frendp - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

frend.pl -- Rendu d'un fichier de fonctionnalité Bio::Graphics sur le Web

SYNOPSIS

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

DESCRIPTION

Le script frend.pl est une interface fine autour du module Bio::Graphics. Il accepte un
liste des fichiers contenant les coordonnées des caractéristiques de la séquence (protéine, nucléotide) du
fichier(s) répertorié(s) sur la ligne de commande ou sur l'entrée standard, les rend et produit un fichier PNG
fichier sur la sortie standard.

INSTALLATION

Copiez ce script dans le répertoire cgi-bin de votre site Web. Nommez-le comme vous voulez.

Fonctionnalité Fichiers Format

Ce script accepte et traite les annotations de séquence dans un format simple délimité par des tabulations ou
au format GFF.

Le format de fichier de fonctionnalités a une section de configuration et une section de données. La config
La section définit la taille et les propriétés globales de l'image, et la section de données donne
les données d'entité elles-mêmes.

configuration Section
S'il n'est pas fourni, ce script génère une section de configuration par défaut raisonnable pour
vous, vous n'avez donc pas besoin de fournir une section de configuration pour obtenir une image raisonnable.
Cependant, pour régler l'apparence de l'image, vous souhaiterez probablement modifier le
configuration. Voici un extrait de la section configuration :

# fichier d'exemple
[général]
bases = -1000..21000
hauteur = 12

[HNE]
glyphe = segments
bgcolor= jaune
connecteur = solide
hauteur = 5

[FGENES]
glyphe = transcription2
couleur bg = vert
descriptif = 1

La section de configuration est divisée en un ensemble de sections, chacune étiquetée avec un
[section titre]. La section [general] spécifie les options globales pour l'image entière.
D'autres sections s'appliquent à des types d'entités particuliers. Dans l'exemple ci-dessus, la configuration
dans la section [EST] s'applique aux fonctionnalités étiquetées comme EST, tandis que la configuration dans le
La section [FGENES] s'applique aux caractéristiques étiquetées comme des prédictions du gène FGENES
programme de prédiction.

A l'intérieur de chaque section se trouve une série de paires nom=valeur, où le nom est le nom d'un
option à définir. Vous pouvez mettre un espace autour du signe = pour le rendre plus lisible, ou même
utilisez deux points (:) si vous préférez. Les noms d'options suivants sont reconnus :

Exemple de valeur d'option
------ ----- -------

bases Min & max de la plage de séquence (pb) 1200..60000
largeur largeur de l'image (pixels) 600
hauteur Hauteur de chaque élément graphique (pixels) 10
glyphe Style de chaque élément graphique (voir ci-dessous) transcription
fgcolor Couleur de premier plan de chaque élément jaune
bgcolor Couleur de fond de chaque élément bleu
linewidth Largeur des lignes 3
label Imprimer le nom de la fonction 1
description s'il faut imprimer la description de la fonction 0
Les éléments bump ne sont pas autorisés à entrer en collision 1
ticks Imprimer des graduations sur les flèches 1
connecteur Type de connecteur de groupe (tiré, chapeau ou plein) tiret

Les options « bases » et « largeur » ne sont pertinentes que dans la section [général]. Elles sont
remplacées par les options de ligne de commande du même nom.

Les autres options peuvent être situées dans n'importe quelle section, mais si elles sont présentes dans le
La section [general] définira les valeurs par défaut pour les autres.

Les couleurs sont des noms de couleurs en anglais ou des couleurs #RRGGBB de style Web (voir un livre sur HTML
pour une explication). Les valeurs vrai/faux sont 1 pour vrai et 0 pour faux. Les plages numériques peuvent
être exprimé en début..fin avec deux points, ou en début-fin avec un trait d'union.

L'option "glyphe" contrôle la façon dont les entités sont rendues. Les glyphes suivants sont
mis en œuvre:

Description du nom
---- -----------

box Un rectangle rempli, non directionnel.
ellipse Un ovale.
flèche Une flèche; peut être unidirectionnel ou
bidirectionnel. Il est également capable d'afficher
une gamme avec des graduations majeures et mineures, et peut
être orienté horizontalement ou verticalement.
segments Un ensemble de rectangles remplis reliés par des solides
lignes. Utilisé pour les fonctions interrompues, telles que
alignements avec écart et groupes d'exons.
transcription Similaire aux segments, mais la ligne de connexion est
une forme de "chapeau", et la direction de
la transcription est indiquée par une petite flèche.
transcript2 Similaire à transcript, mais la direction de
la transcription est indiquée par un segment terminal
en forme de flèche.
amorces Deux flèches pointant vers l'intérieur reliées par une ligne. Utilisé pour les STS.

