Il s'agit de la commande gmx-covar qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-covar - Calcule et diagonalise la matrice de covariance
SYNOPSIS
covar gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-un V [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-toi ] [-xvg ] [-[pas] en forme]
[-[pas]réf] [-[non]mwa] [-dernier ] [-[non]pbc]
DESCRIPTION
gmx covar calcule et diagonalise la matrice de covariance (pondérée en masse). Tous
les structures sont ajustées à la structure dans le fichier de structure. Quand ce n'est pas une course
la périodicité du fichier d'entrée ne sera pas prise en compte. Lorsque les groupes d'ajustement et d'analyse
sont identiques et que l'analyse n'est pas pondérée en masse, l'ajustement sera également non
pondéré en masse.
Les vecteurs propres sont écrits dans un fichier de trajectoire (-v). Lorsque les mêmes atomes sont utilisés pour
l'ajustement et l'analyse de covariance, la structure de référence pour l'ajustement est écrite en premier
avec t=-1. La moyenne (ou référence lorsque -réf est utilisé) la structure s'écrit avec t=0,
les vecteurs propres sont écrits sous forme de trames avec le nombre de vecteurs propres comme horodatage.
Les vecteurs propres peuvent être analysés avec gmx aneig.
Option -ascii écrit toute la matrice de covariance dans un fichier ASCII. L'ordre du
éléments est : x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...
Option -xpm écrit la matrice de covariance entière dans un .xpm fichier.
Option -xpma écrit la matrice de covariance atomique dans un .xpm fichier, c'est-à-dire pour chaque paire d'atomes
la somme des covariances xx, yy et zz est écrite.
Notez que la diagonalisation d'une matrice nécessite de la mémoire et du temps qui augmentera à
moins aussi rapide que le carré du nombre d'atomes impliqués. Il est facile de manquer de
mémoire, auquel cas cet outil se terminera probablement avec un « défaut de segmentation ». Vous devriez
examinez attentivement si un ensemble réduit d'atomes répondra à vos besoins de coûts inférieurs.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.xvg>] (valeur propre.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Trajectoire de précision complète : trr cpt tng
-un V [<.gro/.g96/...>] (moyenne.pdb)
Fichier de structure : gro g96 pdb brk ent esp
-l [<.log>] (covar.log)
Fichier journal
-ascii [<.dat>] (covar.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique
-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap
-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-toi (pss)
Unité pour les valeurs de temps : fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
-[pas] en forme (Oui)
Ajuster à une structure de référence
-[pas]réf (non)
Utiliser la déviation de la conformation dans le fichier de structure au lieu de la
moyen
-[non]mwa (non)
Analyse de covariance pondérée en masse
-dernier (-1)
Dernier vecteur propre à effacer (-1 est jusqu'au dernier)
-[non]pbc (Oui)
Appliquer des corrections pour les conditions aux limites périodiques
Utilisez gmx-covar en ligne en utilisant les services onworks.net
