hhmake - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

hhmake - construire un HMM à partir d'un alignement d'entrée ou convertir entre le format HMMER et HHsearch
le format

SYNOPSIS

hhfaire -i filet [Options]

DESCRIPTION

HHmake version 2.0.16 (janvier 2013) Construire un HMM à partir d'un alignement d'entrée en A2M, A3M ou
Format FASTA, ou convertissez entre le format HMMER (.hmm) et le format HHsearch (.hhm). Remert
M, Biegert A, Hauser A et Soding J. HHblits : séquence de protéines itérative ultra-rapide
recherche par alignement HMM-HMM. Nat. Méthodes 9 :173-175 (2011). (C) Johannes Soeding,
Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser

-i
alignement des requêtes (A2M, A3M ou FASTA) ou requête HMM

Sortie options:
-o
Fichier HMM dans lequel écrire (par défaut= )

-a
Fichier HMM à ajouter

-v
mode verbeux : 0 : pas de sortie d'écran 1 : uniquement les avertissements 2 : verbeux

-séq
max. nombre de séquences requêtes/modèles affichées (def=10) Attention aux débordements ! Tous
ces séquences sont stockées en mémoire.

-les inconvénients faire la séquence de consensus séquence maître de la requête MSA

-patate douce
utiliser ce nom pour HMM (par défaut : utiliser le nom de la première séquence)

Requête de filtre alignement de séquences multiples

-identifiant [0,100] identité de séquence par paire maximale (%) (def=90)

-diff [0,inf[
filtrer MSA en sélectionnant l'ensemble de séquences le plus diversifié, en gardant au moins ce nombre
seqs dans chaque bloc MSA de longueur 50 (def=100)

-cov [0,100] couverture minimale avec requête (%) (def=0)

-qid [0,100] identité de séquence minimale avec requête (%) (def=0)

-qsc [0,100] score minimum par colonne avec requête (def=-20.0)

-neff [1,inf]
cible diversité d'alignement (par défaut=off)

Entrée alignement Format:
-M a2m utilise A2M/A3M (par défaut) : majuscule = Correspondance ; minuscule = Insérer ; '-' = Supprimer ; '.' =
espaces alignés sur les inserts (peut être omis)

-M premier
utiliser FASTA : les colonnes avec des résidus dans la 1ère séquence sont des états de correspondance

-M
utiliser FASTA : les colonnes avec moins de X % d'écarts sont des états de correspondance

Pseudocompte (ordinateur) options:
-pcm Dépendance de la position 0-2 du mélange pc 'tau' (mode pc, par défaut=0)

0 : aucun pseudo compte :
tau = 0

1 : constante
tau = un

2 : dépendant de la diversité : tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i] : nombre de
séquences effectives dans le MSA local autour de la colonne i) 3 : pseudocomptes à diversité constante

-pca [0,1] mélange de pseudo-compte global (def=1.0)

-PCB [1,inf[ Valeur seuil Neff pour -pcm 2 (déf=1.5)

-pcc [0,3] exposant d'extinction c pour -pcm 2 (déf=1.0)

-pre_pca
Mélange de pseudo-compte PREFILTER (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ Seuil PREFILTER pour Neff (def=1.8)

Spécifique au contexte pseudo-comptes :
-nocontxt
utiliser la matrice de substitution au lieu de pseudocomptes spécifiques au contexte

-contexte fichier de contexte pour le calcul de pseudocomptes spécifiques au contexte
(par défaut=./data/context_data.lib)

-cslib
fichier d'état de colonne pour un préfiltrage rapide de la base de données (default=./data/cs219.lib)

Exemple : hhmake -i test.a3m

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