gmx-anaeig - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-anaeig - Analyse des vecteurs propres/modes normaux

SYNOPSIS

gmx anaeig [-v [<.trr/.cpt/...>]] [-v2 [<.trr/.cpt/...>]]
[-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
[-n [<.ndx>]] [-eig [<.xvg>]] [-eig2 [<.xvg>]]
[-comp [<.xvg>]] [-rmsf [<.xvg>]] [-projet [<.xvg>]]
[-2d [<.xvg>]] [-3d [<.gro/.g96/...>]]
[-filtre [<.xtc/.trr/...>]] [-extr [<.xtc/.trr/...>]]
[-plus de [<.xvg>]] [-inpr [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-toi ] [-[maintenant] [-xvg ]
[-première ] [-dernier ] [-sauter ] [-max ]
[-nframes ] [-[pas]séparer] [-[pas]entropie]
[-température ] [-nevskip ]

DESCRIPTION

gmx aneig analyse les vecteurs propres. Les vecteurs propres peuvent être d'une matrice de covariance (gmx
covar) ou d'une analyse des modes normaux (gmx nmeig).

Lorsqu'une trajectoire est projetée sur des vecteurs propres, toutes les structures sont ajustées à la structure
dans le fichier de vecteur propre, si présent, sinon à la structure dans le fichier de structure.
Lorsqu'aucun fichier d'entrée d'exécution n'est fourni, la périodicité ne sera pas prise en compte. Plus
les analyses sont effectuées sur des vecteurs propres -première à -dernier, mais quand -première est réglé sur -1 vous
sera invité à effectuer une sélection.

-comp: tracer les composantes vectorielles par atome de vecteurs propres -première à -dernier.

-rmsf: tracer la fluctuation RMS par atome de vecteurs propres -première à -dernier (a besoin -eig).

-projet: calculer des projections d'une trajectoire sur des vecteurs propres -première à -dernierL’
les projections d'une trajectoire sur les vecteurs propres de sa matrice de covariance sont appelées
composants principaux (PC). Il est souvent utile de vérifier le contenu en cosinus du pc,
puisque les pc de diffusion aléatoire sont des cosinus dont le nombre de périodes est égal à la moitié
l'indice pc. Le contenu en cosinus du pc peut être calculé avec le programme gmx
il analyse.

-2d: calcule une projection 2D d'une trajectoire sur des vecteurs propres -première et -dernier.

-3d: calcule une projection 3D d'une trajectoire sur les trois premiers vecteurs propres sélectionnés.

-filtre: filtre la trajectoire pour n'afficher que le mouvement le long des vecteurs propres -première à -dernier.

-extr: calculer les deux projections extrêmes le long d'une trajectoire sur la structure moyenne
et interpoler -nframes cadres entre eux, ou définissez vos propres extrêmes avec -maxL’
vecteur propre -première sera écrit à moins que -première et -dernier ont été fixés explicitement, dans
auquel cas tous les vecteurs propres seront écrits dans des fichiers séparés. Les identifiants de chaîne seront
ajouté lors de l'écriture d'un .pdb fichier avec deux ou trois structures (vous pouvez utiliser rasmol -nmrpdb à
voir un tel .pdb fichier).

Chevauchement calculs jusqu'à XNUMX fois covariance analyse
Remarque: l'analyse doit utiliser la même structure d'ajustement

-plus de: calcule le chevauchement de sous-espace des vecteurs propres dans le fichier -v2 avec vecteurs propres
-première à -dernier dans le fichier -v.

-inpr: calcule une matrice de sous-produits entre vecteurs propres dans les fichiers -v et -v2. Tous
les vecteurs propres des deux fichiers seront utilisés à moins que -première et -dernier ont été définis explicitement.

Quand -v, -eig, -v2 et -eig2 sont donnés, un numéro unique pour le chevauchement entre les
des matrices de covariance sont générées. Les formules sont :

différence = sqrt(tr((sqrt(M1) - sqrt(M2))^2))
chevauchement normalisé = 1 - différence/sqrt(tr(M1) + tr(M2))
chevauchement de forme = 1 - sqrt(tr((sqrt(M1/tr(M1)) - sqrt(M2/tr(M2)))^2))

où M1 et M2 sont les deux matrices de covariance et tr est la trace d'une matrice. Les
les nombres sont proportionnels au chevauchement de la racine carrée des fluctuations. Les
le chevauchement normalisé est le nombre le plus utile, il est 1 pour des matrices identiques et 0 lorsque
les sous-espaces échantillonnés sont orthogonaux.

When the -entropie flag est donné une estimation d'entropie sera calculée sur la base de la
Approche quasi-harmonique et basée sur la formule de Schlitter.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Trajectoire de précision complète : trr cpt tng

-v2 [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec2.trr) (Facultatif)
Trajectoire de précision complète : trr cpt tng

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Facultatif)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facultatif)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

-eig [<.xvg>] (valeur propre.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-eig2 [<.xvg>] (valeur propre2.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-comp [<.xvg>] (eigcomp.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-rmsf [<.xvg>] (eigrmsf.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-projet [<.xvg>] (proj.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-2d [<.xvg>] (2dproj.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-3d [<.gro/.g96/...>] (3dproj.pdb) (Facultatif)
Fichier de structure : gro g96 pdb brk ent esp

-filtre [<.xtc/.trr/...>] (filtré.xtc) (Facultatif)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-extr [<.xtc/.trr/...>] (extrême.pdb) (Facultatif)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-plus de [<.xvg>] (chevauchement.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-inpr [<.xpm>] (inprod.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap

D'autres options:

-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)

-toi (pss)
Unité pour les valeurs de temps : fs, ps, ns, us, ms, s

-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps et .pdb fichiers

-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun

-première (1)
Premier vecteur propre pour l'analyse (-1 est sélectionné)

-dernier (-1)
Dernier vecteur propre pour l'analyse (-1 est jusqu'au dernier)

-sauter (1)
Analyser uniquement chaque n-ième image

-max (0)
Maximum pour la projection du vecteur propre sur la structure moyenne, max=0 donne le
extrêmes

-nframes (2)
Nombre d'images pour la sortie des extrêmes

-[pas]séparer (non)
Projections de vecteurs propres fractionnées où le temps est nul

-[pas]entropie (non)
Calculer l'entropie selon la formule quasiharmonique ou la méthode de Schlitter.

-température (298.15)
Température pour les calculs d'entropie

-nevskip (6)
Nombre de valeurs propres à ignorer lors du calcul de l'entropie en raison de la quasi-harmonique
approximation. Lorsque vous effectuez un ajustement en rotation et/ou en translation avant le
analyse de covariance, vous obtenez 3 ou 6 valeurs propres très proches de zéro, et
qui ne doit pas être pris en compte lors du calcul de l'entropie.

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