Il s'agit de la commande gmx-bundle qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-bundle - Analyse des faisceaux d'axes, par exemple des hélices
SYNOPSIS
paquet gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ol [<.xvg>]] [-od [<.xvg>]] [-oz [<.xvg>]]
[-pas [<.xvg>]] [-otr [<.xvg>]] [-otl [<.xvg>]]
[-d'accord [<.xvg>]] [-okr [<.xvg>]] [-okl [<.xvg>]]
[-oa [<.pdb>]] [-b ] [-e ] [-DT ]
[-toi ] [-xvg ] [établi ] [-[non]z]
DESCRIPTION
gmx pack analyse des faisceaux d'axes. Les axes peuvent être par exemple des axes hélicoïdaux. Le programme
lit deux groupes d'index et les divise tous les deux en établi les pièces. Les centres de masse de ces
les pièces définissent les hauts et les bas des axes. Plusieurs grandeurs sont inscrites dans le fichier :
la longueur de l'axe, la distance et le décalage z des points médians de l'axe par rapport au
centre moyen de tous les axes, l'inclinaison totale, l'inclinaison radiale et l'inclinaison latérale avec
par rapport à l'axe moyen.
Avec option -d'accord, -okr ainsi que -okl les plis totaux, radiaux et latéraux des axes sont
tracé. Un groupe d'indice supplémentaire d'atomes de pliage est requis, qui est également divisé en établi
les pièces. L'angle de pliage est défini comme l'angle entre le pli supérieur et le pli inférieur
vecteurs.
Avec l'option -oa le haut, le milieu (ou pli quand -d'accord est défini) et les points inférieurs de chaque axe sont
écrit à un .pdb classer chaque image. Les numéros de résidus correspondent aux numéros d'axe.
Lors de l'affichage de ce fichier avec Rasmol, utilisez l'option de ligne de commande -nmrpdbet tapez set axe
oui pour afficher l'axe de référence.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-ol [<.xvg>] (bun_len.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-od [<.xvg>] (bun_dist.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-oz [<.xvg>] (bun_z.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-pas [<.xvg>] (bun_tilt.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-otr [<.xvg>] (bun_tiltr.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-otl [<.xvg>] (bun_tiltl.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-d'accord [<.xvg>] (bun_kink.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
-okr [<.xvg>] (bun_kinkr.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
-okl [<.xvg>] (bun_kinkl.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
-oa [<.pdb>] (axes.pdb) (Facultatif)
Fichier de banque de données de protéines
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-toi (pss)
Unité pour les valeurs de temps : fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
établi (0)
Nombre d'axes
-[non]z (non)
Utilisez l'option z-axe comme référence au lieu de l'axe moyen
Utilisez gmx-bundle en ligne en utilisant les services onworks.net
