Il s'agit de la commande gmx-convert-tpr qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-convert-tpr - Créer un fichier run-input modifié
SYNOPSIS
gmx convertir-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-se déployer ]
[-jusqu'à ] [-nétapes ] [-temps ]
[-[pas]zéroq] [-[roman] [-[non]suite]
[-init_fep_state ]
DESCRIPTION
gmx convertir-tpr peut modifier les fichiers d'entrée d'exécution de quatre manières.
1. en modifiant le nombre d'étapes dans un fichier d'entrée d'exécution avec des options -se déployer, -jusqu'à or
-nétapes (nsteps=-1 signifie un nombre illimité d'étapes)
2. (OBSOLÈTE) en créant un fichier d'entrée d'exécution pour une exécution de continuation lorsque votre simulation a
planté en raison, par exemple, d'un disque plein, ou en créant un fichier d'entrée d'exécution de continuation. Cette option
est obsolète, car mdrun écrit et lit désormais les fichiers de point de contrôle. Notes qu'un cadre avec
les coordonnées et les vitesses sont nécessaires. Lorsque la pression et/ou la température Nez-Hoover
couplage est utilisé un fichier énergétique peut être fourni pour obtenir une suite exacte de la
course d'origine.
3. en créant un fichier .tpx pour un sous-ensemble de votre fichier tpx d'origine, ce qui est utile lorsque
vous souhaitez supprimer le solvant de votre fichier .tpx, ou lorsque vous souhaitez faire par exemple un pur
Fichier Calpha .tpx. Notez que vous devrez peut-être utiliser -nétapes -1 (ou similaire) pour obtenir ceci
. AVERTISSEMENT: this .tpx filet is ne sauraient d’étiquettes électroniques entièrement fonctionnel.
4. en mettant à zéro les frais d'un groupe spécifié. Ceci est utile lorsque vous faites du gratuit
estimations énergétiques par la méthode LIE (Linear Interaction Energy).
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr
-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (Facultatif)
Trajectoire de précision complète : trr cpt tng
-e [<.edr>] (ener.edr) (Facultatif)
Dossier énergie
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr
D'autres options:
-se déployer (0)
Prolonger le temps d'exécution de ce montant (ps)
-jusqu'à (0)
Prolonger l'exécution jusqu'à cette heure de fin (ps)
-nétapes (0)
Changer le nombre d'étapes
-temps (-1)
Continuer à partir de l'image à ce moment (ps) au lieu de la dernière image
-[pas]zéroq (non)
Mettre les charges d'un groupe (à partir de l'indice) à zéro
-[roman (Oui)
Exiger des vitesses de trajectoire
-[non]suite (Oui)
Pour une suite exacte, les contraintes ne doivent pas être appliquées avant la première étape
-init_fep_state (0)
état fep à initialiser à partir de
Utilisez gmx-convert-tpr en ligne en utilisant les services onworks.net
