Il s'agit de la commande go-show-paths-to-rootp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
go-show-paths-to-root.pl - affiche tous les chemins possibles d'un terme vers le haut
SYNOPSIS
go-show-paths-to-root.pl -id GO:0008021 ontologie/ontologie_génétique.obo
go-show-paths-to-root.pl -names -id GO:0008021 ontology/gene_ontology.obo
DESCRIPTION
parcourt le DAG en montrant tous les chemins (termes et relations intermédiaires) vers la racine
Ce script est purement basé sur des fichiers ; il doit analyser l'ontologie à chaque fois
Les analyses ultérieures peuvent être accélérées à l'aide de l'option use_cache
Si vous souhaitez utiliser la base de données GO MySQL, consultez le script go-db-show-paths-to-root.pl dans le fichier go-
distribution db-perl
ARGUMENTS
-e FICHIER ERREUR
écrit des erreurs d'analyse en XML - par défaut STDERR (il ne devrait y avoir aucune erreur d'analyse dans le puits
fichiers formés)
-p Format
détermine quel analyseur utiliser ; si laissé non spécifié, fera une supposition basée sur le fichier
suffixe. Voir ci-dessous pour les formats
-use_cache
Si ce commutateur est spécifié, le mode de mise en cache est activé.
Avec le mode de mise en cache, la première fois que vous analysez un fichier, un fichier supplémentaire sera
exporté dans un format spécial qui est rapide à analyser. Ce fichier aura le même nom de fichier
comme le fichier d'origine, sauf qu'il aura le suffixe ".cache".
La prochaine fois que vous analyserez le fichier, ce programme vérifiera automatiquement l'existence
du fichier ".cache". S'il existe et est plus récent que le fichier que vous avez spécifié, ce
est analysé à la place. S'il n'existe pas, il est reconstruit.
DOCUMENTATION
<http://www.godatabase.org/dev>
Utilisez go-show-paths-to-rootp en ligne à l'aide des services onworks.net
