Il s'agit de la commande gt-chseqids qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gt-chseqids - Modifie les identifiants de séquence par le mappage donné dans un fichier de mappage.
SYNOPSIS
gt chseqids [option ...] fichier_mappage [fichier_GFF3]
DESCRIPTION
-sorte [oui|non]
trier les fonctionnalités GFF3 après avoir modifié les identifiants de séquence (la consommation de mémoire est
proportionnel à la taille du fichier d'entrée) (par défaut : non)
-v [oui|non]
être verbeux (par défaut : non)
-o [nom de fichier]
rediriger la sortie vers le fichier spécifié (par défaut : non défini)
-gzip [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé gzip (par défaut : non)
-bzip2 [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé bzip2 (par défaut : non)
-Obliger [oui|non]
forcer l'écriture dans le fichier de sortie (par défaut : non)
-Aide
afficher l'aide et quitter
-version
afficher les informations de version et quitter
Format de fichier pour mapping_file :
Le fichier de mappage fourni définit une table de mappage nommée « chseqids ». Il cartographie le
les entrées de région de séquence données dans le fichier GFF3_file à d'autres noms. Il peut être défini comme
suit:
chseqids = {
chr1 = "seq1",
chr2 = "seq2"
}
Lorsque cet exemple est utilisé, tous les identifiants de séquence « chr1 » seront remplacés par « seq1 » et tous
identifiants de séquence "chr2" à "seq2".
DE LA LIGNE BOGUES
Signaler des bogues à[email protected]>.
Utilisez gt-chseqids en ligne en utilisant les services onworks.net
