ail - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

ail - programme de visualisation moléculaire

SYNOPSIS

ail [oui L'ail Options] [X11 Options] [nom de fichier]

DESCRIPTION

Cette page de manuel documente brièvement ail, un programme gratuit de visualisation moléculaire.
Une documentation complète au format HTML et les sources peuvent être trouvées à la maison de l'ail,
<URL:http://garlic.mefos.hr/garlic/>. Emplacement physique : École de médecine, Université
d'Osijek, Croatie, Europe. Paquets précompilés pour un certain nombre de distributions GNU/Linux
sont disponibles. Ceux-ci incluent Debian, SuSE, Mandriva, Linspire et un certain nombre d'autres
distributions. La documentation HTML peut être téléchargée et décompressée pour une utilisation locale (recommandé
usage). Vous trouverez ici une très courte description du programme et la liste des commandes
options de ligne.

ail est un programme de visualisation moléculaire écrit à l'origine pour l'étude de
protéines membranaires. Maintenant, il peut être utilisé pour visualiser et éditer simplement toutes les protéines et
molécules. Cette version reconnaît le format PDB version 2.1 ; voir le fichier source pdb_atom.c
pour plus de détails sur ce format.

OPTIONS

Les options de ligne de commande peuvent être divisées en deux groupes : oui (spécifique) ail Options ainsi que X11
Options. Les options peuvent être données dans n'importe quel ordre. Toutes les options et valeurs par défaut codées en dur sont
répertoriés dans le tableau ci-dessous. Pour chaque paramètre, la valeur définie via la ligne de commande est
utilisé, si disponible. Sinon, la valeur définie dans .ailrc fichier est utilisé. Si .ailrc
n'est pas disponible, ou il n'y a pas d'entrée correspondante dans ce fichier, le
la valeur par défaut est utilisée. L'échantillon .ailrc fichier inclus dans le package d'origine contient
les valeurs égales aux valeurs par défaut codées en dur.

ail options:
-h, --Aidez-moi
Imprimer l'aide et quitter.

-dans, --version
Version imprimable et sortie.

-r, --S'inscrire
Enregistrer l'ail : informez l'auteur que votre site a installé l'ail et que quelqu'un
va utiliser ce programme. En vous inscrivant, vous encouragez l'auteur à
poursuivre le développement de l'ail. Vous pouvez également aider l'auteur à assurer la prise en charge de
la poursuite du développement. Cette option envoie un court message électronique, contenant uniquement
l'en-tête de l'e-mail et le mot « Salut ! » pour[email protected]>. S'il te plaît
exécutez ail -r si vous comptez utiliser ce programme. Si vous n'êtes pas connecté à
Internet, envisagez d'envoyer un court message à partir d'un autre système.

-nosys Masquez l'icône du système de coordonnées (coin supérieur gauche).

-aucun contrôle
Cachez la fenêtre de contrôle (coin supérieur droit).

-stéréo
Afficher l'image stéréo.

-dalle mode
Mode dalle par défaut. Les modes de dalle disponibles sont : désactivé, planaire (par défaut), sphère,
demi-sphère, cylindre et demi-cylindre.

-décoloration mode
Mode de décoloration par défaut. Modes disponibles : off, planaire (par défaut), sphère,
demi-sphère, cylindre et demi-cylindre.

-comme nombre
Style de dessin d'atome par défaut (par défaut codé en dur : 2).

-bs nombre
Style de dessin de liaison par défaut (par défaut codé en dur : 2).

-fs nombre
Nombre par défaut de surfaces de décoloration des couleurs. Plans parallèles, sphères concentriques ou
des cylindres concentriques peuvent être utilisés comme surfaces de décoloration. Trois triplets RVB sont
attribué à chaque surface. Les surfaces sont régulièrement espacées ; au moins un et au plus
huit devraient être définis. Au moins trois couleurs (gauche, milieu et droite) sont
attribué à chaque atome visible. Ces trois couleurs sont basées sur la position d'un
atome donné par rapport à la ou aux surfaces de décoloration les plus proches et sur les couleurs attribuées à
ces surfaces. Les couleurs sont combinées à l'aide d'une pondération linéaire.

-lc Couleur
Couleur de gauche à la i-ième surface ; i est compris entre zéro et sept. La ficelle de couleur
doit être compatible avec X11R5. Le bleu, par exemple, peut être défini comme bleu ou comme
RGB:0000/0000/FFFF etc. Par exemple -lc4 RGB:BBBB/8888/4444 définit la couleur de gauche
à la surface dont l'indice est égal à quatre.

-mc Couleur
Couleur moyenne à la i-ième surface.

-rc Couleur
Couleur droite à la i-ième surface.

-PC, --print-config
Imprimez les données de configuration et quittez.

-pcn Imprimez les noms des curseurs sur la sortie standard et quittez.

-Journal fichier journal
Écrivez les commandes et les messages dans le fichier journal. Le fichier sera créé dans le
directeur de travail. Si cela n'est pas possible, un fichier journal sera créé dans l'accueil des utilisateurs
répertoire.

X11 option:
-afficher Afficher un nom
Serveur X à contacter.

-géométrie géom
Géométrie de la fenêtre (par défaut : presque tout l'écran).

-bg Couleur
Couleur d'arrière-plan de la fenêtre principale (la valeur par défaut est le noir).

-fg Couleur
Couleur de premier plan de la fenêtre principale (par défaut : blanc).

-fn nom de police
Police de texte ; (la valeur par défaut est 10x20).

-tbg Couleur
Couleur d'arrière-plan du texte (la valeur par défaut est le noir).

-tfg Couleur
Couleur du texte (la valeur par défaut est le blanc).

-le curseur nom du curseur
Nom du curseur ; voir /usr/include/X11/cursorbont.h pour les noms ; supprimez le préfixe XC_.

Utilisez l'ail en ligne en utilisant les services onworks.net