Il s'agit de la commande gmx-helix qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-helix - Calculer les propriétés de base des hélices alpha
SYNOPSIS
hélice gmx [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[maintenant] [-r0 ] [-[non]q] [-[non]F]
[-[non]db] [-[non]ev] [-ahxstart ] [-ahxend ]
DESCRIPTION
gmx hélice calcule toutes sortes de propriétés d'hélice. Tout d'abord, le peptide est vérifié pour trouver
la partie hélicoïdale la plus longue, telle que déterminée par les liaisons hydrogène et les angles phi/psi. Ce peu est
adapté à une hélice idéale autour de la z-axe et centré autour de l'origine. Puis le
les propriétés suivantes sont calculées :
· Rayon d'hélice (fichier rayon.xvg). C'est simplement l'écart RMS en deux dimensions
pour tous les atomes Calpha. il est calculé comme sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) où N est
le nombre d'atomes du squelette. Pour une hélice idéale, le rayon est de 0.23 nm.
· Twist (fichier torsion.xvg). L'angle hélicoïdal moyen par résidu est calculé. Pour un
l'hélice alpha est de 100 degrés, pour 3 à 10 hélices elle sera plus petite et pour 5 hélices
il sera plus grand.
· Hausse par résidu (fichier montée.xvg). L'ascension hélicoïdale par résidu est représentée par le
Différence de z-coordonnée entre les atomes Calpha. Pour une hélice idéale, celle-ci est de 0.15 nm.
· Longueur totale de l'hélice (fichier len-ahx.xvg). La longueur totale de l'hélice en nm. C'est
simplement l'augmentation moyenne (voir ci-dessus) multipliée par le nombre de résidus hélicoïdaux (voir ci-dessous).
· Helix dipôle, backbone uniquement (fichier dip-ahx.xvg).
· Ecart RMS par rapport à l'hélice idéale, calculé pour les atomes Calpha uniquement (fichier
rms-ahx.xvg).
· Angle dièdre moyen Calpha - Calpha (fichier phi-ahx.xvg).
· Angles phi et psi moyens (fichier phipsi.xvg).
· Ellipticité à 222 nm selon Hirst et Brooks.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Fichier d'index
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
Fichier de structure : gro g96 pdb brk ent esp
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps ainsi que .pdb fichiers
-r0 (1)
Le premier numéro de résidu dans la séquence
-[non]q (non)
Vérifiez à chaque étape quelle partie de la séquence est hélicoïdale
-[non]F (Oui)
Basculer l'ajustement vers une hélice parfaite
-[non]db (non)
Imprimer Infos debug
-[non]ev (non)
Écrire un nouveau fichier 'trajectoire' pour ED
-ahxstart (0)
Premier résidu dans l'hélice
-ahxend (0)
Dernier résidu en hélice
Utilisez gmx-helix en ligne en utilisant les services onworks.net
