Il s'agit de la commande GWAMA qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
GWAMA - Méta-analyse d'associations pangénomiques
SYNOPSIS
GWAMA [Options]
DESCRIPTION
Le logiciel GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) effectue une méta-analyse des
résultats des études GWA de phénotypes binaires ou quantitatifs. Effet fixe et aléatoire
des méta-analyses sont effectuées pour les SNP directement génotypés et imputés à l'aide d'estimations
du rapport des cotes alléliques et de l'intervalle de confiance à 95 % pour les caractères binaires, et des estimations de
la taille de l'effet allélique et l'erreur standard pour les phénotypes quantitatifs. GWAMA peut être utilisé
pour analyser les résultats de tous les différents modèles génétiques (multiplicatif, additif,
dominant, récessif). Le logiciel intègre des fonctions de détection d'erreurs pour identifier
erreurs d'alignement des brins et retournement des allèles, et effectue des tests d'hétérogénéité de
effets entre les études.
OPTIONS
-i, --filelist=nom de fichier
Préciser les fichiers de résultats des études. Par défaut = gwama.in
-o, --output=racine de fichier
Spécifiez la racine du fichier pour la sortie de l'analyse. Par défaut = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)
-r, --Aléatoire
Utilisez la correction d'effet aléatoire. Par défaut = désactivé
-gc, --genomic_control
Utilisez le contrôle génomique pour ajuster les fichiers de résultats des études. Par défaut = désactivé
-gco, --genomic_control_output
Utiliser le contrôle génomique sur le résumé de la méta-analyse (c'est-à-dire que les résultats de la méta-analyse sont
corrigé pour gc). Par défaut = désactivé
-qt, --quantitatif
Sélectionnez la version du trait quantitatif (colonnes BETA et SE). Par défaut = trait binaire
-m, --carte=nom de fichier
Sélectionnez le nom du fichier pour la carte des marqueurs.
-t, --seuil=0-1
Le seuil de valeur p pour afficher la direction dans les directions d'effet de résumé. Par défaut =
1
--no_allèles
Aucune information sur les allèles n'a été fournie. Attendant toujours le même EA.
--indel_allèles
Les étiquettes d'allèles peuvent contenir plus d'une seule lettre. Pas de contrôles de brins.
--sexe Exécutez une analyse différenciée selon le sexe et l'hétérogénéité selon le sexe (méthode décrite dans
papier Magi, Lindgren & Morris 2010). Les informations sur le sexe doivent être fournies dans le fichier de liste de fichiers.
(la deuxième colonne après les noms de fichiers est M ou F).
--name_marker
En-tête alternatif au nom du marqueur col.
--name_strand
En-tête alternatif à la colonne de brin.
--nom_n
En-tête alternatif à la taille de l'échantillon col.
--name_ea
En-tête alternatif à la colonne d'allèles d'effet.
--name_nea
En-tête alternatif à la colonne des allèles sans effet.
--name_eaf
En-tête alternatif pour effectuer la colonne de fréquence d'allèle.
--name_bêta
En-tête alternatif à la colonne bêta.
--name_se
En-tête alternatif à std. se tromper. col.
--name_or
En-tête alternatif à la colonne OR.
--name_or_95l
En-tête alternatif à la colonne OR 95L.
--name_or_95u
En-tête alternatif à la colonne OR 95U.
-h, --Aidez-moi
Imprimez cette aide.
-v, --version
Imprimer le numéro de version de GWAMA. Cette page de manuel doit être insuffisante. Veuillez utiliser le
option d'aide pour un rappel rapide des options de gwama ou rendez-vous sur sa page d'accueil
avec la documentation en ligne ou le manuel téléchargeable.
Utilisez GWAMA en ligne en utilisant les services onworks.net
