Il s'agit de la commande gmod_gff3_preprocessor.plp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
$0 - Prépare un fichier GFF3 pour le chargement en masse dans une base de données chado.
SYNOPSIS
% gmod_gff_preprocessor [options] --gfffile
LIGNE DE COMMANDE OPTIONS
--gfffile Le fichier contenant GFF3 (facultatif, peut lire
de stdin)
--outfile Le nom du noyau qui sera utilisé pour nommer les fichiers de résultats
--splitfile Divise les fichiers en morceaux plus gérables, fournissant
un argument pour contrôler le fractionnement
--onlysplit Diviser les fichiers puis quitter (c'est-à-dire ne pas trier)
--nosplit Ne divise pas les fichiers (c'est-à-dire, ne fait que trier)
--hasrefseq Définissez ceci si le fichier contient une ligne de séquence de référence
(Seulement nécessaire si vous ne divisez pas les fichiers)
--dbprofile Spécifiez un nom de profil gmod.conf (sinon utilisez la valeur par défaut)
--inheritance_tiers Combien de niveaux d'héritage attendez-vous pour ce fichier
avoir (par défaut : 3)
DESCRIPTION
splitfile -- Le simple fait de définir cet indicateur sur 1 entraînera la division du fichier par référence
séquence. Si vous fournissez un argument facultatif, il sera encore divisé en fonction de
ces règles:
source=1 Divise les fichiers en fonction de la valeur dans la colonne source
source=a,b,c Met les lignes avec les sources qui correspondent (via une expression régulière)
'a', 'b' ou 'c' dans un fichier séparé
type=a,b,c Met les lignes avec des types qui correspondent à 'a', 'b' ou 'c' dans un
fichier séparé
Par exemple, si vous vouliez que tous vos résultats d'analyse soient placés dans un fichier séparé, vous
pourrait indiquer '--splitfile type=match', et tous les cDNA_match, EST_match et
cross_genome_match caractéristiques iraient dans des fichiers séparés (séparés par séquence de référence).
inheritence_tiers -- Le nombre de niveaux d'héritage de ce fichier. Par exemple, si
le fichier contient des gènes de "dogme central" (gène/ARNm/exon, polypeptide), alors il en a 3.
à 4 est pris en charge, mais plus le nombre est élevé, plus il s'exécute lentement. Si vous ne
sais, 3 est une supposition raisonnable.
RAPIDE séquence
Si le fichier GFF3 contient une séquence FASTA à la fin, la séquence sera placée dans un
fichier séparé avec l'extension '.fasta'. Ce fichier fasta peut être chargé séparément après
les fichiers GFF3 fractionnés et/ou triés sont chargés, à l'aide de la commande :
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
Utilisez gmod_gff3_preprocessor.plp en ligne à l'aide des services onworks.net
