Il s'agit de la commande gt-readjoiner-assembly qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
gt-readjoiner-assembly - Construction d'un graphique de chaînes et de contigs de sortie.
SYNOPSIS
gt relire Assemblée [option ...]
DESCRIPTION
-readset [un magnifique]
spécifiez le nom de l'ensemble de lecture (par défaut : undefined)
-fichiers spm [Plus-value]
nombre de fichiers SPM à lire doit être égal à la valeur de -j pour le chevauchement
phase (par défaut : 1)
-l [Plus-value]
spécifier la longueur minimale du SPM (par défaut : 0)
-coupure de profondeur [Plus-value]
spécifier le nombre minimal de nœuds dans un contig (par défaut : 3)
-longueur de coupure [Plus-value]
spécifier la longueur minimale d'un contig (par défaut : 100)
-les erreurs [oui|non]
rechercher les fonctionnalités du graphique pouvant provenir d'erreurs de séquençage et les supprimer
(par défaut : non)
-bulle [Plus-value]
nombre de tours de suppression de bulles p à effectuer (par défaut : 3)
-impasse [Plus-value]
nombre de tours de suppression d'impasse pour effectuer une impasse (par défaut : 10)
-profondeur sans issue [Plus-value]
spécifier la profondeur maximale d'un chemin jusqu'à un sommet d'extrémité par lequel le chemin doit être
considéré comme une impasse (par défaut : 10)
-v [oui|non]
être verbeux (par défaut : non)
-q [oui|non]
supprimer les messages de sortie standard (par défaut : non)
-Aide
afficher l'aide pour les options de base et quitter
-aide+
afficher l'aide pour toutes les options et quitter
-version
afficher les informations de version et quitter
DE LA LIGNE BOGUES
Signaler des bogues à[email protected]>.
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