Il s'agit de la commande HPCmapper qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
HPCmapper - générer un script pour mapper les lectures
SYNOPSIS
Mappeur HPC [-vb] [-kint(20)] [-wint(6)] [-hint(50)] [-tint] [-Mint]
[-edouble (85)][-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-msuivre]+ [-dalint(4)] [-degréint(25)]
réf:db|dam lit:db|dam [premier:int[-dernier:int]]
DESCRIPTION
Mappeur HPC écrit un script shell UNIX sur la sortie standard qui consiste en une séquence de
commandes qui "mappent" efficacement chaque lecture dans la base de données lit par rapport à un ensemble de référence de
séquences dans la base de données ref, en enregistrant tous les alignements locaux trouvés dans la séquence de fichiers
réf.lit.1.las, réf.lit.2.las, et ainsi de suite, où réf.reads.k.las contient les alignements
entre tous ref et le k'ème bloc de lit. Les paramètres sont exactement les mêmes que
en HPCdaligneur(1) sauf que le -k, -het -e les valeurs par défaut sont définies de manière appropriée pour
cartographie, et le -A ainsi que -I les options n'ont aucun sens car ref ainsi que lit devraient être
ensembles de données distincts.
Si les entiers premier ainsi que dernier sont manquants, alors le script produit est pour chaque bloc dans
la base de données lit. Si premier est présent alors Mappeur HPC produit un script qui compare
blocs premier à travers dernier (dernier = premier s'il n'est pas présent) contre DAM ref.
Utilisez HPCmapper en ligne en utilisant les services onworks.net
