hmm2search - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

hmm2search - recherche dans une base de données de séquences avec un profil HMM

SYNOPSIS

hmm2recherche [choix] fichier hmm fichier seq

DESCRIPTION

hmm2recherche lit un HMM de fichier hmm et recherche fichier seq pour sensiblement similaire
correspondances de séquence.

fichier seq sera recherché d'abord dans le répertoire de travail courant, puis dans un répertoire
nommé par la variable d'environnement BLASTDB. Cela permet aux utilisateurs d'utiliser les bases de données BLAST existantes,
si BLAST a été configuré pour le site.

hmm2recherche peut prendre des minutes voire des heures à s'exécuter, selon la taille de la séquence
base de données. C'est une bonne idée de rediriger la sortie vers un fichier.

La sortie se compose de quatre sections : une liste classée des meilleures séquences de notation, un
liste classée des meilleurs domaines de notation, alignements pour tous les meilleurs domaines de notation, et
un histogramme des scores. Un score de séquence peut être supérieur à un score de domaine pour le
même séquence s'il y a plus d'un domaine dans la séquence ; le score de séquence prend
en compte tous les domaines. Toutes les séquences marquant au-dessus du -E ainsi que -T les coupures sont affichées
dans la première liste, puis chaque domaine trouvé dans cette liste est affiché dans la deuxième liste de
hits de domaine. Si vous le souhaitez, des seuils de valeur E et de score de bits peuvent également être appliqués au
liste de domaines en utilisant le --dôme ainsi que --domT options.

OPTIONS

-h Imprimer une brève aide ; inclut le numéro de version et un résumé de toutes les options, y compris
options d'experts.

-A Limite la sortie d'alignement au meilleurs domaines de notation. -A0 éteint le
sortie d'alignement et peut être utilisé pour réduire la taille des fichiers de sortie.

-E Définissez le seuil de valeur E pour la liste des résultats classés par séquence sur , De est une
nombre réel positif. La valeur par défaut est 10.0. Hits avec des valeurs E meilleurs que (moins
que) ce seuil sera affiché.

-T Définissez le seuil de score de bits pour la liste des résultats classés par séquence sur , De is
un vrai nombre. La valeur par défaut est l'infini négatif ; par défaut, le seuil est
contrôlé par la valeur E et non par le score de bits. Les coups avec des scores de bits meilleurs que
(supérieur à) ce seuil sera affiché.

-Z Calculez les scores de la valeur E comme si nous avions vu une base de données de séquences de
séquences. La valeur par défaut est le nombre de séquences vues dans votre fichier de base de données
.

EXPERT OPTIONS

--compat
Utilisez le format de sortie de HMMER 2.1.1, la version publique 1998-2001 ; pourvu que
Les parseurs 2.1.1 n'ont pas besoin d'être réécrits.

--CPU
Définit le nombre maximum de processeurs sur lesquels le programme s'exécutera. La valeur par défaut est d'utiliser
tous les processeurs de la machine. Remplace la variable d'environnement HMMER_NCPU. Seul
affecte les versions filetées de HMMER (la valeur par défaut sur la plupart des systèmes).

--cut_ga
Utilisez les seuils de score Pfam GA (seuil de collecte). Équivalent à --globT
--domT , mais les seuils GA2 et GA1 sont lus à partir du fichier HMM. hmm2build
place ces coupures là si le fichier d'alignement a été annoté dans un format compatible avec Pfam
format d'alignement (format SELEX étendu ou Stockholm) et le GA en option
la ligne d'annotation était présente. Si ces seuils ne sont pas définis dans le fichier HMM, --cut_ga
ne fonctionne pas.

--cut_tc
Utilisez les seuils de score Pfam TC (seuil de confiance). Équivalent à --globT --domT
, mais les seuils TC2 et TC1 sont lus à partir du fichier HMM. hmm2build met ces
coupures là si le fichier d'alignement a été annoté dans un alignement compatible avec Pfam
format (format SELEX étendu ou Stockholm) et la ligne d'annotation facultative TC était
présent. Si ces seuils ne sont pas définis dans le fichier HMM, --cut_tc ne fonctionne pas.

