUER nombre
Pénalité d'ouverture d'écart pour sauter l'alignement. Valide lorsque l'option --genafpair est
choisi. Par défaut : -6.00
--LEXP nombre
Pénalité d'extension d'espace pour ignorer l'alignement. Valide lorsque l'option --genafpair est
choisi. Par défaut : 0.00
--bl nombre
FLEUR nombre matrice (Henikoff et Henikoff 1992) est utilisée. nombre=30, 45, 62 ou 80.
Par défaut: 62
--jtt nombre
JTT PAM nombre (Jones et al. 1992) la matrice est utilisée. nombre>0. Par défaut : BLOSUM62
--tm nombre
PAM transmembranaire nombre (Jones et al. 1994) la matrice est utilisée. nombre>0. Défaut:
BLOSUM62
--amatrix fichier matriciel
Utilisez une matrice de notation AA définie par l'utilisateur. Le format de fichier matriciel est le même que celui de
DÉTRUIRE. Ignoré lorsque les séquences nucléotidiques sont entrées. Par défaut : BLOSUM62
--fmodèle
Incorporer les informations de composition AA/nuc dans la matrice de notation. Par défaut : désactivé
Sortie
--clustalout
Format de sortie : format cluster. Par défaut : désactivé (format fasta)
--ordre d'entrée
Ordre de sortie : identique à l'entrée. Par défaut : activé
--réorganiser
Ordre de sortie : aligné. Par défaut : désactivé (ordre d'entrée)
--treeout
L'arbre de guidage est sorti vers le contributionfichier .tree. Par défaut : désactivé
--silencieux
Ne rapportez pas les progrès. Par défaut : désactivé
Entrée
--nuc
Supposons que les séquences sont des nucléotides. Par défaut : automatique
--amino
Supposons que les séquences sont des acides aminés. Par défaut : automatique
--la graine alignement1 [--la graine alignement2 --la graine alignement3 ...]
Alignements de graines donnés dans alignement_n (format fasta) sont alignés avec des séquences en
contribution. L'alignement au sein de chaque graine est préservé.
Utilisez fftns en ligne à l'aide des services onworks.net
