impala - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, mégablast, rpsblast,
seedtop - Outil de recherche d'alignement local de base

SYNOPSIS

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I "Commencer Arrêtez"] [-J "Commencer Arrêtez"] [-M str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a nom de fichier] [-d N] [-e X] [-g F] -i nom de fichier
-j nom de fichier [-m] [-o nom de fichier] -p str [-q N] [-r N] [-t N]

blast2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I "Commencer Arrêtez"]
[-J "Commencer Arrêtez"] [-K N] [-L] [-M str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i nom de fichier]
[-j nom de fichier] [-k str] [-m N] [-n] [-o nom de fichier] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-u]
[-v N] [-w N] [-y N] [-z N]

exploser [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L commencer arrêter] [-M str] [-O nom de fichier] [-P N] [-Q N] [-R nom de fichier] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nom de fichier]
[-l str] [-m N] [-n] [-o nom de fichier] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L commencer arrêter] [-M str] [-O nom de fichier] [-P N] [-Q N] [-R nom de fichier] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nom de fichier] [-l str]
[-m N] [-n] [-o nom de fichier] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastcl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L commencer arrêter]
[-M str] [-O nom de fichier] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nom de fichier] [-m N] [-n] [-o nom de fichier] -p str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastpgp [-] [-A N] [-B nom de fichier] [-C nom de fichier] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M str] [-N X] [-O nom de fichier] [-P N] [-Q nom de fichier] [-R nom de fichier] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i nom de fichier] [-j N] [-k nom de fichier] [-l str] [-m N] [-o nom de fichier] [-p str] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

impala [-] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M str] [-O nom de fichier] [-P nom de fichier]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-h X] [-i nom de fichier] [-j N] [-m N] [-o nom de fichier]
[-v N] [-y X] [-z N]

mégablast [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L commencer arrêter] [-M N]
[-N N] [-O nom de fichier] [-P N] [-Q nom de fichier] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f] [-g F] [-i nom de fichier] [-l str] [-m N] [-n]
[-o nom de fichier] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F str] [-I] [-J] [-L commencer arrêter] [-N X] [-O nom de fichier] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d nom de fichier [-e X] [-i nom de fichier] [-l nom de fichier] [-m N]
[-o nom de fichier] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

semis [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M str] [-O nom de fichier]
[-S N] [-X N] [-d str] [-e X] [-f] [-i nom de fichier] [-k nom de fichier] [-o nom de fichier] [-p str]
[-q N] [-r N]

DESCRIPTION

Cette page de manuel documente brièvement les commandes bl2seq, explosion, exploser, blastcl3,
blastpgp, impala, mégablast, rpsblastet semis. Ces commandes sont documentées
ensemble parce qu'ils ont beaucoup d'options communes.

bl2seq effectue une comparaison entre deux séquences en utilisant soit le blastn soit le blastp
algorithme. Les deux séquences doivent être soit des nucléotides, soit des protéines.

blast2 compare une séquence à une base de données locale ou à une seconde séquence ; ce
intègre la plupart des fonctionnalités des deux bl2seq et exploser, mais utilise un semi-
nouveau moteur interne expérimental.

exploser et blastall_old trouver les meilleures correspondances dans une base de données locale pour une séquence.
exploser utilise un moteur plus récent que blastall_old par défaut, mais prend en charge l'utilisation de l'ancien
moteur également (lorsqu'il est invoqué avec l'option -V F).

blastcl3 accède au dernier moteur de recherche NCBI BLAST (version 2.0). Le logiciel derrière
BLAST version 2.0 a été écrite à partir de zéro pour permettre à BLAST de relever les nouveaux défis
posées par les bases de données de séquences dans les années à venir. Les mises à jour de ce logiciel
continuer dans les années à venir.

blastpgp effectue des recherches blastp espacées et peut être utilisé pour effectuer des recherches itératives dans
mode psi-blast et phi-blast.

impala recherche une base de données de matrices de scores, préparée par tapis de copie(1), produisant comme BLAST
sortie.

mégablast utilise l'algorithme glouton de Webb Miller et al. pour la séquence nucléotidique
recherche d'alignement et concatène de nombreuses requêtes pour gagner du temps passé à analyser la base de données.
Ce programme est optimisé pour aligner des séquences qui diffèrent légèrement en raison de
séquençage ou d'autres "erreurs" similaires. Il est jusqu'à 10 fois plus rapide que la plupart des autres
programmes de similarité de séquences et peut donc être utilisé pour comparer rapidement deux grands ensembles
de séquences les unes contre les autres.