L'option bump est l'option la plus importante pour contrôler l'apparence de l'image. Si défini
à faux (le nombre 0), alors les caractéristiques sont autorisées à se chevaucher. S'il est défini sur vrai (le
numéro 1), les entités se déplaceront verticalement pour éviter toute collision. Si non spécifié,
bump est activé si le nombre d'un type donné de fonction de séquence est supérieur à 50.

Données Section
La section de données peut suivre ou continuer la section de configuration. Les deux sections peuvent
également être mélangés. La section de données est un fichier délimité par des tabulations ou des espaces que vous pouvez
exporter à partir d'un tableur ou d'un fichier de traitement de texte (assurez-vous d'enregistrer en tant que texte
seul!)

Voici un exemple de section de données :

Cosmide B0511 . 516-619 Cosmide B0511 . 3185-3294 Cosmos
B0511 . 10946-11208 Cosmide B0511 . 13126-13511 Cosmide
B0511 . 66-208 Cosmide B0511 . 6354-6499 Cosmide B0511
. 13955-14115 HNE yk595e6.5 + 3187-3294 HNE yk846e07.3 -
11015-11208 HNE yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 HNE yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 Poisson suédois FGENESH "Gene
1" - 1-205,518 616,661-735,3187 3365,3436-3846 XNUMX-XNUMX-XNUMX Domaine transmembranaire
FGENESH "Gene 2" - 16626-17396,17451-17597 Domaines kinase et sushi

Chaque ligne du fichier contient cinq colonnes. Les colonnes sont :

N° de colonne Description
-------------------

1 type de fonctionnalité
2 nom de la fonction
Plage 3
4 coordonnées
5 descriptif

Type d'entité
Le type d'entité doit correspondre à l'un des en-têtes [type d'entité] dans le
rubrique config. Si ce n'est pas le cas, les options [générales] seront appliquées au
fonctionnalité lors du rendu. Le nom de la fonction est un nom pour la fonction. Utiliser un "." ou
"-" si ce n'est pas pertinent. Si le nom contient des espaces, mettez simple ou double
guillemets ("") autour du nom.

Rang
Le brin indique sur quel brin se trouve la fonction. C'est l'un des "+" pour l'avant
brin, "-" pour le brin inverse, ou "." pour les fonctionnalités qui ne sont pas bloquées.

Coordonnées
La colonne de coordonnées est un ensemble d'une ou plusieurs plages occupées par l'entité.
Les plages sont écrites en utilisant ".." comme dans start..stop, ou avec des tirets, comme dans start-stop.
Pour les entités composées de plusieurs plages &em; par exemple des transcriptions qui
ont plusieurs exons &em; vous pouvez soit mettre les plages sur la même ligne séparées par
des virgules ou des espaces, ou placez les plages sur des lignes individuelles et utilisez simplement la même fonctionnalité
nom et type pour les regrouper. Dans l'exemple ci-dessus, les fonctionnalités de Cosmid B0511 utilisent le
style de ligne individuel, tandis que les fonctionnalités FGENESH utilisent toutes les gammes sur une seule ligne
de style.

Description
La dernière colonne contient un texte descriptif. Si l'option de description est définie sur
true, ce texte sera imprimé sous l'entité dans le rendu.

Enfin, il est possible de regrouper des fonctionnalités associées. Un exemple est les EST
yk53c10.5 et yk53c10.3, qui sont liés en étant lus à partir des deux extrémités du clone
yk53c10. Pour indiquer cette relation, générez une section qui ressemble à ceci :

HNE yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

Le groupe est indiqué par une ligne qui ne contient que deux colonnes contenant la caractéristique
type et un nom unique pour le groupe. Suivez cette ligne avec toutes les caractéristiques qui forment le
groupe, mais laissez la première colonne (le type d'entité) vide. Le groupe sera rendu par
tracer une ligne pointillée entre tous les membres du groupe. Vous pouvez changer cela en
spécifier une option de connecteur différente dans la section de configuration pour cette fonctionnalité
type.

Utilisez frendp en ligne en utilisant les services onworks.net