gtf2gff3p - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gtf2gff3 - Convertit les fichiers au format GTF en fichiers GFF3 valides

VERSION

Ce document décrit la version 0.1

SYNOPSIS

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

DESCRIPTION

Ce script convertira les fichiers au format GTF en fichiers au format GFF3 valides. il cartographiera
la valeur de la colonne 3 (colonne \"type\") à un SO valide, mais parce que de nombreux termes non standard
peut apparaître dans cette colonne dans les fichiers GTF, vous pouvez modifier le fichier de configuration pour fournir le vôtre
Mappage de la fonctionnalité GTF vers le SO. Le script construira également des modèles de gènes à partir d'exons, de CDS et
autres fonctionnalités données dans le fichier GTF. Il est actuellement testé sur Ensemble et Twinscan
GTF, et il devrait fonctionner sur tous les autres fichiers qui suivent la même spécification. Cela fait
ne fonctionne pas sur GTF à partir du navigateur de table UCSC car ces fichiers utilisent le même ID pour le gène
et le transcrit, il est donc impossible de regrouper plusieurs transcrits dans un gène. Voir le
README fourni avec le script pour plus d'informations.

OPTIONS :

--cfg
Fournissez le nom de fichier d'un fichier de configuration. Voir le fichier de configuration fourni avec ce
script pour plus de détails sur le format. Utilisez ce fichier de configuration pour modifier le comportement du
scénario. Si aucun fichier de configuration n'est fourni, il recherche ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg dans cet ordre.

--Aidez-moi
Fournissez un message d'aide détaillé sur le style de la page de manuel, puis quittez.

DIAGNOSTIC

"ERREUR : Attributs manquants ou non standard : parse_attributes"
Une ligne du fichier GTF n'avait aucun attribut, ou sa colonne d'attributs était
inanalysable.

"ERREUR : fonctionnalité de gène sans transcription non prise en charge. Veuillez contacter l'auteur pour obtenir de l'aide :
build_gene"
Cet avertissement indique qu'une ligne a été sautée car elle contenait une non-transcription
fonctionnalité de gène, et le code n'est actuellement pas équipé pour gérer ce type de fonctionnalité.
Ce n'est probablement pas trop difficile à ajouter, alors contactez-moi si vous obtenez cette erreur et
aimeraient que ces fonctionnalités soient prises en charge.

"ERREUR : Doit avoir au moins des exons ou des CDS pour créer une transcription : build_trnsc"
Certaines fonctionnalités avaient un transcript_id et pourtant il n'y avait pas d'exons ou de CDS associés à
ce transcript_id afin que le script n'ait pas réussi à créer une transcription.

« ERREUR : conflit seq_id : validate_and_finish_trnsc »
Trouvé deux fonctionnalités dans la même transcription qui ne partageaient pas le même seq_id.

« ERREUR : conflit de source : validate_and_finish_trnsc »
Trouvé deux fonctionnalités dans la même transcription qui ne partageaient pas la même source.

« ERREUR : conflit de type : validate_and_finish_trnsc »
Trouvé deux fonctionnalités dans la même transcription qui devaient partager le même
tapez et pourtant ils ne l'ont pas fait.

« ERREUR : conflit de brin : validate_and_finish_trnsc »
Trouvé deux fonctionnalités dans la même transcription qui ne partageaient pas le même brin.

« ERREUR : conflit seq_id : validate_and_build_gene »
Trouvé deux fonctionnalités dans le même gène qui ne partageaient pas le même seq_id.

« ERREUR : conflit de source : validate_and_build_gene »
Trouvé deux caractéristiques dans le même gène qui ne partageaient pas la même source.

« ERREUR : conflit de brin : validate_and_build_gene »
J'ai trouvé deux caractéristiques dans le même gène qui ne partageaient pas le même brin.

« ERREUR : conflit gene_id : validate_and_build_gene »
Trouvé deux fonctionnalités dans le même gène qui ne partageaient pas le même gene_id.

"FATAL : impossible d'ouvrir le fichier GTF : nom_fichier pour lecture."
Impossible d'ouvrir le fichier GTF en lecture.

"FATAL : Besoin d'exons ou de CDS pour créer des transcriptions : process_start"
Une fonctionnalité start_codon a été annotée et pourtant il n'y avait pas d'exons ou de CDS associés
avec ce transcript_id donc le script a échoué.

