Il s'agit de la commande gmx-sans qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-sans - Calculer des spectres de diffusion de neutrons aux petits angles
SYNOPSIS
gmx sans [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-d [<.dat>]] [-pr [<.xvg>]] [-carré [<.xvg>]]
[-prframe [<.xvg>]] [-cadre carré [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-toi ] [-xvg ]
[-poubelle ] [-mode ] [-mcouvrir ]
[-méthode ] [-[non]pbc] [-la grille ] [-startq ]
[-endq ] [-qétape ] [-la graine ]
DESCRIPTION
gmx sans calcule les spectres SANS en utilisant la formule de Debye. Il utilise actuellement un fichier de topologie
(puisqu'il faut attribuer un élément à chaque atome).
Paramètres:
-pr Calcule la fonction g(r) normalisée moyennée sur la trajectoire
-prframe Calcule la fonction g(r) normalisée pour chaque trame
-carré Calcule la courbe d'intensité SANS moyennée sur la trajectoire
-cadre carré Calcule la courbe d'intensité SANS pour chaque image
-startq Valeur q de départ en nm
-endq Valeur q finale en nm
-qétape Marcher dans l'espace q
Remarque : Lors de l'utilisation de la méthode directe Debye, le coût de calcul augmente de 1/2 * N * (N - 1)
où N est le nombre d'atomes dans le groupe d'intérêt.
AVERTISSEMENT : si sq ou pr sont spécifiés, cet outil peut produire un grand nombre de fichiers ! Jusqu'à deux
fois plus grand que le nombre d'images !
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
-d [<.dat>] (nsfactor.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-pr [<.xvg>] (pr.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-carré [<.xvg>] (carré.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-prframe [<.xvg>] (prframe.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
-cadre carré [<.xvg>] (cadre carré.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-toi (pss)
Unité pour les valeurs de temps : fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
-poubelle (0.2)
[HIDDEN]Largeur binaire (nm)
-mode (direct)
Mode de calcul sans spectre : direct, mc
-mcouvrir (-1)
La couverture Monte-Carlo doit être de -1 (par défaut) ou (0,1]
-méthode (au revoir)
[HIDDEN]Méthode de calcul sans spectre : debye, fft
-[non]pbc (Oui)
Utiliser des conditions aux limites périodiques pour calculer les distances
-la grille (0.05)
[HIDDEN]Espacement de la grille (en nm) pour les FFT
-startq (0)
Démarrage q (1/nm)
-endq (2)
Fin q (1/nm)
-qétape (0.01)
Pas en q (1/nm)
-la graine (0)
Graine aléatoire pour Monte-Carlo
Utilisez gmx-sans en ligne en utilisant les services onworks.net
