Il s'agit de la commande gmx-nmens qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-nmens - Génère un ensemble de structures à partir des modes normaux
SYNOPSIS
gmx nmens [-v [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.xvg>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]] [-xvg ]
[-température ] [-la graine ] [-sur une ] [-première ]
[-dernier ]
DESCRIPTION
gmx nmens génère un ensemble autour d'une structure moyenne dans un sous-espace défini
par un ensemble de modes normaux (vecteurs propres). Les vecteurs propres sont supposés être
pondéré en masse. La position le long de chaque vecteur propre est tirée aléatoirement d'une gaussienne
distribution avec la variance kT/valeur propre.
Par défaut, le vecteur propre de départ est défini sur 7, puisque les six premiers modes normaux sont les
degrés de liberté de translation et de rotation.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Trajectoire de précision complète : trr cpt tng
-e [<.xvg>] (valeur propre.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.xtc/.trr/...>] (ensemble.xtc)
Trajectoire: xtc trr gro g96 pdb tng
D'autres options:
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
-température (300)
Température en Kelvin
-la graine (-1)
Graine aléatoire, -1 génère une graine à partir du temps et du pid
-sur une (100)
Nombre de structures à générer
-première (7)
Premier vecteur propre à utiliser (-1 est sélectionné)
-dernier (-1)
Dernier vecteur propre à utiliser (-1 est jusqu'au dernier)
Utilisez gmx-nmens en ligne en utilisant les services onworks.net
