gmx-grompp - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-grompp - Créer un fichier d'entrée d'exécution

SYNOPSIS

gmx gromp [-f [<.mdp>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-r [<.gro/.g96/...>]]
[-rb [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-p [<.top>]]
[-t [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-réf [<.trr/.cpt/...>]] [-po [<.mdp>]] [-pp [<.top>]]
[-o [<.tpr>]] [-imd [<.gro>]] [-[nov] [-temps ]
[-[no]rmvsbds] [-maxavern ] [-[pas]zéro] [-[non]renum]

DESCRIPTION

gmx grognon (le préprocesseur gromacs) lit un fichier de topologie moléculaire, vérifie la validité
du fichier, étend la topologie d'une description moléculaire à une description atomique.
Le fichier de topologie contient des informations sur les types de molécules et le nombre de molécules,
le préprocesseur copie chaque molécule selon les besoins. Il n'y a pas de limitation du nombre de
types de molécules. Les liaisons et les angles de liaison peuvent être convertis en contraintes, séparément pour
hydrogènes et atomes lourds. Ensuite, un fichier de coordonnées est lu et les vitesses peuvent être générées
d'une distribution maxwellienne si demandé. gmx grognon lit également les paramètres de gmx
mdrun (par exemple, nombre de pas MD, pas de temps, coupure), et d'autres tels que les paramètres NEMD,
qui sont corrigés pour que l'accélération nette soit nulle. Finalement, un fichier binaire est
produit qui peut servir de fichier d'entrée unique pour le programme MD.

gmx grognon utilise les noms d'atome du fichier de topologie. Les noms des atomes dans la coordonnée
fichier (option -c) ne sont lus que pour générer des avertissements lorsqu'ils ne correspondent pas aux noms des atomes
dans la topologie. Notez que les noms des atomes ne sont pas pertinents pour la simulation car seuls les
les types d'atomes sont utilisés pour générer des paramètres d'interaction.

gmx grognon utilise un préprocesseur intégré pour résoudre les inclusions, les macros, etc. Le préprocesseur
prend en charge les mots-clés suivants :

#ifdef VARIABLE
#ifndef VARIABLE
#else
#endif
#définir la VARIABLE
#undef VARIABLE
#include "nom de fichier"
#comprendre

Le fonctionnement de ces instructions dans votre topologie peut être modulé en utilisant le
suivant deux drapeaux dans votre .mdp fichier:

définir = -VARIABLE1 -VARIABLE2
inclure = -I/home/john/doe

Pour plus d'informations, un manuel de programmation en C peut vous aider. Spécification du -pp
flag obtiendra le fichier de topologie prétraité écrit afin que vous puissiez vérifier son
Contenu.

Lors de l'utilisation de contraintes de position, un fichier avec des coordonnées de contrainte peut être fourni avec -r,
sinon, la retenue sera effectuée par rapport à la conformation du -c option.
Pour le calcul de l'énergie libre, les coordonnées de la topologie B peuvent être fournies avec
-rb, sinon ils seront égaux à ceux de la topologie A.

Les coordonnées de départ peuvent être lues à partir de la trajectoire avec -t. La dernière image avec les coordonnées
et les vitesses seront lues, à moins que le -temps option est utilisée. Seulement si ces informations sont
absent les coordonnées dans le -c fichier être utilisé. Notez que ces vitesses ne
être utilisé quand gen_vel = oui dans votre .mdp déposer. Un dossier énergétique peut être fourni avec -e à
lire les variables de couplage Nose-Hoover et/ou Parrinello-Rahman.

gmx grognon permet de relancer les simulations (en préservant la continuité) en ne fournissant qu'un
fichier de point de contrôle avec -t. Cependant, pour simplement changer le nombre d'étapes d'exécution pour étendre un
exécuter, en utilisant gmx convertir-tpr est plus pratique que gmx grognon. Vous fournissez ensuite l'ancien
fichier de point de contrôle directement dans gmx mdrun avec -cpi. Si vous souhaitez changer d'ensemble ou
des choses comme la fréquence de sortie, puis la fourniture du fichier de point de contrôle à gmx grognon avec -t
accompagné d'un nouveau .mdp fichier avec -f est la procédure recommandée. En fait, préservant le
l'ensemble (si possible) nécessite toujours de transmettre le fichier de point de contrôle à gmx mdrun -cpi.

