gmx-editconf - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-editconf - Convertit et manipule les fichiers de structure

SYNOPSIS

gmx editconf [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-bf [<.dat>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [-hydromel [<.pqr>]] [-[maintenant]
[-[non]ndef] [-bt ] [-boîte ]
[-angles ] [-d ] [-[non]c]
[-centre ] [-aligner le centre ]
[-aligner ] [-Traduire ]
[-tourner ] [-[non]princ] [-échelle ]
[-densité ] [-[non]pbc] [-resnr ] [-[no]saisir]
[-rvdw ] [-[non]sig56] [-[non]vdwread] [-[pas]atome]
[-[no]légende] [-étiquette ] [-[pas] de connexion]

DESCRIPTION

gmx modifierconf convertit le format de structure générique en .gro, .g96 or .pdb.

La boîte peut être modifiée avec des options -boîte, -d et -angles. Tous les deux -boîte et -d va centrer
le système dans la boîte, à moins que -noc est utilisé.

Option -bt détermine le type de boîte : triclinique est une boîte triclinique, cubique est un rectangulaire
boîte avec tous les côtés égaux dodécaèdre représente un dodécaèdre rhombique et octaèdre is
un octaèdre tronqué. Les deux derniers sont des cas particuliers de box triclinique. La longueur de
les trois vecteurs de boîte de l'octaèdre tronqué est la distance la plus courte entre deux
hexagones opposés. Par rapport à une boîte cubique avec une certaine distance d'image périodique, le volume
d'un dodécaèdre avec cette même distance périodique est de 0.71 fois celle du cube, et
celle d'un octaèdre tronqué est de 0.77 fois.

Option -boîte nécessite une seule valeur pour un dodécaèdre cubique, rhombique ou tronqué
boîte octaédrique.

et -d et triclinique boîte la taille du système dans le x-, y-, et z- les directions est
utilisé. Avec -d et cubique, dodécaèdre or octaèdre boîtes, les dimensions sont réglées sur
diamètre du système (plus grande distance entre les atomes) plus deux fois la distance spécifiée.

Option -angles n'a de sens qu'avec l'option -boîte et une boîte triclinique et ne peut pas être utilisé
avec option -d.

Quand -n or -ndef est défini, un groupe peut être sélectionné pour calculer la taille et la
centre géométrique, sinon tout le système est utilisé.

-tourner fait tourner les coordonnées et les vitesses.

-prince aligne les axes principaux du système le long des axes de coordonnées, avec le plus long
axe aligné avec le x-axe. Cela peut vous permettre de diminuer le volume de la box, mais attention
que les molécules peuvent tourner de manière significative en une nanoseconde.

La mise à l'échelle est appliquée avant toute autre opération. Cases et coordonnées
peut être mis à l'échelle pour donner une certaine densité (option -densité). Notez que cela peut être
inexact dans le cas où un .gro fichier est donné en entrée. Une particularité de l'option de mise à l'échelle
est que lorsque le facteur -1 est donné dans une dimension, on obtient une image miroir, reflétée
dans l'un des avions. Lorsqu'on utilise -1 en trois dimensions, une image point-miroir est
obtenu.

Les groupes sont sélectionnés une fois toutes les opérations appliquées.

La périodicité peut être supprimée de manière grossière. Il est important que les vecteurs boîtes au
bas de votre fichier d'entrée sont corrects lorsque la périodicité doit être supprimée.

Lors de l'écriture .pdb fichiers, les facteurs B peuvent être ajoutés avec le -bf option. Les facteurs B sont lus
à partir d'un fichier au format suivant : la première ligne indique le nombre d'entrées dans le fichier,
les lignes suivantes indiquent un indice suivi d'un facteur B. Les facteurs B seront attachés par
résidu à moins qu'un indice ne soit supérieur au nombre de résidus ou à moins que le -atome option
est réglé. Évidemment, tout type de données numériques peut être ajouté à la place des facteurs B. -Légende
produira une rangée d'atomes CA avec des facteurs B allant du minimum au maximum
valeur trouvée, créant ainsi une légende pour la visualisation.

