gdcmraw - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gdcmraw - Extraire le champ de valeur de l'élément de données.

SYNOPSIS

gdcmraw [options] entrée de fichier sortie de fichier

DESCRIPTION

La gdcmraw outil est principalement utilisé à des fins de développement. Il est utilisé pour extraire un
champ binaire d'un DataSet DICOM.

PARAMETRES

nom de fichier d'entrée DICOM

nom du fichier de sortie du fichier

OPTIONS

-i --input Nom du fichier d'entrée
-o --output Nom du fichier de sortie
-t --tag Spécifie la balise à partir de laquelle extraire la valeur.

SPÉCIFIQUE OPTIONS

-S --split-frags Divise les fragments en plusieurs fichiers.
-p --pattern Spécifie le modèle de fichier de fin (voir split-frags).
-P --pixel-data Pixel Data à la fin de 0.

GÉNÉRAL OPTIONS

-h --aide
imprimer ce texte d'aide et quitter

-v --version
imprimer les informations sur la version et quitter

-V --verbeux
mode verbeux (avertissement+erreur).

-W --avertissement
mode d'avertissement, imprimer les informations d'avertissement

-E --erreur
mode d'erreur, imprimer les informations d'erreur

-D --débogage
mode de débogage, imprimer les informations de débogage

TYPIQUE UTILISATION

Copier Attribut Valeur à filet
Cela extraira la valeur à Tag (0025,101b):

$ gdcmraw -i GE_MR_0025xx1bProtocolDataBlock.dcm -t 25,101 XNUMXb -o pdb.raw

Extraction pixel Données
Si vous ne spécifiez aucune balise, l'élément Pixel Data est l'élément par défaut. Alors par exemple
pour récupérer les données de pixels d'une image :

$ gdcmraw -i test.acr -o test.raw

Vous pouvez alors par exemple calculer la somme md5 de ces données de pixels (très utile) :

$ md5sum test.raw
f845c8f283d39a0204c325654493ba53 test.raw

Encapsulé Syntaxe
Lorsque les données de pixels sont encapsulées, plusieurs fragments peuvent être utilisés pour stocker un seul
image de tranche :

$ gdcmdump D_CLUNIE_CT1_J2KR.dcm

\ & ...
(7fe0,0010) OB # u/l,1 Pixel Données
(fffe,e000) ?? [] # 0,1 Article
(fffe,e000) ?? ff\\4f\\ff\\51\\00\\29\\00\\00\\00\\00\\02\\00\\00\\00\\02\\00\\00\\00\\00\\00\\00\\00\\00\\00\\00\\00\\02\\00\\00\\00\\02\\00 # 65536,1 Item
(fffe,e000) ?? 2c\\b7\\ee\\68\\de\\e3\\93\\2d\\b3\\b8\\ba\\90\\7b\\42\\3e\\f8\\42\\16\\64\\88\\46\\30\\37\\d4\\50\\95\\9b\\b6\\a5\\c7\\38\\9b # 65536,1 Item
(fffe,e000) ?? 48\\3c\\03\\e8\\c4\\3f\\44\\e1\\8a\\5c\\73\\3b\\02\\0a\\ad\\a5\\8f\\e4\\0c\\81\\76\\a2\\d7\\1b\\7f\\b7\\cd\\bc\\30\\c6\\6a\\6a # 43308,1 Item
(fffe,e0dd) 0

Afin de créer une image J2K à partir de celui-ci, nous devons extraire chaque fragment et
concaténez-les :

$ gdcmraw -i D_CLUNIE_CT1_J2KR.dcm -o D_CLUNIE_CT1_J2KR.j2k

Il s'agit d'un fichier J2K valide, utilisant le progiciel Kakadu :

$ kdu_expand -i D_CLUNIE_CT1_J2KR.j2k -o D_CLUNIE_CT1_J2KR.tiff -record D_CLUNIE_CT1_J2KR.txt

