Il s'agit de la commande hmmalign qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
hmmalign - aligner les séquences sur un profil HMM
SYNOPSIS
hmmaligner [choix]
DESCRIPTION
Effectuez un alignement de séquences multiples de toutes les séquences dans en les alignant
individuellement au profil HMM dans . Le nouvel alignement est sorti vers Stdout in
Format de Stockholm.
Le ne doit contenir qu'un seul profil. S'il en contient plus, seul le premier
profil dans le fichier sera utilisé.
Non plus or (mais pas les deux) peut être '-' (tiret), ce qui signifie lire ceci
entrée de Stdin plutôt qu'un fichier.
Les séquences en sont alignés en mode d'alignement local unihit. C'est pourquoi ils
devrait déjà être connu pour ne contenir qu'un seul domaine (ou un fragment d'un). Les
un alignement optimal peut affecter certains résidus comme non homologues (états N et C), dans lesquels
cas, ces résidus sont toujours inclus dans l'alignement résultant, mais poussés vers l'extérieur
bords. Pour supprimer ces résidus non homologues non alignés du résultat, voir le --garniture
option.
OPTIONS
-h Aider; imprimer un bref rappel de l'utilisation de la ligne de commande et de toutes les options disponibles.
-o Dirigez l'alignement de sortie vers le fichier , plutôt que de sortie standard.
--mapali
Fusionner l'alignement existant dans le fichier dans le résultat, où est exactement le
même alignement qui a été utilisé pour construire le modèle dans . Cela se fait à l'aide d'un
carte des colonnes d'alignement aux positions de profil de consensus qui est stockée dans le
. L'alignement multiple dans sera exactement reproduit dans son
colonnes de consensus (telles que définies par le profil), mais l'alignement affiché dans
les colonnes d'insertion peuvent être modifiées, car les insertions relatives à un profil sont
considérées par convention comme des données non alignées.
--garniture Couper les résidus non homologues (attribués aux états N et C dans les alignements optimaux)
à partir de la sortie d'alignement multiple résultante.
--amino
Spécifiez que toutes les séquences dans sont des protéines. Par défaut, le type d'alphabet est
autodétecté en regardant la composition des résidus.
--adn Spécifiez que toutes les séquences dans sont des ADN.
--rna Spécifiez que toutes les séquences dans sont des ARN.
--informat
Déclarer que l'entrée est au format . Formats de fichier de séquence acceptés
comprennent FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm et SELEX. La valeur par défaut est de
détecter automatiquement le format du fichier.
--outformat
Spécifiez que l'alignement multiple de sortie est au format . Actuellement, le
les formats de fichiers de séquences d'alignement multiples acceptés incluent uniquement Stockholm et SELEX.
Utilisez hmmalign en ligne en utilisant les services onworks.net