"FATAL : code non testé dans process_start. Contactez l'auteur pour obtenir de l'aide."
Le script est écrit pour déduire un codon de départ basé sur la présence d'un UTR 5', mais nous
n'avions aucun exemple de GTF de ce type lorsque nous avons écrit le code, nous avons donc tué le processus plutôt
que d'exécuter du code non testé. Contactez l'auteur pour obtenir de l'aide.

"FATAL : ensemble de fonctionnalités non valide : process_start"
Nous avons essayé d'envisager toutes les manières possibles d'inférer un codon de départ ou d'inférer aa non-
gène codant, et pourtant nous avons échoué. Votre combinaison de caractéristiques génétiques ne fait pas
sens pour nous. Vous ne devriez jamais obtenir cette erreur, et si vous le faites, nous aimerions vraiment voir
le fichier GTF qui l'a généré. Veuillez contacter l'auteur pour obtenir de l'aide.

"FATAL : Besoin d'exons ou de CDS pour créer des transcriptions : process_stop"
Une fonction stop_codon a été annotée et pourtant il n'y avait pas d'exons ou de CDS associés à
ce transcript_id donc le script a échoué.

"FATAL : code non testé dans process_stop. Contactez l'auteur pour obtenir de l'aide."
Le script est écrit pour déduire un codon d'arrêt basé sur la présence d'un 3' UTR, mais nous
n'avions aucun exemple de GTF de ce type lorsque nous avons écrit le code, nous avons donc tué le processus plutôt
que d'exécuter du code non testé. Contactez l'auteur pour obtenir de l'aide.

"FATAL : ensemble de fonctionnalités non valide : process_stop"
Nous avons essayé d'envisager toutes les manières possibles d'inférer un codon stop ou d'inférer aa non-
gène codant, et pourtant nous avons échoué. Votre combinaison de caractéristiques génétiques ne fait pas
sens pour nous. Vous ne devriez jamais obtenir cette erreur, et si vous le faites, nous aimerions vraiment voir
le fichier GTF qui l'a généré. Veuillez contacter l'auteur pour obtenir de l'aide.

"FATAL : ensemble de fonctionnalités non valide : process_exon_CDS_UTR"
Nous avons essayé d'envisager toutes les manières possibles d'inférer des exons, des CDS et des UTR et pourtant nous avons
échoué. Votre combinaison de caractéristiques génétiques n'a pas de sens pour nous. Vous avez vraiment
devrait jamais obtenir cette erreur, et si vous le faites, nous aimerions vraiment voir le fichier GTF qui
l'a généré. Veuillez contacter l'auteur pour obtenir de l'aide.

"FATAL : référence de tableau requise : sort_features."
Un utilisateur ne devrait pas être en mesure de déclencher cette erreur. Cela indique presque certainement une
bogue logiciel. Veuillez contacter l'auteur.

"FATAL : impossible de déterminer le brin dans : sort_feature_types."
Cela peut indiquer que votre fichier GTF n'indique pas le volet pour les fonctionnalités qui
l'exiger. Cela peut également indiquer un bogue logiciel. Veuillez contacter l'auteur.

"FATAL : référence de hachage requise : sort_feature_types."
Un utilisateur ne devrait pas être en mesure de déclencher cette erreur. Cela indique presque certainement une
bogue logiciel. Veuillez contacter l'auteur.

"FATAL : valeur non valide transmise à strand : strand."
Cela peut indiquer que votre fichier GTF n'indique pas le volet pour les fonctionnalités qui
l'exiger. Pensez à utiliser le paramètre DEFAULT_STRAND dans le fichier de configuration. Cela pourrait
indiquent également un bogue logiciel. Veuillez contacter l'auteur.

CONFIGURATION ET ENVIRONNEMENT

Un fichier de configuration est fourni avec ce script. Le script va chercher ça
fichier de configuration dans ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg ou /etc/gtf2gff3.cfg dans cet ordre.
Si le fichier de configuration est introuvable dans l'un de ces emplacements et qu'aucun n'est fourni
via le drapeau --cfg, il essaiera de choisir des valeurs par défaut saines, mais vous devriez vraiment fournir
le fichier de configuration. Voir le fichier de configuration fourni lui-même ainsi que le README
fourni avec ce package pour le format et les détails sur le fichier de configuration.

DÉPENDANCES

Ce script nécessite les packages perl suivants qui sont disponibles à partir de CPAN
(www.cpan.org).

Getopt::Long; utilisez Config::Std;

INCOMPATIBILITÉS

Aucun rapporté.

Utilisez gtf2gff3p en ligne en utilisant les services onworks.net