img2dcm - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

img2dcm - Convertir les formats d'image standard au format DICOM

SYNOPSIS

img2dcm [options] imgfile-in dcmfile-out

DESCRIPTION

La img2dcm l'outil sert d'outil de conversion à partir d'un format d'image standard comme JPEG ou BMP
à DICOM. Différentes classes de SOP de sortie peuvent être sélectionnées. Les informations complémentaires
(concernant les patients, les séries, etc.) stocké dans le fichier de sortie DICOM peut être extrait de
d'autres fichiers DICOM qui servent de « modèle » pour l'objet DICOM résultant. img2dcm vous
également être configuré pour inventer les attributs DICOM manquants de type 1 et de type 2 pour fonctionner même
sans aucun ensemble de données de modèle.

PARAMETRES

imgfile-in fichier image à importer

fichier de sortie DICOM dcmfile-out

OPTIONS

général Options
-h --aide
imprimer ce texte d'aide et quitter

--version
imprimer les informations sur la version et quitter

--arguments
imprimer les arguments de ligne de commande étendus

-q --silencieux
mode silencieux, n'imprime aucun avertissement ni erreur

-v --verbeux
mode verbeux, détails de traitement d'impression

-d --débogage
mode de débogage, imprimer les informations de débogage

-ll --log-level [l] niveau : chaîne constante
(fatal, erreur, avertissement, info, débogage, trace)
utiliser le niveau l pour l'enregistreur

-lc --log-config [fichier] nom de fichier : chaîne
utiliser le fichier de configuration f pour l'enregistreur

contribution Options
général:

-i --input-format [i]nput format de fichier : chaîne
formats pris en charge : JPEG (par défaut), BMP

-df --dataset-from [fichier] : chaîne
utiliser l'ensemble de données du fichier DICOM f

-stf --study-from [fichier] : chaîne
lire le patient/l'étude à partir du fichier DICOM f

-sef --series-from [fichier] : chaîne
lire le patient/l'étude/la série à partir du fichier DICOM f

-ii --instance-inc
augmenter le numéro d'instance lu à partir du fichier DICOM

Format JPEG :

-dp --disable-programme
désactiver la prise en charge du JPEG progressif

-de --disable-ext
désactiver la prise en charge du JPEG séquentiel étendu

-jf --insister-sur-jfif
insister sur l'existence de l'en-tête JFIF

-ka --keep-appn
conserver les sections APPn (sauf JFIF)

traitement Options
vérification des attributs :

--do-checks
activer la vérification de la validité des attributs (par défaut)

--pas de chèques
désactiver la vérification de la validité des attributs

+i2 --insérer-type2
insérer les attributs de type 2 manquants (par défaut)
(uniquement avec --do-checks)

-i2 --no-type2-insert
ne pas insérer d'attributs de type 2 manquants
(uniquement avec --do-checks)

+i1 --invent-type1
inventer les attributs de type 1 manquants
(uniquement avec --do-checks)

-i1 --no-type1-invent
n'inventez pas les attributs manquants de type 1
(uniquement avec --do-checks)

jeu de caractères:

+l1 --latin1
définir latin-1 comme jeu de caractères standard (par défaut)

-l1 --pas-latin1
conserver l'ASCII 7 bits comme jeu de caractères standard

autres options de traitement :

-k --key [k]ey: gggg,eeee="str", chemin ou nom du dictionnaire="str"
ajouter un autre attribut

sortie Options
classe SOP cible :

-sc --sec-capture
écrire la classe SOP de capture secondaire

-nsc --nouveau-sc
écrire de nouvelles classes SOP de capture secondaire

-vlp --vl-photo
écrire la classe SOP photographique en lumière visible (par défaut)

format de fichier de sortie :

+F --écrire-fichier
format de fichier d'écriture (par défaut)

-F --écrire-ensemble de données
écrire un ensemble de données sans méta-informations de fichier

codage de la longueur du groupe :

+g= --group-length-recalc
recalculer les longueurs de groupe si présent (par défaut)

+g --group-length-create
toujours écrire avec des éléments de longueur de groupe

-g --group-length-remove
toujours écrire sans éléments de longueur de groupe

codage de longueur dans les séquences et les éléments :

