hmmmit - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

hmmemit - séquences d'échantillons à partir d'un profil HMM

SYNOPSIS

hummmit [choix] fichier hmm

DESCRIPTION

La hummmit programmer des échantillons (émettre) des séquences à partir du ou des HMM de profil dans fichier hmmet
les écrit en sortie. Les séquences d'échantillonnage peuvent être utiles à diverses fins,
y compris la création de vrais positifs synthétiques pour des références ou des tests.

La valeur par défaut est d'échantillonner une séquence non alignée du modèle de probabilité de base, qui
signifie que chaque séquence se compose d'un domaine de pleine longueur. Alternativement, avec le -c
option, vous pouvez émettre une simple séquence consensus de règle majoritaire ; ou avec le -a option, vous
peut émettre un alignement (auquel cas, vous voudrez probablement aussi définir -N à quelque chose d'autre
que sa valeur par défaut de 1 séquence par modèle).

Comme autre option, avec le -p option, vous pouvez échantillonner une séquence à partir d'un fichier entièrement configuré
Profil de recherche HMMER. Cela signifie échantillonner une « séquence homologue » selon la définition de HMMER,
comprenant des séquences flanquantes non homologues, des alignements locaux et de multiples domaines par
en fonction du modèle de longueur et du mode d'alignement choisis pour le profil.

La fichier hmm peut contenir une bibliothèque de HMM, auquel cas chaque HMM sera utilisé à son tour.

peut être « - » (tiret), ce qui signifie lire cette entrée à partir de Stdin plutôt qu'un fichier.

COMMUNE OPTIONS

-h Aider; imprimer un bref rappel de l'utilisation de la ligne de commande et de toutes les options disponibles.

-o Dirigez les séquences de sortie vers le fichier , plutôt que de Stdout.

-N Échantillon séquences par modèle, plutôt qu'une seule.

OPTIONS CONTRLE EN QUOI À ÉMETTRE

La valeur par défaut est d'échantillonner N séquences du modèle de base. Alternativement, vous pouvez choisir
une (et une seule) des alternatives suivantes.

-a Émettre un alignement pour chaque HMM dans le fichier hmm plutôt que d'échantillonner non aligné
séquences une à la fois.

-c Émettre une séquence consensus de règle de pluralité, au lieu d'échantillonner une séquence à partir du
profiler la distribution de probabilité de HMM. La séquence consensus est formée par
sélectionner le résidu de probabilité maximum à chaque état de correspondance.

-C Émettre une séquence consensus de règle de pluralité plus sophistiquée que la -c option. Si le maximum
le résidu de probabilité a p minl affichez-le comme un résidu « n'importe quel » minuscule (n ou x ); si
p >= minl et moins affichez-le comme un résidu en minuscules ; et si p >= moins le montrer comme
un résidu majuscule. Les paramètres par défaut de moins ainsi que minl sont tous les deux de 0.0, ce qui
veux dire -C donne le même résultat que -c sauf si vous définissez également moins ainsi que minl à ce que vous
vouloir.

-p Échantillonner des séquences non alignées du profil de recherche implicite, pas du noyau
maquette. Le modèle de base se compose uniquement des états homologues (entre le début
et états finaux d'un modèle HMMER Plan7). Le profil comprend le N non homologue,
états C et J, configuration des algorithmes local/glocal et uni/multihit, et le
modèle de longueur cible. Par conséquent, les séquences échantillonnées à partir d'un profil peuvent inclure
des séquences non homologues ainsi que des séquences homologues, et peut contenir plus d'un
segment de séquence homologue. Par défaut, le profil est en mode local multi-hit, et
la longueur de séquence cible est configurée pour L=400.

OPTIONS CONTRLE ÉMISSION De PROFILS

Ces options nécessitent que vous ayez défini le -p option.

-L Configurez le modèle de longueur de séquence cible du profil pour générer une longueur moyenne de
approximativement plutôt que la valeur par défaut de 400.

--locale
Configurez le profil pour l'alignement local multi-hit.

--unilocal
Configurez le profil pour l'alignement local unihit (Smith/Waterman).

--glocale
Configurez le profil pour l'alignement glocal multi-hit.

--uniglocal
Configurez le profil pour l'alignement glocal unihit.

OPTIONS CONTRLE COLLECTION ÉTINCELANTE CONSENSUS ÉMISSION

Ces options nécessitent que vous ayez défini le -C option.

--minl
Définit le minl seuil pour montrer les résidus faiblement conservés en minuscules. (0 <=
x <= 1)

--moins
Définit le moins seuil pour montrer les résidus fortement conservés en majuscules. (0
<= x <= 1)

AUTRES OPTIONS

--la graine
Semez le générateur de nombres aléatoires avec , un entier >= 0. Si est différent de zéro, tout
les simulations stochastiques seront reproductibles ; la même commande donnera le même
résultats. Si est 0, le générateur de nombres aléatoires est ensemencé arbitrairement, et
les simulations stochastiques varieront d'une exécution à l'autre de la même commande. Le défaut
est 0 : utilisez une graine arbitraire, si différente hummmit les courses généreront différentes
des échantillons.

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