Il s'agit de la commande garniere qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
garnier - Prédit la structure secondaire des protéines à l'aide de la méthode GOR
SYNOPSIS
Garnier -séquence suite -idc entier -fichier de sortie rapport
Garnier -Aide
DESCRIPTION
Garnier est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Protéine:Structure 2D".
OPTIONS
Entrée
-séquence suite
Avancé
-idc entier
Dans leur article, GOR mentionne que si vous savez quelque chose sur la structure secondaire
contenu de la protéine que vous analysez, vous pouvez faire mieux dans la prédiction. 'idc' est un
index dans un ensemble de tableaux, dharr[] et dsarr[], qui fournissent des « constantes de décision »
(dch, dcs), qui sont des décalages appliqués aux poids de l'hélice et de la feuille
(étendre) les termes. Donc, idc=0 dit de ne pas utiliser les décalages constants de décision, et idc=1 à 6
indique que diverses combinaisons de décalages dch,dcs doivent être utilisées.
Sortie
-fichier de sortie rapport
Utilisez garniere en ligne en utilisant les services onworks.net