+e --longueur-explicite
écrire avec des longueurs explicites (par défaut)

-e --longueur-indéfinie
écrire avec des longueurs indéfinies

remplissage de fin d'ensemble de données (pas avec --write-dataset):

-p --padding-off
pas de remplissage (implicite si --write-dataset)

+p --padding-create [fichier-pad [i]tem-pad : entier
aligner le fichier sur plusieurs octets f
et éléments sur plusieurs i octets

NOTES

Attribut Sources
Pour convertir un format d'image général au format DICOM, le img2dcm l'application peut être
alimenté avec une entrée supplémentaire pour remplir les attributs obligatoires (et facultatifs) dans le nouveau
Fichier DICOM comme les informations sur le patient, l'étude et la série. Ces informations peuvent être collectées
en utilisant différentes approches, qui peuvent être combinées et sont appliquées au fichier de résultat dans
l'ordre suivant:

· En utilisant le --dataset-from option img2dcm est obligé d'importer des attributs à partir d'un
fichier DICOM. Le fichier DICOM donné est entièrement importé et sert de base à tous
d'autres opérations d'exportation. Par exception, l'UID de l'instance SOP n'est pas copié par ce
option. Les données liées à l'image telles que les lignes, les colonnes, etc. sont également échangées pendant la conversion.
Notez que img2dcm ne vérifie pas la validité d'autres valeurs d'attribut, par exemple
ne pas regarder dans les séquences pour adapter les attributs au nouvel objet (images référencées
etc.). Par conséquent, il est recommandé d'utiliser les modèles dans le répertoire de données pour (ancien)
Objets SC et VLP. Voir aussi la section 'Modèles de saisie'.
· Le --étude-de ainsi que --série-de les options (mutuellement exclusives) peuvent être utilisées pour importer
des informations sur le patient, l'étude et la série à partir d'un fichier DICOM existant. Si --série-de is
spécifié, le fichier DICOM donné est ouvert par img2dcm et toutes les informations obligatoires
jusqu'au niveau de la série est importé. Notez que cela inclut le patient, l'étude et la série
informations. En cas de --étude-de, les informations sur la série sont exclues. Ce qui suit
les attributs sont repris :
Niveau du patient :
Le nom du patient
Identifiant du patient
Sexe du patient
Date de naissance du patient
Jeu de caractères spécifiques

Niveau d'étude:
UID de l'instance d'étude
Date d'étude
Temps d'étude
Nom du médecin référent
Identifiant de l'étude
Numéro d'accès

Niveau de série (uniquement en cas d'option --series-from) :
UID d'instance de série
Numéro de série
Fabricants
· Avec le --insert-type2 ainsi que --invent-type1 options (tous deux activés par défaut), manquants
attributs (attributs de type 2) et/ou valeurs d'attribut manquantes (pour les attributs de type 1)
sont automatiquement ajoutés et inventés par img2dcm. Veuillez noter que ces options sont uniquement
évalué si option --do-checks est activé (par défaut). Si la --pas de chèques les options est
activé, aucune insertion automatique d'attribut n'aura lieu.
· Le --clé L'option peut être utilisée pour ajouter d'autres attributs au fichier de sortie DICOM. Cette
est appliquée à la toute fin, juste avant d'enregistrer le fichier DICOM. C'est aussi
possible de spécifier des séquences, des éléments et des attributs imbriqués à l'aide de la --clé option. Dans
dans ces cas, une notation spéciale « chemin » doit être utilisée. Les détails sur cette notation de chemin peuvent
se trouve dans la documentation de dcmodifier.
UID
De nouveaux UID d'étude et d'instance de série sont générés if nécessaire après avoir appliqué le --étudier-
de ainsi que --séries option. Si l'UID d'instance d'étude ou l'UID d'instance de série ne sont pas présents
après ces étapes, ils sont nouvellement générés, indépendamment les uns des autres. Un contraire
comportement est choisi pour l'UID d'instance SOP que l'on pourrait s'attendre à prendre en charge lorsque
utilisant l' --dataset-from option. C'est ne sauraient le cas, l'UID de l'instance SOP est ne sauraient copié
au nouvel objet. Cela devrait être le comportement souhaitable pour la plupart des cas d'utilisation. Cependant, si un
certains UID d'instance SOP doivent être insérés dans le nouvel objet, le --clé l'option devrait
être utilisé.
Entrée Gabarits
Pour accompagner la conversion en DICOM, img2dcm est livré avec des modèles prédéfinis
qui peut être utilisé pour le --dataset-from option (voir exemples de fichiers Vidage SC ainsi que Vidage VLP).
Ces modèles doivent être remplis avec les valeurs souhaitées puis doivent être vidés
(converti) en un fichier DICOM avant d'être utilisé avec img2dcm. utilisation décharge2dcm à
convertir le vidage en DICOM. Exemple:
dump2dcm SC.dump SC.dcm

