Il s'agit de la commande gt-genomediff qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gt-genomediff - Calcule Kr : distances par paires entre les génomes.
SYNOPSIS
gt génomediff [option ...] (INDEX | -indexname NOM SEQFILE SEQFILE [...])
DESCRIPTION
-type d'index [...]
Spécifier le type d'index, parmi : esa|pck|encseq. Où encseq est une séquence codée et
un tableau de suffixes amélioré sera construit uniquement en mémoire. (par défaut : encseq)
-nom_index [un magnifique]
Nom de base de l'encseq à construire. (par défaut : non défini)
-fichier d'unité [nom de fichier]
spécifie les unités génomiques, voir ci-dessous pour la description. (par défaut : non défini)
-miroré [oui|non]
ajouter virtuellement le complément inverse de chaque séquence (par défaut : non)
-PL [Plus-value]
spécifier la longueur du préfixe pour la recommandation de tri du bucket : utiliser sans argument ; puis un
une longueur de préfixe raisonnable est automatiquement déterminée. (par défaut : 0)
-cc [Plus-value]
spécifier la valeur de couverture de différence (par défaut : 0)
-limite de mémoire [un magnifique]
spécifier la quantité maximale de mémoire à utiliser pendant la construction de l'index (en octets, le
mots clés MB et GB sont autorisés) (par défaut : undefined)
-analyse [oui|non]
ne chargez pas l'index esa mais analysez-le séquentiellement. (par défaut : oui)
-thr [Plus-value]
Seuil de différence (du, dl) dans le calcul de la divergence. Par défaut : 1e-9
-abs_err [Plus-value]
erreur absolue pour le calcul du shulen attendu. par défaut : 1e-5
-rel_err [Plus-value]
erreur relative pour le calcul du shulen attendu. par défaut : 1e-3
-M [Plus-value]
seuil pour le logarithme minimal. par défaut : DBL_MIN
-v [oui|non]
être verbeux (par défaut : non)
-Aide
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-aide+
afficher l'aide pour toutes les options et quitter
-version
afficher les informations de version et quitter
L'outil genomediff accepte uniquement les entrées d'ADN.
Lorsqu'il est utilisé avec des fichiers de séquence ou encseq, un tableau de suffixes amélioré sera créé en mémoire.
L'ESA ne sera pas créée complètement, mais sa construction utilisera -limite de mémoire comme seuil
et le construire en partie, en calculant la longueur Shu pour chaque partie.
Format de fichier pour l'option -fichier d'unité (dans la syntaxe Lua) :
unités = {
génome1 = { "chemin/fichier1.fa", "fichier2.fa" },
génome2 = { "fichier3.fa", "chemin/fichier4.fa" }
}
Indiquez le chemin d'accès aux fichiers tel qu'il a été fourni à l'outil encseq ! Vous pouvez utiliser
$ gt encseq info INDEXNAME
pour obtenir une liste de fichiers dans une séquence codée.
Les lignes de commentaires en Lua commencent par -- et sera ignoré.
Voir GTDIR/testdata/genomediff/unitfile1.lua pour un exemple.
Options -PL, -cc et -limite de mémoire sont des options pour influencer la construction de l'ESA.
DE LA LIGNE BOGUES
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Utilisez gt-genomediff en ligne à l'aide des services onworks.net
