gmx-wham - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-wham - Effectuer une analyse d'histogramme pondérée après échantillonnage parapluie

SYNOPSIS

gmx pan [-ix [<.dat>]] [-si [<.dat>]] [-il [<.dat>]] [-ip [<.dat>]]
[-is [<.dat>]] [-iiacte [<.dat>]] [-languette [<.dat>]]
[-o [<.xvg>]] [-historique [<.xvg>]] [-acte [<.xvg>]]
[-bsres [<.xvg>]] [-bsprof [<.xvg>]] [-xvg ]
[-min ] [-max ] [-[non]auto] [-bacs ]
[-température ] [-tol ] [-[nov] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-[non]historiquement] [-[no]limites seulement]
[-[non]journal] [-unité ] [-zprof0 ] [-[non]cycle]
[-[non]sym] [-[non]ca] [-acsig ] [-ac-trestart ]
[-nBootstrap ] [-bs-méthode ] [-bs-tau ]
[-bs-graine ] [-histbs-bloc ] [-[non]vbs]

DESCRIPTION

gmx pan est un programme d'analyse qui implémente la méthode d'analyse d'histogramme pondéré
(PAN). Il est destiné à analyser les fichiers de sortie générés par des simulations d'échantillonnage parapluie
pour calculer un potentiel de force moyenne (PMF).

gmx pan n'est actuellement pas complètement à jour. Il ne prend en charge que les configurations d'extraction où le premier
les coordonnées pull sont/sont des coordonnées pull parapluie et, si plusieurs coordonnées doivent
être analysés, tous utilisaient la même géométrie et les mêmes dimensions. Dans la plupart des cas, il ne s'agit pas d'un
problème.

À l'heure actuelle, trois modes d'entrée sont pris en charge.

· Avec option -il, l'utilisateur fournit un fichier qui contient les noms de fichiers du parapluie
fichiers d'entrée d'exécution de simulation (.tpr fichiers), ET, avec option -ix, un fichier qui contient
noms de fichiers du pullx mdrun fichiers de sortie. Les .tpr et les fichiers pullx doivent être dans
ordre correspondant, c'est-à-dire le premier .tpr créé le premier pullx, etc.

· Identique au mode d'entrée précédent, sauf que l'utilisateur fournit la sortie de force de traction
noms de fichiers (pullf.xvg) avec option -si. De la force de traction la position dans le
le potentiel parapluie est calculé. Cela ne fonctionne pas avec les potentiels parapluie tabulés.

· Avec option -ip, l'utilisateur fournit les noms de fichiers des fichiers .pdo (gzippés), c'est-à-dire les GROMACS
3.3 fichiers de sortie parapluie. Si vous avez des coordonnées de réaction inhabituelles, vous pouvez également
générer vos propres fichiers .pdo et les alimenter avec le -ip option dans gmx panL’
L'en-tête du fichier .pdo doit ressembler à ce qui suit :

# PARAPLUIE 3.0
# Sélection du composant : 0 0 1
# nIgnorer 1
# Réf. Groupe 'TestAtom'
# N° des groupes de tirage 2
# Groupe 1 'GR1' Umb. Pos. 5.0 Umb. Les inconvénients. 1000.0
# Groupe 2 'GR2' Umb. Pos. 2.0 Umb. Les inconvénients. 500.0
#####

Le nombre de groupes d'appels, de positions de parapluie, de constantes de force et de noms peut (de
bien sûr) diffèrent. Après l'en-tête, une colonne de temps et une colonne de données pour chaque tirage
groupe suit (c'est-à-dire le déplacement par rapport au centre du parapluie). Jusqu'à quatre
Les groupes d'extraction sont actuellement possibles par fichier .pdo.

Par défaut, tous les groupes d'extraction trouvés dans tous les fichiers pullx/pullf sont utilisés dans WHAM. Si seulement certains
des groupes d'extraction doit être utilisé, un fichier de sélection de groupe d'extraction (option -is) peut être
à condition de. Le fichier de sélection doit contenir une ligne pour chaque fichier tpr dans tpr-files.dat.
Chacune de ces lignes doit contenir un chiffre (0 ou 1) pour chaque groupe d'extraction dans le fichier tpr.
Ici, 1 indique que le groupe d'extraction est utilisé dans WHAM, et 0 signifie qu'il est omis. Exemple:
Si vous avez trois fichiers tpr, chacun contenant 4 groupes d'extraction, mais uniquement les groupes d'extraction 1 et 2
doit être utilisé, groupsel.dat ressemble à ceci :

1 1 0 0
1 1 0 0
1 1 0 0

Par défaut, les fichiers de sortie sont

· -o Fichier de sortie PMF

· -historique Fichier de sortie des histogrammes

Vérifiez toujours si les histogrammes se chevauchent suffisamment.