Il est possible d'utiliser n'importe quel fichier DICOM comme modèle. Veuillez noter que le DICOM complet
l'ensemble de données est importé ; par conséquent, il faut s'assurer que seuls les attributs sont présents qui
doit faire partie de l'objet DICOM construit. L'UID de classe SOP et les données de pixels
les attributs (y compris les attributs tels que les lignes, les colonnes, etc.) ne sont pas copiés mais remplacés par
img2dcm lors de la conversion.
Entrée Extensions
La img2dcm L'application prend actuellement en charge les formats d'image JPEG et BMP en entrée.
JPEG Entrée Brancher
Pour JPEG, le JPEG original du fichier source n'est pas décodé mais extrait et légèrement
transformé (par exemple, l'en-tête JFIF est coupé) pour permettre une conversion rapide même de gros fichiers JPEG
sans avoir besoin de décoder et de réencoder. Le plugin JPEG choisit la sortie nécessaire
transférer automatiquement la syntaxe en fonction de l'encodage réel des données à l'intérieur du JPEG
déposer. Par conséquent, les syntaxes de transfert suivantes (et leurs encodages JPEG correspondants)
sont utilisés par le plugin JPEG :
· Processus de codage JPEG 1, ligne de base, avec perte, non hiérarchique, séquentiel, DCT, Huffman, 8 bits
Classe SOP = 1.2.840.10008.1.2.4.50
· Processus de codage JPEG 2 (8 bits) et 4 (12 bits) étendu, avec perte, non hiérarchique,
Séquentiel, DCT, Huffman, classe SOP 8/12 bits = 1.2.840.10008.1.2.4.51
· Processus de codage JPEG 10 (8 bits) et 12 (12 bits) Progression complète, avec perte, non hiérarchique.,
Progressif, DCT, Huffman, classe SOP 8/12 bits = 1.2.840.10008.1.2.4.55
Les images en couleur et en niveaux de gris sont prises en charge.
La prise en charge de la syntaxe de transfert JPEG étendue peut être désactivée (--disable-ext option)
ainsi que la prise en charge de la syntaxe de transfert JPEG progressif (retirée) (--disable-programme
option).
L'encodage JPEG sans perte ainsi que tous les modes d'encodage JPEG arithmétiques ou hiérarchiques sont
non pris en charge par le plugin.
Les informations JFIF (JPEG File Interchange Format) facilitent les marqueurs APPn facultatifs dans un
fichier JPEG. De nombreux appareils photo numériques n'intègrent pas ces informations JFIF dans le JPEG
sortie qu'ils créent. Par exemple, JFIF contient des informations sur le rapport hauteur/largeur des pixels de
l'image compressée. Si vous voulez le img2dcm application pour insister sur un en-tête JFIF dans
le flux JPEG, vous pouvez utiliser l'option --insister-sur-jfif qui avortera si pas de JFIF
des informations peuvent être trouvées. Par défaut, les informations JFIF manquantes sont ignorées.
Pour DICOM, c'est une sorte de "zone grise", qu'il s'agisse de l'intégration de JFIF (ou de tout autre APPn)
les données dans le flux JPEG interne de l'objet DICOM sont autorisées ou non. Cependant, le plus
approche fiable consiste à couper ces marqueurs et leurs informations du flux JPEG. Cette
approche est également adoptée par le img2dcm application. Par défaut, tous les marqueurs APPn sont coupés
du flux JPEG d'origine. Cependant, si vous souhaitez conserver d'autres marqueurs APPn que
JFIF (par exemple, les informations EXIF) dans le flux DICOM, l'option --keep-appn fait le
tour. Cela devrait également être légèrement plus rapide que de couper les informations APPn, car il est
pas nécessaire de numériser l'ensemble du flux JPEG pour de telles données. Les informations JFIF sont toujours
supprimé par img2dcm.
BMP Entrée Brancher
img2dcm prend en charge BMP comme format d'entrée. Cependant, jusqu'à présent, seules les images BMP les plus courantes sont
prise en charge. En particulier, les images BMP qui utilisent des champs de bits ou un codage de longueur d'exécution seront
rejeté. De telles images sont rares. Toutes les images d'entrée seront converties en une image DICOM
avec modèle de couleur RVB et une profondeur de bits de 24. Il n'y a pas d'options spécifiques pour le réglage fin
Conversion de format BMP.
Sortie Extensions
La classe SOP de sortie souhaitée peut être sélectionnée sur la ligne de commande. Actuellement, une exportation
plugin pour la classe SOP d'image de capture secondaire (par défaut, option -sc), le nouveau Secondaire
Cours SOP de capture d'images (option -nsc) et classe SOP d'images photographiques en lumière visible
(option -vl) sont disponibles. Veuillez noter que le premier est obsolète selon le
La norme DICOM est sélectionnée par défaut car elle est largement prise en charge. Futur
les versions d' img2dcm peut fournir d'autres plug-ins de sortie pour d'autres classes SOP.
Pour les nouvelles classes SOP de capture secondaire, il n'est pas possible de spécifier
La classe SOP doit être utilisée pour la sortie. C'est parce que ces nouvelles classes SOP sont
différenciés les uns des autres par la profondeur de couleur (1/8/16) et le fait que l'image soit
noir/blanc ou couleur. C'est pourquoi img2dcm décide pendant la conversion, quelle sortie SOP
La classe convient à une image source donnée.

