freecontact - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

freecontact - prédicteur de contact rapide avec les protéines

SYNOPSIS

contact gratuit [OPTION]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] <alignement.aln> contacts.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < alignement.fa | contact gratuit
--parprof evfold > contacts.out

contact gratuit --ali=ALIFILE --apply-gapth=BOOL --clustpc=NUM --densité=NUM --cov20=BOOL
--estimate-ivcov=BOOL --écart=NUM --icme-timeout=NUM --input-format=[plat|xml]
--mincontsep=NUM --format-de-sortie=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUM
--pscount-poids=NUM --rho=NUM --threads=NUM --veczw=BOOL

freecontact --help --debug --quiet --version

DESCRIPTION

FreeContact est un prédicteur de contact de résidus de protéines optimisé pour la vitesse. FreeContact peut
fonctionner comme un drop-in accéléré pour les prédicteurs de contact publiés EVfold-mfDCA de
DS. Marks et al. (2011) [1], et PSICOV de D. Jones et al. (2011) [2].

FreeContact est accéléré par une combinaison d'instructions vectorielles, plusieurs threads et
mise en œuvre plus rapide des éléments clés. Selon l'alignement, des accélérations de 8 fois ou plus
sont possibles.

Un alignement suffisamment grand est requis pour des résultats significatifs. Au minimum, un
alignement avec un nombre de séquences effectif (après pondération) supérieur à la longueur du
la séquence de requête doit être utilisée. Alignements avec des dizaines de milliers de séquences (efficaces)
sont considérés comme une bonne entrée.

jackhmmer(1) ou hhblits(1) peut être utilisé pour générer les alignements, par exemple.

[1] PLoS One. 2011 ;6(12) :e28766. doi: 10.1371/journal.pone.0028766. Publication en ligne du 2011 déc. 7
Structure 3D de la protéine calculée à partir de la variation de séquence évolutive. Marks DS, Colwell LJ,
Sheridan R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, Sander C.

[2] Bioinformatique. 2012 janvier 15 ;28(2) :184-90. Epub 2011 Nov 17. PSICOV : précis
prédiction de contact structurel à l'aide d'une estimation de covariance inverse clairsemée sur un grand multiple
alignements de séquences. Jones DT, Buchan DW, Cozzetto D, Pontil M.

Entrée
Les formats suivants sont pris en charge :

plat
Le format de fichier d'entrée simple suivant est utilisé :

# début de requête = 5
# query=QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSOINSERTIONS
SÉQUENCE DE REQUÊTE SANS ÉCARTOUINSERTIONS
-ALIGNÉ---SÉQUENCE--AVEC-ÉCART-----
UN AUTRE-ALIGNÉ ------------ SÉQUENCE

Les lignes d'en-tête '#' sont facultatives. Les lignes d'en-tête sont utilisées pour calculer le résidu de contact
nombres et rechercher les résidus de requête respectifs pour certains formats de sortie.

Si aucune requête n'est définie, la première séquence de l'alignement est utilisée comme requête
séquence. La séquence de requête ne doit pas contenir d'espaces dans l'alignement.

Toutes les lignes d'alignement doivent avoir la même longueur et ne peuvent contenir que
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]. [B] est mappé sur [D], [Z] est mappé sur [E], [JOUX] sont
mappé sur [X]. [X] ne correspond qu'à lui-même pour l'ensemble du programme.

Les alignements d'entrée A2M peuvent être convertis au format ci-dessus en utilisant
/usr/share/freecontact/a2m2aln. a2m2aln peut être utilisé pour canaliser l'alignement directement
en libre contact.

xml document XML avec unhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
élément, défini dans le schéma FreeContact [4] dérivé de BioXSD [5].

Mise en situation : /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

Sortie
Le format de sortie d'origine EVfold-mfDCA ou PSICOV est utilisé par défaut lorsque le
le profil de paramètre est sélectionné.

évfold (EVfold-mfDCA)
5K 6L 0.332129 3.59798
| | | | | + score de contact à la norme corrigée (CN)
| | | | + score d'information mutuelle (MI)
| | | + contact code résidu d'acide aminé
| | + numéro de contact résiduel
| + contact code résidu d'acide aminé
+ numéro de contact résiduel

Les contacts sont triés par numéro de résidu.

pfrmat_rr (PSICOV)
Format CASP de prédiction de séparation résidus-résidus (PFRMAT RR) [3] :

55 67 0 8 10.840280
| | | | + note des contacts
| | +-+ plage [Å] de la distance Cb-Cb prédite pour la paire de résidus
| | (C-alpha pour les glycines)
| | Ces deux champs sont invariants dans la sortie.
| + numéro de contact résiduel
+ numéro de contact résiduel

Les contacts sont triés par score, par ordre décroissant.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?page=format>

bioxsd
document XML avec unhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
élément, défini dans le schéma FreeContact [4] dérivé de BioXSD [5].

