Il s'agit de la commande hhconsensus qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
hhconsensus - calcule la séquence consensus pour un fichier d'entrée A3M/FASTA
SYNOPSIS
hhconsensus -i [Options]
DESCRIPTION
HHconsensus version 2.0.16 (janvier 2013) Calculer la séquence consensus pour un
Fichier d'entrée A3M/FASTA. (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A et Soding J. HHblits : itératif ultra-rapide
recherche de séquences protéiques par alignement HMM-HMM. Nat. Méthodes 9 :173-175 (2011).
-i
alignement des requêtes (A2M, A3M ou FASTA) ou requête HMM
Sortie options:
-s
ajouter la séquence consensus dans FASTA (par défaut = )
-o
écrire l'alignement avec la séquence consensus dans A3M
-oa3m
même
-oa2m
écrire l'alignement avec la séquence consensus dans A2M
-ofas
écrire l'alignement avec la séquence consensus dans FASTA
-v
mode verbeux : 0 : pas de sortie d'écran 1 : uniquement les avertissements 2 : verbeux
Filtre contribution alignement (choix vous be combiné):
-identifiant [0,100] identité de séquence par paire maximale (%) (def=100)
-diff [0,inf[ filtre l'ensemble de séquences le plus diversifié, en gardant au moins cette
de nombreuses séquences dans chaque bloc de >50 colonnes (def=0)
-cov [0,100] couverture minimale avec requête (%) (def=0)
-qid [0,100] identité de séquence minimale avec requête (%) (def=0)
-qsc [0,100] score minimum par colonne avec requête (def=-20.0)
Entrée alignement Format:
-M a2m utilise A2M/A3M (par défaut) : majuscule = Correspondance ; minuscule = Insérer ; '-' = Supprimer ; '.' =
espaces alignés sur les inserts (peut être omis)
-M premier
utiliser FASTA : les colonnes avec des résidus dans la 1ère séquence sont des états de correspondance
-M
utiliser FASTA : les colonnes avec moins de X % d'écarts sont des états de correspondance
Autre options:
-ajoute ajouter des informations de structure secondaire prédites à partir de PSIPRED
Exemple : hhconsensus -i Stdin -s Stdout
Utilisez hhconsensus en ligne en utilisant les services onworks.net