$ chat D_CLUNIE_CT1_J2KR.txt

Sprofile=PROFIL2
Scap=non
Extensions=0
Taille={512,512 XNUMX}
Origine={0,0}
Stiles={512,512 XNUMX}
Stile_origine={0,0}
Composants=1
Signé=oui
Précision=16
Échantillonnage={1,1}
Sdim={512,512 XNUMX}
Cycc=non
cmct=0
Argiliers=1
Cuse_sop=non
Cuse_eph=non
Cordon=LRCP
Calign_blk_last={non, non}
Niveaux=5
CAD=0
Cdfs=0
Cdecomp=B(-:-:-)
Créversible=oui
Noyaux=W5X3
Chat=0
Cuse_precincts=non
Cblk={64,64}
Cmode=0
Qgarde=1
Plages_Qabs=18,19,19,20,19,19,20,19,19,20,19,19,20,19,19,20

>> Nouveaux attributs pour la tuile 0 :

Extraction débris as unique filet
Parfois, chaque fragment est en fait une seule tranche, nous n'aurions donc pas besoin de concaténer
leur:

$ gdcmdump 00191113.dcm

\ & ...
(7fe0,0010) OB # u/l,1 Pixel Données
(fffe,e000) ?? 00\\00\\00\\00\\6b\\38\\01\\00\\10\\77\\02\\00\\37\\b6\\03\\00\\a7\\f4\\04\\00 # 20,1 Item
(fffe,e000) ?? ff\\d8\\ff\\c3\\00\\0b\\08\\02\\00\\02\\00\\01\\00\\11\\00\\ff\\c4\\00\\1b\\00\\01\\01\\01\\01\\01\\01\\01\\01\\00\\00\\00\\00 # 79970,1 Item
(fffe,e000) ?? ff\\d8\\ff\\c3\\00\\0b\\08\\02\\00\\02\\00\\01\\00\\11\\00\\ff\\c4\\00\\1b\\00\\01\\01\\01\\01\\01\\01\\01\\01\\00\\00\\00\\00 # 81564,1 Item
(fffe,e000) ?? ff\\d8\\ff\\c3\\00\\0b\\08\\02\\00\\02\\00\\01\\00\\11\\00\\ff\\c4\\00\\1b\\00\\01\\01\\01\\01\\01\\01\\01\\01\\00\\00\\00\\00 # 81694,1 Item
(fffe,e000) ?? ff\\d8\\ff\\c3\\00\\0b\\08\\02\\00\\02\\00\\01\\00\\11\\00\\ff\\c4\\00\\1b\\00\\01\\01\\01\\01\\01\\01\\01\\01\\00\\00\\00\\00 # 81511 (81512),1 Item
(fffe,e0dd) 0

Essayons d'extraire ces 4 fichiers JPEG sans perte individuellement :

$ gdcmraw --split-frags -i 00191113.dcm -o jpeg --pattern %02d.ljpeg

Cela produira 4 fichiers :

-rw-r--r-- 1 mathieu mathieu 81512 2008-08-08 22:10 jpeg03.ljpeg
-rw-r--r-- 1 mathieu mathieu 81694 2008-08-08 22:10 jpeg02.ljpeg
-rw-r--r-- 1 mathieu mathieu 81564 2008-08-08 22:10 jpeg01.ljpeg
-rw-r--r-- 1 mathieu mathieu 79970 2008-08-08 22:10 jpeg00.ljpeg

NOTE DE BAS DE PAGE À PROPOS JPEG DES DOSSIERS

C'est un malentendu courant d'échanger « JPEG 8 bits avec perte » avec simplement un fichier JPEG.
La spécification JPEG est beaucoup plus large que le simple fichier 8 bits avec perte (tel que trouvé
sur Internet).

Vous pouvez avoir:

· JPEG avec perte 8 bits

· JPEG avec perte 12 bits

· JPEG sans perte 2-16 bits

C'est ce qui est défini dans ITU-T T.81, ISO/IEC IS 10918-1.

Utilisez gdcmraw en ligne à l'aide des services onworks.net