Mise en situation : /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

Remarque : comme BioXSD est en cours de développement en collaboration avec FreeContact, le
Le schéma de FreeContact peut en fait être dérivé d'une version pas encore disponible à [5].

[4]

[5]http://bioxsd.org>

La sortie peut ne pas répertorier tous les contacts possibles.

Références

Soumis. FreeContact : prédiction rapide et gratuite du contact direct résidu-résidus.
Kajan L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaš M, Rost B.

OPTIONS

-a [ --threads ] argument
Threads à utiliser [0-). 0 signifie autant de cœurs.

--apply-gapth argument
Si vrai, excluez les colonnes et les lignes de résidus avec une fréquence d'écart pondérée > --écart
à partir de la matrice de covariance [booléenne].

-c [ --clustpc ] argument
Pourcentage de regroupement BLOSUM [0-100].

--cov20 argument
Si vrai, laissez un acide aminé hors de la matrice de covariance, le rendant non surdéterminé
[Booléen].

-d [ --density ] argument
Densité de matrice de précision cible [0-1]. Régler 0 ne pas contrôler la densité.

--déboguer
Activez le débogage.

--estimate-ivcov argument
Utilisez l'estimation de matrice de covariance inverse au lieu de l'inversion de matrice [booléen].

-f [ --ali ] argument (=-)
Fichier d'alignement [chemin]. Si '-', entrée standard. Défaut: '-'.

-g [ --gapth ] argument
Seuil de fréquence d'écart pondéré (0-1).

-h [ --help ]
Produisez ce message d'aide.

-i [ --input-format ] arg (=plat)
Format d'entrée [plat|xml].

--icme-timeout argument (=1800)
Délai d'expiration de l'estimation de la matrice de covariance inverse en secondes [0-). Appliqué à chaque version
appeler indépendamment. Si un délai d'attente se produit, le programme se termine avec l'état 2.

--mincontsep argument
Séparation minimale des paires de résidus de contact dans le sens de la séquence donnée en acides aminés comme
(ji>=arg). 1 pour les résidus adjacents. [1-).

-o [ --output-format ] argument
Format de sortie [evfold|pfrmat_rr|bioxsd].

--parprof arg (=par défaut)
Profil de paramètre (facultatif) [default|evfold|psicov]. Le profil par défaut est évfold.

Les arguments de ligne de commande peuvent être utilisés pour remplacer les valeurs de profil.

évfold
Déclenche le mode de compatibilité EVfold-mfDCA [1].

psicov
Déclenche le mode de compatibilité PSICOV [2].

psicov-sd
Déclenche le mode par défaut sensible de PSICOV [2] : rho par défaut fixe, pas de contrôle de densité.

-w [ --pscount-weight ] argument
Poids du pseudocomptage [0-1].

-p [ --pseudocnt ] argument
Pseudocompte [0-).

--dynamisme
Imprimer les paramètres effectifs sur l'erreur standard. Utilisez cette option pour voir quels paramètres
contact gratuit(1) est exécuté avec en détail. Ceci est particulièrement utile lorsque le --parprof
L'option est utilisée en combinaison avec d'autres options.

--rho argument
Valeur initiale du paramètre de régularisation Glasso [0-). Si négatif, choisissez la valeur
automatiquement.

--quiet argument (=0)
N'imprime rien d'autre que des messages d'erreur en cas d'erreur standard. N'affecte pas --déboguer.

--veczw argument
Utiliser la pondération de séquence vectorisée lorsqu'elle est disponible [Boolean].

--version
Version imprimée.

EXIT STATUT

0 Aucune erreur - succès.

1 Erreur non spécifiée.

2 Un délai d'attente (voir --icme-timeout) eu lieu.

EXEMPLES

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

NOTES

Pour des performances optimales, utilisez le logiciel d'algèbre linéaire à réglage automatique (ATLAS)
bibliothèque compilé on le click où freecontact est exécuté.

Utilisez freecontact en ligne en utilisant les services onworks.net