Il s'agit de la commande genome-music-galaxyp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
genome music galaxy - Exécutez la suite complète d'outils MuSiC de manière séquentielle.
VERSION
Ce document décrit Genome Music Galaxy version 0.04 (2016/01/01 à 23:10:18)
SYNOPSIS
génome musique galaxie [--output-dir=?] --bam-list=? --output-bundle=? --roi-file=?
--reference-sequence=? --maf-fichier=? --pathway-file=? [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinique-data-file=?] [--mutation-matrix-file=?] [--permutations=?]
[--normal-min-depth=?] [--tumor-min-depth=?] [--min-mapq=?] [--show-skiped]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--numerical-data-test-method=?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--separate-troncations] [--merge-concurrent-muts] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--fichier-matrice-de-corrélation-clinique=?]
Cet outil prend comme paramètres toutes les informations nécessaires pour exécuter les outils individuels. Un
exemple d'utilisation est :
... jouer de la musique \
--bam-list input/bams_to_analyze.txt \
--numeric-clinical-data-file input/numeric_clinical_data.csv \
--maf-file input/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-file entrée/pathway_db \
--reference-sequence input/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file input/all_coding_regions.bed \
--genetic-data-type gène
EST REQUIS ARGUMENTS
bam-liste Texte
Liste délimitée par des tabulations de fichiers BAM [sample_name normal_bam tumor_bam]
paquet de sortie Texte
Emplacement où Galaxy souhaite que le paquet de sorties musicales soit enregistré
fichier roi Texte
Liste délimitée par des tabulations de ROI [chr start stop gene_name]
séquence-référence Texte
Chemin d'accès à la séquence de référence au format FASTA
fichier maf Texte
Liste des mutations utilisant les spécifications TCGA MAF v2.3
fichier-chemin Texte
Fichier délimité par des tabulations d'informations sur le cheminement
EN OPTION ARGUMENTS
rép_sortie
Répertoire où les fichiers de sortie et les sous-répertoires seront écrits
Valeur par défaut '' si non spécifié
fichier-de-données-cliniques-numériques Texte
Tableau des échantillons (y) vs. catégorie de données cliniques numériques (x)
fichier-de-données-cliniques-catégoriques Texte
Tableau des échantillons (y) par rapport à la catégorie de données cliniques catégoriques (x)
fichier-matrice-mutation Texte
Stockez éventuellement la matrice échantillon-vs-gène utilisée lors des calculs.
permutations Numéro
Nombre de permutations utilisées pour déterminer les valeurs P
normale-min-profondeur Entier
La profondeur de lecture minimale pour considérer une base BAM normale comme couverte
tumeur-min-profondeur Entier
La profondeur de lecture minimale pour considérer une base de tumeur BAM comme couverte
min-mapq Entier
La qualité de mappage minimale des lectures à prendre en compte pour le nombre de profondeurs de lecture
spectacle ignoré Boolean
Signalez chaque mutation ignorée, pas seulement combien
Valeur par défaut 'false' (--noshow-skiped) si non spécifiée
non-présenté Boolean
Rendre le saut d'affichage « faux »
gènes-à-ignorer Texte
Liste délimitée par des virgules de gènes à ignorer pour les taux de mutation de fond
bmr Numéro
Taux de mutation de fond dans les régions ciblées
max-proximité Texte
Distance maximale AA entre 2 mutations
fichier-modifier-bmr Texte
Liste délimitée par des tabulations des valeurs par gène qui modifient le BMR avant de tester [gene_name
bmr_modifier]
méthode-de-test-de-données-numériques Texte
Soit « cor » pour la corrélation de Pearson ou « wilcox » pour le test de Wilcoxon Rank-Sum pour
données cliniques numériques.
