Il s'agit de la commande gbseqget qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gbseqget - formate les séquences de GenBank en tant que GBSet XML
SYNOPSIS
gbseqget [-] [-d nom de fichier] [-i nom de fichier] [-m n/p/b] [-n] [-o nom de fichier] [-v]
DESCRIPTION
gbseqget récupère les données de séquence biologique de GenBank (selon une liste d'entrée de GI
numéros d'accession) et l'imprime en tant que document XML GBSet.
OPTIONS
Un résumé des options est inclus ci-dessous.
- Imprimer le message d'utilisation
-d nom de fichier
Nom du fichier d'entrée pour la liste des dates (accessions souhaitées, une par ligne, suivie d'un
ligne vierge et une liste de dates autorisées, également une par ligne)
-i nom de fichier
Nom du fichier d'entrée pour la liste GI (par défaut = stdin)
-m n/p/b
Type de molécule :
n Nucléotide (par défaut)
p Protéine
b Les deux
-n Renvoie uniquement les nouveaux enregistrements (pour lesquels l'IG donnée fait référence à une ancienne version)
-o nom de fichier
Nom du fichier de sortie pour le GBSet XML (par défaut = stdout)
-v Récupérer les variations SNP
NOTES
Le format GBSet est déprécié au profit de INSDSet, que vous pouvez produire en exécutant
insdseqget au lieu de gbseqget.
Utilisez gbseqget en ligne en utilisant les services onworks.net
