Il s'agit de la commande gmx-nmtraj qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-nmtraj - Génère une trajectoire oscillante virtuelle à partir d'un vecteur propre
SYNOPSIS
gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-étranger ]
[-phases ] [-température ] [-amplitude ]
[-nframes ]
DESCRIPTION
gmx nmtraj génère une trajectoire virtuelle à partir d'un vecteur propre, correspondant à un
Oscillation cartésienne harmonique autour de la structure moyenne. Les vecteurs propres doivent
normalement être pondéré en masse, mais vous pouvez utiliser des vecteurs propres non pondérés pour générer
mouvements orthogonaux. Les trames de sortie sont écrites sous la forme d'un fichier de trajectoire couvrant un
période, et la première image est la structure moyenne. Si vous écrivez la trajectoire en (ou
convertir en) format PDB, vous pouvez le visualiser directement dans PyMol et également rendre un rendu photoréaliste
film. Les amplitudes de mouvement sont calculées à partir des valeurs propres et d'une température prédéfinie,
en supposant l'équipartition de l'énergie sur tous les modes. Pour rendre le mouvement clairement visible dans
PyMol, vous voudrez peut-être l'amplifier en réglant une température irréaliste.
Cependant, sachez que les déplacements cartésiens linéaires et la pondération de masse seront
conduire à de sérieuses déformations de la structure pour des amplitudes élevées - il s'agit simplement d'une limitation
du modèle cartésien du mode normal. Par défaut, le vecteur propre sélectionné est défini sur 7, puisque
les six premiers modes normaux sont les degrés de liberté en translation et en rotation.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Trajectoire de précision complète : trr cpt tng
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
Trajectoire: xtc trr gro g96 pdb tng
D'autres options:
-étranger (7)
Chaîne de vecteurs propres à utiliser (le premier est 1)
-phases (0.0)
Chaîne de phases (la valeur par défaut est 0.0)
-température (300)
Température (K)
-amplitude (0.25)
Amplitude pour les modes avec valeur propre<=0
-nframes (30)
Nombre d'images à générer
Utilisez gmx-nmtraj en ligne en utilisant les services onworks.net