--cut_nc
Utilisez les seuils de score Pfam NC (seuil de bruit). Équivalent à --globT --domT ,
mais les seuils NC1 et NC2 sont lus à partir du fichier HMM. hmm2build met ces
coupures là si le fichier d'alignement a été annoté dans un alignement compatible avec Pfam
format (format SELEX étendu ou Stockholm) et la ligne d'annotation NC facultative a été
présent. Si ces seuils ne sont pas définis dans le fichier HMM, --cut_nc ne fonctionne pas.

--dôme
Définissez le seuil de valeur E pour la liste des résultats classés par domaine sur , De est une
nombre réel positif. La valeur par défaut est l'infini ; par défaut, tous les domaines du
les séquences qui ont dépassé le premier seuil seront signalées dans la deuxième liste, donc
que le nombre de domaines rapportés dans la liste par séquence est cohérent avec le
numéro qui apparaît dans la liste par domaine.

--domT
Définissez le seuil de score de bits pour la liste des résultats classés par domaine sur , De est une
nombre réel. La valeur par défaut est l'infini négatif ; par défaut, tous les domaines du
les séquences qui ont dépassé le premier seuil seront signalées dans la deuxième liste, donc
que le nombre de domaines rapportés dans la liste par séquence est cohérent avec le
numéro qui apparaît dans la liste par domaine. Important Notes: un seul domaine dans un
la séquence est absolument contrôlée par ce paramètre, ou par --domT. Le deuxième et
les domaines suivants dans une séquence ont un seuil de score de bits de facto de 0 car
des détails du fonctionnement de HMMER. HMMER nécessite au moins un passage dans le
modèle principal par séquence ; faire plus d'un passage (plus d'un domaine) le
l'alignement multidomaine doit avoir un meilleur score que l'alignement monodomaine,
et par conséquent, les domaines supplémentaires doivent contribuer à un score positif. Voir le guide de l'utilisateur
pour plus de détails.

--effronté
Utilisez l'algorithme Forward au lieu de l'algorithme Viterbi pour déterminer le
scores de séquence. Les scores par domaine sont toujours déterminés par l'algorithme de Viterbi.
Certains ont fait valoir que Forward est un algorithme plus sensible pour détecter les
homologues de séquence; mes expériences avec HMMER n'ont cependant pas confirmé cela.

--informat
Affirmer que l'entrée fichier seq est au format ; ne pas exécuter le format Babelfish
autodétection. Cela augmente quelque peu la fiabilité du programme, car le
Babelfish peut faire des erreurs ; particulièrement recommandé pour sans surveillance, haute-
exécutions de débit de HMMER. Les chaînes de format valides incluent FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL et PHYLIP. Consultez le Guide de l'utilisateur pour un
Liste complète.

--null2
Désactivez le deuxième modèle nul post hoc. Par défaut, chaque alignement est renoté par
une étape de post-traitement qui prend en compte une éventuelle composition biaisée dans
le HMM ou la séquence cible. Ceci est presque essentiel dans les recherches de bases de données,
en particulier avec les modèles d'alignement local. Il y a une très faible chance que ce
le post-traitement peut supprimer les correspondances réelles, et dans ces cas --null2 peut s'améliorer
sensibilité au détriment de la réduction de la spécificité en laissant la composition biaisée
frappe à travers.

--pvm Exécuter sur une machine virtuelle parallèle (PVM). Le PVM doit déjà être en cours d'exécution. Les
programme client hmm2search-pvm doit être installé sur tous les nœuds PVM. PVM en option
le support doit avoir été compilé dans HMMER.

--xnu Activez le filtrage XNU des séquences de protéines cibles. N'a aucun effet sur l'acide nucléique
séquences. Dans les expériences d'essai, --xnu semble moins performant que le
modèle post-hoc null2 par défaut.

Utilisez hmm2search en ligne en utilisant les services onworks.net