EXEMPLES

Voici quelques exemples qui montrent comment le img2dcm l'application peut être utilisée.
1. img2dcm image.jpg sortie.dcm
Lisez le fichier JPEG 'image.jpg', convertissez-le dans l'ancienne classe SOP de capture secondaire et enregistrez-le
le résultat dans le fichier DICOM 'out.dcm'. C'est la façon la plus simple d'utiliser img2dcm. N'importe quel type
Les attributs 1 et de type 2 requis pour écrire des objets valides de cette classe SOP sont
inséré automatiquement.
2. img2dcm -i BMP image.bmp out.dcm
Identique à ci-dessus, mais indique à img2dcm de lire un fichier BMP au lieu de JPEG.
3. img2dcm image.jpg out.dcm -vlp -k 'PatientName=Bond^James'
Identique au premier exemple, mais écrit l'objet Image photographique en lumière visible dans 'out.dcm'
et définit PatientName sur 'Bond^James' qui, autrement, resterait vide.
4. img2dcm image.jpg out.dcm --series-from template.dcm -k 'PatientName=Bond^James'
Identique à 1), mais importe les informations sur le patient/l'étude/la série à partir du fichier DICOM
'modèle.dcm'. Veuillez noter que l'attribut PatientName contiendra 'Bond^James' à
à la fin, toute valeur de 'template.dcm' sera écrasée. C'est, parce que le -k
est appliquée à la toute fin du pipeline de conversion (voir ci-dessus).
5. img2dcm image.jpg out.dcm --no-checks
Identique à 1), mais n'effectue aucune vérification d'attribut et aucun type 1 et type 2
insertion d'attributs ! Donc, dans ce cas, un objet DICOM invalide serait généré. Cette
peut être intéressant si le fichier de sortie n'est pas destiné à être complété mais subira
d'autres transformations, par exemple l'ajout d'attributs à l'aide dcmodifier. Utiliser uniquement l'option --non-
chèques si tu sais ce que tu fais !
6. img2dcm image.jpg out.dcm --no-type1-invent
Identique à 1), mais n'insère pas les attributs de type 1 manquants et/ou leurs valeurs. Type 2
les attributs seront insérés. A noter que dans ce cas il faut s'assurer que tous les types 1
les attributs sont fournis par d'autres moyens, c'est-à-dire en les ajoutant avec le --clé option.
Dans le cas contraire, img2dcm signalera une erreur et arrêtera la conversion.
7. img2dcm image.jpg out.dcm --keep-appn --insist-on-jfif
Identique à 1), mais prend en charge les informations APPn comme EXIF ​​dans l'objet DICOM
flux JPEG résultant. Plus loin, --insister-sur-jfif forcera img2dcm abandonner si non
Les informations JFIF existent dans le fichier source.

