go2fmtp - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - outil de conversion et ses wrappers

SYNOPSIS

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontologie/*.ontologie
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontologie/gene_ontology.obo

DESCRIPTION

analyse n'importe quel fichier d'ontologie de style GO/OBO et écrit dans un format différent

ARGUMENTS
-e FICHIER ERREUR

écrit des erreurs d'analyse en XML - par défaut STDERR (il ne devrait y avoir aucune erreur d'analyse dans le puits
fichiers formés)

-p Format

détermine quel analyseur utiliser ; si laissé non spécifié, fera une supposition basée sur le fichier
suffixe. Voir ci-dessous pour les formats

-w|écrivain Format

format de sortie - voir ci-dessous pour la liste

-|xslt XSLT

Le nom ou le nom de fichier d'une transformation XSLT

Cela peut être soit un chemin absolu vers un fichier n'importe où sur le système de fichiers, soit il peut simplement
être le nom du xslt ; par exemple

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

Si le nom est spécifié, alors tout d'abord $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl sera recherché ; si
GO_ROOT n'est pas défini, alors le répertoire des modules perl où GO est installé sera recherché (le
xslts sera installé ici automatiquement si vous suivez le processus d'installation normal)

-use_cache
Si ce commutateur est spécifié, le mode de mise en cache est activé.

Avec le mode de mise en cache, la première fois que vous analysez un fichier, un fichier supplémentaire sera
exporté dans un format spécial qui est rapide à analyser. Ce fichier aura le même nom de fichier
comme le fichier d'origine, sauf qu'il aura le suffixe ".cache".

La prochaine fois que vous analyserez le fichier, ce programme vérifiera automatiquement l'existence
du fichier ".cache". S'il existe et est plus récent que le fichier que vous avez spécifié, ce
est analysé à la place. S'il n'existe pas, il est reconstruit.

Cela apportera une amélioration de la vitesse pour b des formats de sortie ci-dessous (tels que
liste de chemins). La plupart des formats de sortie fonctionnent avec l'analyse basée sur les événements, donc la mise en cache de l'objet apporte
aucun avantage et sera en fait plus lent que de contourner le cache

FORMATS
les formats inscriptibles sont

aller_ont
Fichiers avec le suffixe ".ontology"

Ceux-ci stockent les DAG d'ontologie

go_def
Fichiers avec le suffixe ".defs"

go_xref
Références de bases de données externes pour les termes GO

Fichiers avec le suffixe "2go" (par exemple ec2go, metacyc2go)

aller_assoc
Annotations de gènes ou de produits de gènes à l'aide de GO

Fichiers avec le préfixe "gene-association".

obo_texte
Fichiers avec le suffixe ".obo"

Il s'agit d'un nouveau format de fichier remplaçant les formats de fichiers plats GO existants. Ce
gère les ontologies, les définitions et les xréfs (mais pas les associations)

obo_xml
Fichiers avec le suffixe ".obo.xml" ou ".obo-xml"

Il s'agit de la version XML du format de fichier plat OBO ci-dessus

prologue
faits sur les prologues - vous aurez besoin d'un compilateur/interprète de prologues pour les utiliser. Vous pouvez
raisonner sur ces faits en utilisant Obol ou le prochain projet Bio-LP

représentation tabulaire simple (avec perte) tbl

résumé
peut être utilisé à la fois sur les fichiers d'ontologie et les fichiers d'association

liste de chemins
montre tous les chemins vers la racine

chouette format OWL (par défaut : OWL-DL)

OWL est un format standard du W3C pour les ontologies

Vous aurez besoin des fichiers XSL de la distribution go-dev complète pour l'exécuter ; voir le XML
section danshttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
une représentation YAML d'un objet GO::Model::Graph

obj_stockable
Un dump de l'objet perl GO::Model::Graph. Vous avez besoin de Stable from CPAN pour cela pour
travail. Ceci est destiné à mettre en cache des objets sur le système de fichiers, pour un accès rapide. Les
la représentation obj_storable peut ne pas être portable

texte_html
Un format de sortie OBO html

godb_prestore
XML qui correspond directement au schéma relationnel GODB (peut ensuite être chargé en utilisant
cerf-storenode.pl)

chadodb_prestore
XML qui correspond directement au schéma relationnel Chado (peut ensuite être chargé en utilisant
cerf-storenode.pl)

DOCUMENTATION
<http://www.godatabase.org/dev>

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