Le potentiel parapluie est supposé être harmonique et les constantes de force sont lues à partir du
.tpr ou des fichiers .pdo. Si une force parapluie non harmonique a été appliquée, un potentiel tabulé peut
bénéficier de -languette.

PAN Options
· -bacs Nombre de bacs utilisés dans l'analyse

· -température Température dans les simulations

· -tol Arrêter l'itération si le profil (probabilité) a changé moins que la tolérance

· -voiture Détermination automatique des limites

· -min max Limites du profil

Les points de données qui sont utilisés pour calculer le profil peuvent être restreints avec des options -b,
-eet -DT. Régler -b pour assurer un équilibre suffisant dans chaque fenêtre parapluie.

et -Journal (par défaut) le profil est écrit en unités énergétiques, sinon (avec -nolog) comme
probabilité. L'unité peut être spécifiée avec -unité. Avec la production d'énergie, l'énergie dans le
le premier bac est défini comme étant zéro. Si vous voulez que l'énergie gratuite à une position différente
être à zéro, régler -zprof0 (utile avec le bootstrapping, voir ci-dessous).

Pour coordonnées de réaction cycliques ou périodiques (angle dièdre, canal PMF sans osmotique
dégradé), l'option -cycle est utile. gmx pan utilisera la périodicité des
système et générer un PMF périodique. Le premier et le dernier casier de la coordonnée de réaction
seront supposés être voisins.

Option -sym symétrise le profil autour de z=0 avant sortie, ce qui peut être utile pour,
par exemple des membranes.

Parallélisation
Si disponible, le nombre de threads OpenMP utilisés par g_wham est contrôlé avec -NT.

Autocorrélations
et -ac, gmx pan estime le temps d'autocorrélation intégré (IACT) tau pour chaque
fenêtre parapluie et pondère la fenêtre respective avec 1/[1+2*tau/dt]. Les IACT sont
écrit dans le fichier défini avec -acte. En mode verbeux, toutes les fonctions d'autocorrélation
(ACF) sont écrits dans hist_autocorr.xvg. Parce que les IACTs peuvent être gravement sous-estimés
en cas d'échantillonnage limité, option -acsig permet de lisser les IACTs le long de la
coordonnée de réaction avec une gaussienne (sigma munie de -acsig, voir la sortie dans iact.xvg).
A noter que les IACT sont estimées par simple intégration des ACF alors que les ACF sont
plus grand 0.05. Si vous préférez calculer les IACT par une méthode plus sophistiquée (mais
moins robuste) comme l'ajustement à une double exponentielle, vous pouvez calculer les IACT
avec gmx il analyse et les fournir à gmx pan avec le fichier iact-in.dat (option -iiacte),
qui doit contenir une ligne par fichier d'entrée (fichier .pdo ou pullx/f) et une colonne par
pull group dans le fichier respectif.

Erreur analyse
Les erreurs statistiques peuvent être estimées avec une analyse bootstrap. Utilisez-le avec précaution, sinon
l'erreur statistique peut être considérablement sous-estimée. Plus de contexte et d'exemples
pour la technique du bootstrap se trouve dans Hub, de Groot et Van der Spoel, JCTC (2010)
6: 3713-3720. -nBootstrap définit le nombre de bootstraps (utilisez, par exemple, 100). Quatre
les méthodes d'amorçage sont prises en charge et sélectionnées avec -bs-méthode.

· b-histo Par défaut : les histogrammes complets sont considérés comme des points de données indépendants, et le
bootstrap est réalisé en attribuant des poids aléatoires aux histogrammes ("Bayesian
bootstrap"). Notez que chaque point le long de la coordonnée de réaction doit être couvert par
plusieurs histogrammes indépendants (par exemple 10 histogrammes), sinon l'erreur statistique est
sous-estimé.

· hist Les histogrammes complets sont considérés comme des points de données indépendants. Pour chaque
bootstrap, N histogrammes sont choisis aléatoirement parmi les N histogrammes donnés (permettant
duplication, c'est-à-dire échantillonnage avec remise). Pour éviter les lacunes sans données le long de la
blocs de coordonnées de réaction des histogrammes (-histbs-bloc) peut être défini. Dans ce cas,
les histogrammes donnés sont divisés en blocs et seuls les histogrammes à l'intérieur de chaque bloc sont
mixte. Notez que les histogrammes de chaque bloc doivent être représentatifs de tous
histogrammes possibles, sinon l'erreur statistique est sous-estimée.

