hmmfetch - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

hmmfetch - récupère le(s) profil(s) HMM à partir d'un fichier

SYNOPSIS

hmmfetch [choix]
(récupère le HMM nommé )

hmmfetch -f [choix]
(récupère tous les HMM répertoriés dans )

hmmfetch --indice [choix]
(index pour aller chercher)

DESCRIPTION

Récupère rapidement un ou plusieurs HMM de profil à partir d'un (une grande base de données Pfam, pour
exemple).

Pour une vitesse maximale, le doit être indexé en premier, en utilisant hmmfetch --indiceL’
index est un fichier binaire nommé .ssi. Cependant, ceci est facultatif, et la récupération sera
fonctionnent toujours à partir de fichiers non indexés, bien que beaucoup plus lentement.

Le mode par défaut est de récupérer un seul profil par nom ou accession, appelé le .
Par exemple :

% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045

Avec la -f option, une contenant une liste d'une ou plusieurs clés est lu à la place.
Le premier champ délimité par des espaces sur chaque ligne de non-commentaire non vide du
est utilisé comme un , et toutes les données restantes sur la ligne sont ignorées. Cela permet une variété
de fichiers de données délimités par des espaces à utiliser comme s.

Lors de l'utilisation -f et , Si fichier hmm a été indexée, les clés sont récupérées dans le
ordre où ils se produisent dans le fichier clé, mais si fichier hmm n'est pas indexé, les clés sont récupérées dans le
ordre où ils se produisent dans le fichier hmm. Il s'agit d'un effet secondaire d'une mise en œuvre qui permet
plusieurs clés à récupérer même si le est un flux non rembobinable, comme un
tuyau d'entrée standard.

En utilisation normale (sans --indice or -f choix), peut être '-' (tiret), ce qui signifie
lire l'entrée de Stdin plutôt qu'un fichier. Avec le --indice option, ne peut pas
être '-'; cela n'a pas de sens d'indexer un flux d'entrée standard. Avec le -f option,
non plus or (mais pas les deux) peut être '-'. Il est souvent particulièrement utile
lire à partir de l'entrée standard, car cela permet d'utiliser une commande arbitraire
appels de ligne pour créer une liste de noms ou d'accessions HMM, puis les récupérer tous dans un nouveau
fichier, juste avec une commande.

Par défaut, les HMM récupérés sont imprimés sur une sortie standard au format HMMER3.

OPTIONS

-h Aider; imprimer un bref rappel de l'utilisation de la ligne de commande et de toutes les options disponibles.

-f Le deuxième argument de la ligne de commande est un au lieu d'un seul L’
premier champ sur chaque ligne du est utilisé comme une récupération (un nom HMM
ou adhésion). Les lignes vides et les lignes de commentaires (qui commencent par un caractère #) sont
ignoré.

-o Sortir le(s) HMM dans un fichier au lieu de la sortie standard.

-O Sortez les HMM vers des fichiers individuels nommés au lieu de la sortie standard. Avec
le -f option, cela peut entraîner la création de nombreux fichiers.

--indice
Au lieu de récupérer un ou plusieurs profils de , indexer le en
récupérations futures. Cela crée un .ssi fichier d'index binaire.

Utilisez hmmfetch en ligne en utilisant les services onworks.net