Valeur par défaut 'cor' si non spécifié
sauter-bas-mr-gènes Boolean
Ignorer les tests de gènes avec des MR inférieurs au MR de fond
Valeur par défaut 'true' si non spécifiée
noskip-low-mr-gènes Boolean
Rendre "faux" les gènes skip-low-mr
max-fdr Numéro
Le taux de fausses découvertes maximum autorisé pour qu'un gène soit considéré comme un SMG
Valeur par défaut '0.2' si non spécifié
type-de-données-génétiques Texte
Les données du fichier matriciel doivent être de type "gène" ou "variant"
wu-annotation-en-têtes Boolean
Utilisez ceci par défaut pour wustl les en-têtes de format d'annotation
nowu-annotation-en-têtes Boolean
Rendre les en-têtes wu-annotations 'faux'
groupes-bmr Entier
Nombre de grappes d'échantillons avec des BMR comparables
Valeur par défaut '1' si non spécifié
troncatures-separes Boolean
Regrouper les mutations tronconiques en tant que catégorie distincte
Valeur par défaut 'false' (--noseparate-troncations) si non spécifié
nez-tronqués Boolean
Rendre les troncatures séparées « faux »
fusion-concurrent-muts Boolean
Les mutations multiples d'un gène dans le même échantillon sont traitées comme 1
Valeur par défaut 'false' (--nomerge-concurrent-muts) si non spécifié
nomerge-concurrent-muts Boolean
Rendre merge-concurrent-muts 'false'
ignorer le non-codage Boolean
Ignorer les mutations non codantes du fichier MAF fourni
Valeur par défaut 'true' si non spécifiée
noskip-non-codage Boolean
Rendre le non-codage « faux »
sauter-silencieux Boolean
Ignorer les mutations silencieuses du fichier MAF fourni
Valeur par défaut 'true' si non spécifiée
noskip-silencieux Boolean
Rendre le saut silencieux « faux »
min-mut-gènes-par-chemin Entier
Les voies avec moins de gènes mutés que cela seront ignorées
Valeur par défaut '1' si non spécifié
fichier-modèle-glm Texte
Fichier décrivant le type de modèle, la variable de réponse, les covariants, etc. pour le GLM
une analyse. (Voir description).
processeurs Entier
Nombre de processeurs à utiliser dans SMG (nécessite les packages 'foreach' et 'doMC' R)
Valeur par défaut '1' si non spécifié
aa-gamme Entier
Définir la proximité d'une correspondance « proche » lors de la recherche d'acides aminés proches des résultats
Valeur par défaut '2' si non spécifié
gamme-nuc Entier
Définir la proximité d'une correspondance « proche » lors de la recherche de la position des nucléotides à proximité des résultats
Valeur par défaut '5' si non spécifié
référence-construire Texte
Mettez soit "Build36" ou "Build37"
Valeur par défaut 'Build37' si non spécifié
spectacle-succès-connus Boolean
Lorsqu'une découverte est nouvelle, montrez l'AA connu dans ce gène
Valeur par défaut 'true' si non spécifiée
hits-connus Boolean
Rendre "faux" les hits connus
fichier-de-données-cliniques-glm Texte
Traits cliniques, profils mutationnels, autres données cliniques mixtes (voir DESCRIPTION).
utiliser-maf-in-glm Boolean
Définissez cet indicateur pour utiliser la matrice de variantes créée à partir du fichier MAF comme entrée de variante pour
Analyse GLM.
Valeur par défaut 'false' (--nouse-maf-in-glm) si non spécifiée
nouse-maf-dans-glm Boolean
Rendre use-maf-in-glm 'false'
omimaa-dir Chemin
dossier de base de données de mutation d'acides aminés omim
cosmique-dir Chemin
dossier de base de données de mutation d'acides aminés cosmiques
verbeux Boolean
allumer pour afficher une plus grande sortie de travail
Valeur par défaut 'true' si non spécifiée
verbeux Boolean
Rendre verbeux « faux »
fichier-matrice-de-correlation-clinique Texte
Stockez éventuellement la matrice échantillon-vs-gène utilisée en interne lors des calculs.
DESCRIPTION
Cette commande permet d'exécuter tous les outils d'analyse MuSiC sur un ensemble de données. S'il te plaît
voir les outils individuels pour une description plus détaillée des paramètres.
AUTEURS
Thomas B. Mooney, MS
CRÉDITS
S'il vous plaît voir les crédits pour génome-musique (1).
Utilisez genome-music-galaxyp en ligne en utilisant les services onworks.net