· Traj Les histogrammes donnés sont utilisés pour générer de nouvelles trajectoires aléatoires, telles que le
les points de données générés sont distribués selon les histogrammes donnés et correctement
autocorrélée. Le temps d'autocorrélation (ACT) pour chaque fenêtre doit être connu, utilisez donc -ac
ou fournir à l'ACT -iiacte. Si les ACT de toutes les fenêtres sont identiques (et connus), vous
peut également leur fournir -bs-tau. Notez que cette méthode peut gravement sous-estimer
l'erreur en cas d'échantillonnage limité, c'est-à-dire si les histogrammes individuels ne représentent pas
l'espace de phase complet aux positions respectives.

· traj-gauss La même que la méthode Traj, mais les trajectoires ne sont pas amorcées à partir du
histogrammes parapluie mais à partir de gaussiennes avec la moyenne et la largeur du parapluie
histogrammes. Cette méthode donne des estimations d'erreur similaires comme la méthode Traj.

Sortie d'amorçage :

· -bsres Profil moyen et écarts types

· -bsprof Tous les profils d'amorçage

et -vbs (bootstrap verbeux), les histogrammes de chaque bootstrap sont écrits, et, avec
méthode bootstrap Traj, les fonctions de distribution cumulative des histogrammes.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-ix [<.dat>] (pullx-files.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique

-si [<.dat>] (pulf-files.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique

-il [<.dat>] (fichiers-tpr.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique

-ip [<.dat>] (fichiers-pdo.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique

-is [<.dat>] (groupesel.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique

-iiacte [<.dat>] (iact-in.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique

-languette [<.dat>] (umb-pot.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-o [<.xvg>] (profil.xvg)
fichier xvgr/xmgr

-historique [<.xvg>] (histo.xvg)
fichier xvgr/xmgr

-acte [<.xvg>] (iact.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-bsres [<.xvg>] (bsRésultat.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-bsprof [<.xvg>] (bsProfs.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

D'autres options:

-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun

-min (0)
Coordonnée minimale dans le profil

-max (0)
Coordonnée maximale dans le profil

-[non]auto (Oui)
Déterminer le min et le max automatiquement

-bacs (200)
Nombre de bacs dans le profil

-température (298)
Température

-tol (1e-06)
Tolérance

-[nov (non)
Mode verbeux

-b (50)
Première fois à analyser (ps)

-e (1e+20)
Dernière fois pour analyser (ps)

-DT (0)
Analyser uniquement chaque dt ps

-[non]historiquement (non)
Écrire des histogrammes et quitter

-[no]limites seulement (non)
Déterminer min et max et sortir (avec -voiture)

-[non]journal (Oui)
Calculer le log du profil avant impression

-unité (kJ)
Unité d'énergie en cas de sortie de journal : kJ, kCal, kT

-zprof0 (0)
Définir le profil à 0.0 à cette position (avec -Journal)

-[non]cycle (non)
Créer un profil cyclique/périodique. Suppose que min et max sont le même point.

-[non]sym (non)
Symétriser le profil autour de z=0

-[non]ca (non)
Calculer les temps d'autocorrélation intégrés et utiliser dans wham

-acsig (0)
Lisser les temps d'autocorrélation le long de la coordonnée de réaction avec la gaussienne de ce sigma

-ac-trestart (1)
Lors du calcul des fonctions d'autocorrélation, redémarrez le calcul tous les .. (ps)

-nBootstrap (0)
nombre de bootstraps pour estimer l'incertitude statistique (par exemple, 200)

-bs-méthode (b-hist)
Méthode bootstrap : b-hist, hist, traj, traj-gauss

-bs-tau (0)
Temps d'autocorrélation (ACT) supposé pour tous les histogrammes. Utiliser l'option -ac si ACT est
inconnu.

-bs-graine (-1)
Graine pour l'amorçage. (-1 = temps d'utilisation)

-histbs-bloc (8)
Lorsque vous mélangez des histogrammes, ne mélangez que dans des blocs de -histbs-bloc.

-[non]vbs (non)
Amorçage détaillé. Imprimez les CDF et un fichier d'histogramme pour chaque bootstrap.

Utilisez gmx-wham en ligne en utilisant les services onworks.net