gmx-dipôles - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-dipoles - Calculer le dipôle total plus les fluctuations

SYNOPSIS

dipôles gmx [-En [<.edr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-eps [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]]
[-d [<.xvg>]] [-c [<.xvg>]] [-g [<.xvg>]]
[-un plongeon [<.xvg>]] [-dip3d [<.xvg>]] [-cos [<.xvg>]]
[-cmap [<.xpm>]] [-dalle [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[maintenant] [-xvg ] [-mu ]
[-mumax ] [-epsilonRF ] [-sauter ]
[-température ] [-corr ] [-[pas] paires] [-[pas] de quad]
[-sous-officiers ] [-axe ] [-sl ]
[-gkratom ] [-gkratom2 ] [-rcmax ]
[-[non]phi] [-nniveaux ] [-ndegrés ]
[-aflen ] [-[non]normaliser] [-P ]
[-fitfn ] [-commencer ] [-ajustement d'extrémité ]

DESCRIPTION

gmx dipôles calcule le dipôle total plus les fluctuations d'un système de simulation. De ce
vous pouvez calculer par exemple la constante diélectrique pour les milieux à faible diélectrique. Pour les molécules avec
une charge nette, la charge nette est soustraite au centre de masse de la molécule.

Le fichier Mtot.xvg contient le moment dipolaire total d'un cadre, les composants ainsi que
la norme du vecteur. Le fichier moyenne.xvg contient <|mu|^2> et | |^2 pendant la
simulation. Le fichier dipdist.xvg contient la distribution des moments dipolaires au cours de la
simulation La valeur de -mumax est utilisé comme valeur la plus élevée dans le graphique de distribution.

De plus, la fonction d'autocorrélation dipolaire sera calculée lorsque l'option -corr is
utilisé. Le nom du fichier de sortie est donné avec le -c option. Les fonctions de corrélation peuvent être
en moyenne sur toutes les molécules (mol), tracé par molécule séparément (molsep) ou il peut être
calculé sur le moment dipolaire total de la boîte de simulation (la totalité de votre cycle de coaching doit être payée avant votre dernière session.).

Option -g produit un graphique du facteur G Kirkwood dépendant de la distance, ainsi que le
cosinus moyen de l'angle entre les dipôles en fonction de la distance. La parcelle
comprend également gOO et hOO selon Nymand & Linse, J. Chem. Phys. 112 (2000) pages
6386-6395. Dans le même graphique, nous incluons également l'énergie par échelle calculée en prenant le
produit interne des dipôles divisé par la distance à la troisième puissance.

EXEMPLES

gmx dipôles -corr mol -P 1 -o dip_sqr -mu 2.273 -mumax 5.0

Cela calculera la fonction d'autocorrélation des dipôles moléculaires en utilisant un premier
polynôme d'ordre de Legendre de l'angle du vecteur dipôle et lui-même un instant t plus tard. Pour
ce calcul 1001 images seront utilisées. De plus, la constante diélectrique sera
calculé à l'aide d'un -epsilonRF d'infini (par défaut), température de 300 K (par défaut) et
un moment dipolaire moyen de la molécule de 2.273 (SPC). Pour la fonction de distribution a
un maximum de 5.0 sera utilisé.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-En [<.edr>] (ener.edr) (Facultatif)
Dossier énergie

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-o [<.xvg>] (Mtot.xvg)
fichier xvgr/xmgr

-eps [<.xvg>] (epsilon.xvg)
fichier xvgr/xmgr

-a [<.xvg>] (moyenne.xvg)
fichier xvgr/xmgr

-d [<.xvg>] (dipdist.xvg)
fichier xvgr/xmgr

-c [<.xvg>] (dipcorr.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-g [<.xvg>] (gkr.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-un plongeon [<.xvg>] (adip.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-dip3d [<.xvg>] (dip3d.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-cos [<.xvg>] (cosaver.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-cmap [<.xpm>] (cmap.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap

-dalle [<.xvg>] (dalle.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

D'autres options:

-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)

-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps et .pdb fichiers

-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun

-mu (-1)
dipôle d'une seule molécule (dans Debye)

-mumax (5)
dipôle max dans Debye (pour histogramme)

-epsilonRF (0)
epsilon du champ de réaction utilisé lors de la simulation, nécessaire pour le diélectrique
calcul constant. ATTENTION : 0.0 signifie l'infini (par défaut)

-sauter (0)
Ignorer des étapes dans la sortie (mais pas dans les calculs)

-température (300)
Température moyenne de la simulation (nécessaire pour le calcul de la constante diélectrique)

-corr (Aucun)
Fonction de corrélation à calculer : aucun, mol, molsep, total

-[pas] paires (Oui)
Calculer |cos(thêta)| entre toutes les paires de molécules. Peut être lent

-[pas] de quad (non)
Tenir compte du quadripôle

-sous-officiers (1)
Doit être 1 ou 2. Détermine si le est calculé entre tous
molécules dans un groupe, ou entre molécules dans deux groupes différents. Cela s'allume
le -g drapeau.

-axe (Z)
Prendre la normale sur la boîte de calcul dans la direction X, Y ou Z.

-sl (10)
Divisez la boîte en ce nombre de tranches.

-gkratom (0)
Utilisez le n-ième atome d'une molécule (à partir de 1) pour calculer la distance entre
molécules plutôt que le centre de charge (quand 0) dans le calcul de la distance
facteurs de Kirkwood dépendants

-gkratom2 (0)
Identique à l'option précédente dans le cas ncos = 2, c'est-à-dire interaction dipolaire entre deux
groupes de molécules

-rcmax (0)
Distance maximale à utiliser dans la distribution d'orientation des dipôles (avec ncos == 2). Si
zéro, un critère basé sur la longueur de la boîte sera utilisé.

-[non]phi (non)
Tracez "l'angle de torsion" défini comme la rotation des deux vecteurs dipolaires autour
le vecteur de distance entre les deux molécules dans le .xpm fichier de la -cmap
option. Par défaut, le cosinus de l'angle entre les dipôles est tracé.

-nniveaux (20)
Nombre de couleurs dans la sortie cmap

-ndegrés (90)
Nombre de divisions sur le y-axe dans la sortie cmap (pour 180 degrés)

-aflen (-1)
Longueur de l'ACF, la valeur par défaut est la moitié du nombre d'images

-[non]normaliser (Oui)
Normaliser ACF

-P (0)
Ordre du polynôme de Legendre pour ACF (0 indique aucun): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Aucun)
Fonction d'ajustement : aucune, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-commencer (0)
Moment où commencer l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation

-ajustement d'extrémité (-1)
Temps où se termine l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation, -1 est jusqu'à ce que le
fin

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