gmx-mdmat - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-mdmat - Calculer les cartes de contact des résidus

SYNOPSIS

gmx mdmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-signifier [<.xpm>]] [-cadres [<.xpm>]] [-non [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-xvg ]
[-t ] [-nniveaux ]

DESCRIPTION

gmx mdmat fait des matrices de distance constituées de la plus petite distance entre les résidus
paires. Avec -cadres, ces matrices de distance peuvent être stockées afin de voir les différences de
structure tertiaire en fonction du temps. Si vous choisissez vos options de manière imprudente, cela peut
générer un gros fichier de sortie. Par défaut, seule une matrice moyennée sur l'ensemble
la trajectoire est sortie. Également un décompte du nombre de contacts atomiques différents entre
des résidus sur toute la trajectoire peuvent être réalisés. La sortie peut être traitée avec gmx
xpm2ps pour créer un tracé PostScript (tm).

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-signifier [<.xpm>] (dm.xpm)
Fichier de matrice compatible X PixMap

-cadres [<.xpm>] (dmf.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap

-non [<.xvg>] (num.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

D'autres options:

-b (0) en anglais
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-e (0) en anglais
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-DT (0) en anglais
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)

-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun

-t (1.5) en anglais
distance du tronc

-nniveaux (40) en anglais
Discrétiser la distance dans ce nombre de niveaux

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