Avec la possibilité -hydromel une spéciale .pdb (.pqr) pour le programme électrostatique MEAD
(solveur Poisson-Boltzmann) peut être fait. Une autre condition préalable est que le fichier d'entrée soit un
exécuter le fichier d'entrée. Le champ du facteur B est ensuite rempli avec le rayon de Van der Waals du
atomes tandis que le champ d'occupation tiendra la charge.

L'option -saisir est similaire, mais il met les charges dans le facteur B et le rayon dans
l'occupation.

Option -aligner permet l'alignement de l'axe principal d'un groupe spécifié par rapport au
vecteur donné, avec un centre de rotation optionnel spécifié par -aligner le centre.

Enfin, avec option -étiquette, modifierconf peut ajouter un identifiant de chaîne à un .pdb fichier, qui peut
être utile pour l'analyse avec par exemple Rasmol.

Pour convertir un fichier octraèdre tronqué produit par un package qui utilise une boîte cubique avec
les coins coupés (comme GROMOS), utilisez :

gmx editconf -f in -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o out

où véclen est la taille de la boîte cubique fois sqrt(3)/2.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
Fichier de structure : gro g96 pdb brk ent esp tpr

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

-bf [<.dat>] (bfact.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro) (Facultatif)
Fichier de structure : gro g96 pdb brk ent esp

-hydromel [<.pqr>] (hydromel.pqr) (Facultatif)
Fichier de coordonnées pour MEAD

D'autres options:

-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps et .pdb fichiers

-[non]ndef (non)
Choisissez la sortie des groupes d'index par défaut

-bt (triclinique)
Type de boîte pour -boîte et -d: triclinique, cubique, dodécaèdre, octaèdre

-boîte (0 0 0)
Longueurs des vecteurs de boîte (a,b,c)

-angles (90 90 (90)
Angles entre les vecteurs de boîte (bc,ac,ab)

-d (0)
Distance entre le soluté et la boîte

-[non]c (non)
Molécule centrale dans la boîte (impliquée par -boîte et -d)

-centre (0 0 0)
Coordonnées du centre géométrique

-aligner le centre (0 0 0)
Centre de rotation pour l'alignement

-aligner (0 0 0)
Aligner sur le vecteur cible

-Traduire (0 0 0)
Traduction

-tourner (0 0 0)
Rotation autour des axes X, Y et Z en degrés

-[non]princ (non)
Orienter la ou les molécules le long de leurs axes principaux

-échelle (1 1 1)
Facteur d'échelle

-densité (1000)
Densité (g/L) de la boîte de sortie obtenue par mise à l'échelle

-[non]pbc (non)
Supprimer la périodicité (rendre la molécule entière)

-resnr (-1)
Renuméroter les résidus à partir de resnr

-[no]saisir (non)
Stockez la charge de l'atome dans le champ du facteur B et le rayon de l'atome dans
le champ d'occupation

-rvdw (0.12)
Rayon de Van der Waals par défaut (en nm) s'il est introuvable dans la base de données ou si
aucun paramètre n'est présent dans le fichier de topologie

-[non]sig56 (non)
Utiliser rmin/2 (minimum dans le potentiel de Van der Waals) plutôt que sigma/2

-[non]vdwread (non)
Lire les rayons de Van der Waals dans le fichier vdwradii.dat plutôt que de calculer le
rayons basés sur le champ de force

-[pas]atome (non)
Forcer l'attachement au facteur B par atome

-[no]légende (non)
Créer une légende du facteur B

-étiquette (A)
Ajouter une étiquette de chaîne pour tous les résidus

-[pas] de connexion (non)
Ajouter des enregistrements CONECT à un .pdb fichier lors de l'écriture. Ne peut être fait que lorsqu'une topologie est
représentent

CONNUE QUESTIONS

· Pour les molécules complexes, la routine de suppression de périodicité peut échouer, dans ce cas vous
pouvez utiliser gmx trjconv.

Utilisez gmx-editconf en ligne à l'aide des services onworks.net