Il s'agit de la commande gt-seed_extend qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gt-seed_extend - Calcule les alignements locaux à l'aide de l'algorithme d'amorçage et d'extension.
SYNOPSIS
gt graine_extend [option ...] nom_base_encseq [nom_base_encseq]
DESCRIPTION
-ii [string]
Index d'entrée pour les séquences codées encseq
-qii [string]
Index d'entrée de requête (encseq)
-longueur de graine [valeur]
Longueur minimale d'une valeur par défaut : logarithme de la longueur d'entrée par rapport à la taille de l'alphabet de base
-diagbande passante [valeur]
Logarithme de la largeur de bande diagonale (pour le filtre) (par défaut : 6)
-mincouverture [valeur]
Couverture minimale dans deux bandes diagonales voisines (pour filtre) par défaut : 2.5 x
longueur de graine
-maxfréq [valeur]
Fréquence maximale d'un k-mer (pour filtre) (par défaut : non défini)
-limite de mémoire [string]
Utilisation maximale de la mémoire pour déterminer la fréquence maximale d'un k-mer (pour le filtre)
(par défaut : non défini)
-extensionxdrop [valeur]
Étendre la graine des deux côtés à l'aide de l'algorithme xdrop, le paramètre /nfacultatif spécifie
sensibilité (par défaut : 97)
-xdropbelow [valeur]
Spécifiez le score de coupure xdrop (0 signifie automatiquement défini en fonction de la mini-identité)
-prolonger la gourmandise [valeur]
Étendre la graine des deux côtés à l'aide d'un algorithme glouton, le paramètre facultatif spécifie
sensibilité (par défaut : 97)
-l [valeur]
Longueur d'alignement minimale (pour l'extension de graine) (par défaut : non défini)
- identité mentale [valeur]
Identité minimale des correspondances (pour l'extension de départ) (par défaut : 80)
-a [valeur]
afficher les alignements/séquences (l'argument facultatif est le nombre de colonnes par ligne) (par défaut :
(70)
-pas de marche arrière [oui|non]
ne pas calculer les correspondances sur le brin complémenté inversé (par défaut : non)
-pas de transfert [oui|non]
ne pas calculer les correspondances sur le brin avant (par défaut : non)
-v [oui|non]
être verbeux (par défaut : non)
-Aide
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-version
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