Il s'agit de la commande findknownsnps qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
trouverknownsnps - exécutable principal pour snpomatic
SYNOPSIS
trouverknownsnps Options
DESCRIPTION
findknownsnps est l'exécutable principal du symbolique logiciel.
OPTIONS
Ces options contrôlent si la sortie est écrite dans un ou plusieurs fichiers, sur la sortie standard ou directement
à un téléavertisseur.
--genome=FICHIER_GENOME
Fichier FASTA avec chromosomes (obligatoire)
--fasta=FICHIER_FASTA
Fichier FASTA avec lectures Solexa (obligatoire, sauf lorsque --fastq ou --index est utilisé)
--fasta=FICHIER_FASTA
Fichier FASTA avec lectures Solexa (obligatoire, sauf lorsque --fastq ou --index est utilisé)
--fastq=FASTQ_FILE
Fichier FASTQ avec lectures Solexa (obligatoire, sauf lorsque --fasta ou --index est utilisé)
--fastq2=FASTQ_FILE2
Fichier FASTQ avec lectures Solexa (facultatif ; lecture mate)
--nono=NOM DE FICHIER
Fichier avec la liste des noms lus (!) à ignorer (facultatif)
--regions=FICHIER_RÉGION
Fichier de région pour la recherche de nouveaux SNP (facultatif) [OBSOLÈTE]
--snps=FICHIER_SNP
Fichier SNP simple (facultatif)
--gff=FICHIER_GFF
Fichier GFF avec SNP (facultatif)
--uniqueness=FICHIER
Générer un fichier de données d'unicité pour la référence ; aucune lecture Solexa n'est nécessaire ; implique
--pas de raccourcis (Optionnel)
--pileup=FICHIER
Affiche l'ensemble des piles dans ce fichier (facultatif)
--cigar=FICHIER
Alignement des sorties au format CIGAR (facultatif)
--gffout=FICHIER
Sorties lues au format GFF (facultatif)
--coverage=NOM DE FICHIER
Données de couverture de sortie (haute profondeur) (facultatif)
--wobble=NOM DE FICHIER
Affiche une liste de variantes possibles (facultatif ; lectures appariées uniquement) [UNDER
CONSTRUCTION]
--fragmentplot=NOM DE FICHIER
Génère un tracé de la distribution de la taille des fragments dans un fichier (facultatif)
--snpsinreads=NOM DE FICHIER
Génère une liste de lectures contenant des SNP connus dans un fichier (facultatif)
--indelplot=NOM DE FICHIER
Génère les données indel dans un fichier (facultatif)
--inversions=NOM DE FICHIER
Pour les lectures appariées, écrit les correspondances de lecture indiquant les inversions dans un fichier (facultatif)
--faceaway=NOM DE FICHIER
Pour les lectures appariées, écrit les correspondances de lecture qui sont « tournées vers l'extérieur » l'une de l'autre dans un fichier.
(Optionnel)
--sqlite=NOM DE FICHIER
Crée un fichier texte sqlite avec des données d'alignement [EXPÉRIMENTAL] (facultatif)
--sam=NOM DE FICHIER
Crée un fichier d'alignement SAM (facultatif)
--spancontigs=NOM DE FICHIER
Les sorties lisent des paires où les « demi » lectures correspondent de manière unique à différents contigs (facultatif)
--bins=PRÉFIXE_FICHIER
Génère des lectures Solexa sans correspondance, à correspondance unique et à correspondances multiples dans des fichiers préfixés
(Optionnel)
--binmask=MASQUE
Masque de 1 et de 0 pour désactiver les bacs individuels. Ordre : aucune correspondance, correspondance unique,
correspondance multiple, IUPAC. Exemple : 0100 crée uniquement un groupe de correspondance unique. (facultatif ;
par défaut : 1111)
--pair=NUMÉRO
Pour les lectures appariées, la longueur de la première partie de la lecture (obligatoire pour les lectures appariées)
lit)
--fragment=NOMBRE
Pour les lectures appariées, la longueur moyenne du fragment (obligatoire pour les lectures appariées)
--variance=NOMBRE
Pour les lectures appariées, la variance de la longueur du fragment de chaque côté (facultatif ;
par défaut : 1/4 de la taille du fragment)
--wobblemax=NOMBRE
Nombre maximal de non-concordances pour wobble (facultatif ; par défaut 2 ; voir --wobble)
--mspi=NOMBRE
Nombre maximal de SNP par index chromosomique (facultatif ; par défaut : 8)
--index=NOM DE FICHIER
Nom du fichier d'index (l'index sera créé s'il n'existe pas ; facultatif)
--pas de raccourcis
Traitera toutes les régions chromosomiques, même celles avec beaucoup de répétitions (facultatif ; non
valeur)
--snpsonly
Répertorie uniquement les SNP trouvés dans l'empilement (facultatif ; aucune valeur)
--chromosome=NOM
Supprime tous les chromosomes sauf NOM avant l'exécution (facultatif)
--index_from=NUMÉRO
Commence l'indexation à cette position sur tous les chromosomes (facultatif)
--index_to=NOMBRE
Arrête l'indexation à cette position sur tous les chromosomes (facultatif)
--chop=NOMBRE
Pour les lectures appariées, si l'une correspond mais pas l'autre, raccourcissez l'autre de NUMÉRO
bases (facultatif)
--index1=NUMÉRO
Longueur de l'index interne 1 (facultatif ; par défaut : 10)
--index2=NUMÉRO
Longueur de l'index interne 2 (facultatif ; par défaut : 16)
--memory_save=NOMBRE
Indexe le génome à chaque NOMBRE de positions ; économise la mémoire et le temps d'exécution, mais peut
avoir des effets secondaires étranges (facultatif)
--multimatch
Place une lecture à correspondance multiple dans une position aléatoire (facultatif) [actuellement appariée
[lecture seule]
--match unique
Exécute uniquement des fonctions de sortie supplémentaires pour les correspondances simples (facultatif) [actuellement
lectures appariées uniquement]
--foum Pour les lectures appariées, au moins une lecture doit correspondre de manière unique dans le génome (forcer une
correspondance unique) (facultatif)
--décalage
Le nombre de non-concordances autorisées en dehors de l'index (index1+index2) (facultatif)
--rpa=NOM DE FICHIER
Écrit tous les alignements de paires de lecture dans un fichier (facultatif)
décembre 2015 TROUVER DES SÉANCES CONNUES(1)
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