Journalisation

Le niveau de sortie de journalisation des divers outils de ligne de commande et des bibliothèques sous-jacentes peut
être spécifié par l'utilisateur. Par défaut, seuls les erreurs et les avertissements sont écrits dans la norme
flux d'erreurs. Utilisation de l'option --verbeux également des messages d'information comme les détails du traitement
sont rapportés. Option --déboguer peut être utilisé pour obtenir plus de détails sur l'activité interne,
par exemple à des fins de débogage. D'autres niveaux de journalisation peuvent être sélectionnés à l'aide de l'option --Journal-
niveau. En --silencieux mode seules les erreurs fatales sont signalées. Dans des événements d'erreur aussi graves,
l'application se terminera généralement. Pour plus de détails sur les différents niveaux de journalisation,
voir la documentation du module 'oflog'.
Dans le cas où la sortie de journalisation doit être écrite dans un fichier (éventuellement avec rotation du fichier journal),
vers syslog (Unix) ou l'option du journal des événements (Windows) --log-config peut être utilisé. Cette
le fichier de configuration permet également de diriger uniquement certains messages vers une sortie particulière
flux et pour filtrer certains messages en fonction du module ou de l'application où ils
Sont générés. Un exemple de fichier de configuration est fourni dans /logger.cfg.

COMMAND LINE

Tous les outils de ligne de commande utilisent la notation suivante pour les paramètres :
valeurs facultatives (0-1), trois points de fin indiquent que plusieurs valeurs sont autorisées
(1-n), une combinaison des deux signifie 0 à n valeurs.
Les options de ligne de commande se distinguent des paramètres par un signe '+' ou '-' en tête,
respectivement. Habituellement, l'ordre et la position des options de ligne de commande sont arbitraires (c'est-à-dire qu'ils
peut apparaître n'importe où). Cependant, si les options s'excluent mutuellement, l'apparence la plus à droite
est utilisé. Ce comportement est conforme aux règles d'évaluation standard des shells Unix courants.
De plus, un ou plusieurs fichiers de commandes peuvent être spécifiés en utilisant un signe '@' comme préfixe pour
le nom du fichier (par exemple @commande.txt). Un tel argument de commande est remplacé par le contenu de
le fichier texte correspondant (les espaces blancs multiples sont traités comme un seul séparateur sauf si
ils apparaissent entre deux guillemets) avant toute évaluation ultérieure. Veuillez noter que
un fichier de commandes ne peut pas contenir un autre fichier de commandes. Cette approche simple mais efficace
permet de résumer les combinaisons courantes d'options/paramètres et évite les
lignes de commande confuses (un exemple est fourni dans le fichier /dumppat.txt).

ENVIRONNEMENT

La img2dcm L'utilitaire tentera de charger les dictionnaires de données DICOM spécifiés dans le
Dcmdictpath variable d'environnement. Par défaut, c'est-à-dire si le Dcmdictpath variable d'environnement
n'est pas défini, le fichier /dicom.dic sera chargé à moins que le dictionnaire ne soit construit
dans l'application (par défaut pour Windows).
Le comportement par défaut doit être préféré et le Dcmdictpath variable d'environnement uniquement
utilisé lorsque des dictionnaires de données alternatifs sont nécessaires. Les Dcmdictpath variable d'environnement
a le même format que le shell Unix PATH variable en ce qu'un deux-points (':') sépare
entrées. Sur les systèmes Windows, un point-virgule (';') est utilisé comme séparateur. Le dictionnaire de données
le code tentera de charger chaque fichier spécifié dans le Dcmdictpath variable d'environnement. Ce
est une erreur si aucun dictionnaire de données ne peut être chargé.

Utilisez img2dcm en ligne en utilisant les services onworks.net