Il s'agit de la commande gmx-rmsdist qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-rmsdist - Calcule les distances de paires d'atomes moyennées avec une puissance -2, -3 ou -6
SYNOPSIS
gmx rmsdist[-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-équiv [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-rms [<.xpm>]]
[-scl [<.xpm>]] [-signifier [<.xpm>]] [-nmr3 [<.xpm>]]
[-nmr6 [<.xpm>]] [-non [<.dat>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[maintenant] [-xvg ] [-nniveaux ]
[-max ] [-[non] somme] [-[non]pbc]
DESCRIPTION
gmx rmsdist calcule la déviation quadratique moyenne des distances atomiques, qui a le
avantage qu'aucun ajustement n'est nécessaire comme dans l'écart RMS standard calculé par gmx rms.
La structure de référence est extraite du fichier de structure. Le RMSD à l'instant t est
calculé comme le RMS des différences de distance entre les paires d'atomes dans la référence
structure et la structure au temps t.
gmx rmsdist peut également produire des matrices des distances rms, distances rms mises à l'échelle avec le
distance moyenne et les distances moyennes et matrices avec distances moyennes RMN (1/r^3 et
1/r^6 moyenne). Enfin, des listes de paires d'atomes avec une distance moyenne de 1/r^3 et 1/r^6
en dessous de la distance maximale (-max, qui sera par défaut à 0.6 dans ce cas) peut être
généré, par défaut en faisant la moyenne sur des hydrogènes équivalents (tous les triplets d'hydrogènes nommés
*[123]). De plus, une liste d'atomes équivalents peut être fournie (-équiv), chaque ligne
contenant un ensemble d'atomes équivalents spécifiés comme numéro et nom de résidu et nom d'atome ;
par exemple:
Demi-pension* 3 ÊTRE NOUS MÊMES HB1 3 ÊTRE NOUS MÊMES HB2
Les noms de résidus et d'atomes doivent correspondre exactement à ceux du fichier de structure, y compris la casse.
La spécification d'atomes non séquentiels n'est pas définie.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
-équiv [<.dat>] (équiv.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.xvg>] (disrmsd.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-rms [<.xpm>] (rmsdist.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap
-scl [<.xpm>] (rmsscale.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap
-signifier [<.xpm>] (moyenne efficace.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap
-nmr3 [<.xpm>] (nmr3.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap
-nmr6 [<.xpm>] (nmr6.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap
-non [<.dat>] (noe.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps ainsi que .pdb fichiers
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
-nniveaux (40)
Discrétiser RMS dans ce nombre de niveaux
-max (-1)
Niveau maximum dans les matrices
-[non] somme (Oui)
Distance moyenne sur des hydrogènes équivalents
-[non]pbc (Oui)
Utiliser des conditions aux limites périodiques lors du calcul des distances
Utilisez gmx-rmsdist en ligne à l'aide des services onworks.net