Par défaut, toutes les interactions liées qui ont une énergie constante en raison du site virtuel
les constructions seront supprimées. Si cette énergie constante n'est pas nulle, il en résultera une
déplacement de l'énergie totale. Toutes les interactions liées peuvent être conservées en désactivant -rmvsbds.
De plus, toutes les contraintes de distances qui seront de toute façon constantes en raison de
les constructions de sites virtuels seront supprimées. S'il subsiste des contraintes impliquant
sites virtuels, une erreur fatale en résultera.

Pour vérifier votre fichier d'entrée d'exécution, veuillez prendre note de tous les avertissements à l'écran et corriger
Où il faut. Regardez aussi le contenu du mdout.mdp déposer; cela contient un commentaire
lignes, ainsi que l'entrée qui gmx grognon A lu. En cas de doute, vous pouvez commencer gmx
grognon grâce à la fonction -déboguer option qui vous donnera plus d'informations dans un fichier appelé
grompp.log (avec de vraies informations de débogage). Vous pouvez voir le contenu du fichier d'entrée d'exécution
grâce à la fonction gmx déverser . gmx choisissez peut être utilisé pour comparer le contenu de deux entrées d'exécution
fichiers.

Le -maxavern L'option peut être utilisée pour remplacer les avertissements imprimés par gmx grognon que sinon
arrêter la sortie. Dans certains cas, les avertissements sont inoffensifs, mais généralement ils ne le sont pas. L'utilisateur est
conseillé d'interpréter soigneusement les messages de sortie avant d'essayer de les contourner avec
cette option.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-f [<.mdp>] (grompp.mdp)
fichier d'entrée grompp avec les paramètres MD

-c [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
Fichier de structure : gro g96 pdb brk ent esp tpr

-r [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (Facultatif)
Fichier de structure : gro g96 pdb brk ent esp tpr

-rb [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (Facultatif)
Fichier de structure : gro g96 pdb brk ent esp tpr

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

-p [<.top>] (topol.top)
Fichier de topologie

-t [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (Facultatif)
Trajectoire de précision complète : trr cpt tng

-e [<.edr>] (ener.edr) (Facultatif)
Dossier énergie

Options pour spécifier les fichiers d'entrée/sortie :

-réf [<.trr/.cpt/...>] (rotref.trr) (Facultatif)
Trajectoire de précision complète : trr cpt tng

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-po [<.mdp>] (mdout.mdp)
fichier d'entrée grompp avec les paramètres MD

-pp [<.top>] (traité.top) (Facultatif)
Fichier de topologie

-o [<.tpr>] (topol.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr

-imd [<.gro>] (imdgroup.gro) (Facultatif)
Fichier de coordonnées au format Gromos-87

D'autres options:

-[nov (non)
Soyez fort et bruyant

-temps (-1)
Prenez le cadre à ou après cette heure.

-[no]rmvsbds (Oui)
Supprimer les interactions liées constantes avec les sites virtuels

-maxavern (0)
Nombre d'avertissements autorisés pendant le traitement des entrées. Ne convient pas à un usage normal et peut
générer des systèmes instables

-[pas]zéro (non)
Définir les paramètres pour les interactions liées sans valeurs par défaut à zéro au lieu de
générer une erreur

-[non]renum (Oui)
Renuméroter les types d'atomes et minimiser le nombre de types d'atomes

Utilisez gmx-grompp en ligne en utilisant les services onworks.net