rpsblast (Reverse PSI-BLAST) recherche une séquence de requêtes dans une base de données de profils.
C'est le contraire de PSI-BLAST qui recherche un profil sur une base de données de séquences,
d'où le 'Reverse'. rpsblast utilise un algorithme de type BLAST, trouvant un mot simple ou double
hits, puis en effectuant une extension non affectée sur ces matchs candidats. Si un
un alignement sans espacement avec un score suffisamment élevé est produit, une extension avec espacement est réalisée
et les alignements (écartés) avec une valeur attendue suffisamment faible sont signalés. Cette
La procédure est différente d'IMPALA qui effectue un calcul de Smith-Waterman entre le
requête et chaque profil, plutôt que d'utiliser une approche par mots clés pour identifier les correspondances qui
devrait être prolongé.

semis répond à deux questions relativement simples :
1. Étant donné une séquence et une base de données de motifs, quels motifs apparaissent dans la séquence
et où?
2. Étant donné un modèle et une base de données de séquences, quelles séquences contiennent le modèle et
où?

Certaines de ces commandes prennent en charge plusieurs types de comparaison, régies par le -p
indicateur ("programme") :

blastp compare une séquence de requête d'acides aminés à une base de données de séquences de protéines.

blastn compare une séquence d'interrogation de nucléotides à une base de données de séquences de nucléotides.

blastx compare les produits de traduction conceptuelle à six cadres d'une requête nucléotidique
séquence (les deux brins) par rapport à une base de données de séquences de protéines. Pour bl2seq,
nucléotide doit être la première séquence donnée.

psitblastn compare une séquence de requête de protéine à une base de données de séquences de nucléotides
traduit dynamiquement dans les six cadres de lecture (les deux volets) à l'aide d'un
matrice spécifique à la position créée par PSI-BLAST.

tblastn compare une séquence de requête protéique à une base de données de séquences nucléotidiques
traduit dynamiquement dans les six cadres de lecture (les deux volets). Pour bl2seq,
le nucléotide doit être la deuxième séquence donnée.

tblastx compare les traductions à six cadres d'une séquence d'interrogation de nucléotides avec la
traductions à six cadres d'une base de données de séquences nucléotidiques.

OPTIONS

Un résumé des options est inclus ci-dessous.

- Imprimer le message d'utilisation

-A (bl2seq)
Séquences d'entrée sous la forme accession.version

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, mégablast)
Taille de la fenêtre d'appels multiples ; la valeur par défaut est généralement 0 (pour les extensions à un seul coup), mais
la valeur par défaut est 40 lors de l'utilisation de modèles non contigus.

-B N (explosion2)
Produisez une sortie à la volée :
0 aucun (par défaut)
1 tableau des offsets et valeurs de qualité
2 ajouter des données de séquence
3 texte ASN.1
4 ASN.1 binaire

-B N (blastall, blastall_old)
Nombre de requêtes concaténées, en mode blastn ou tblastn

-B nom de fichier (blastpgp)
Fichier d'alignement d'entrée pour le redémarrage de PSI-BLAST

-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Utilisez des statistiques basées sur la composition pour blastp ou tblastn :
T, t, D ou d
Par défaut (équivalent à 1 en blast2 et blastall_old et à 2 en exploser
et blastcl3)
0, F ou f
Pas de statistiques basées sur la composition
1 Statistiques basées sur la composition comme dans NAR 29 : 2994-3005, 2001
2 Ajustement du score basé sur la composition comme dans Bioinformatique 21 : 902-911, 2005,
conditionné par les propriétés de la séquence
3 Ajustement du score basé sur la composition comme dans Bioinformatique 21 : 902-911, 2005,
inconditionnellement
Lors de l'activation des statistiques dans blastall, blastall_old ou blastcl3 (à, pas de souffle2),
ajouter u (insensible à la casse) au mode permet l'utilisation de valeurs p unifiées
combinant l'alignement et les valeurs p compositionnelles au premier tour uniquement.

-C nom de fichier (blastpgp)
Fichier de sortie pour le point de contrôle PSI-BLAST

-C N (graine)
Noter uniquement ou non (par défaut = 1)

-D N (bl2seq)
Format de sortie:
0 traditionnel (par défaut)
1 tableau

-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Traduire les séquences dans la base de données selon le code génétique N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (la valeur par défaut est 1 ; s'applique uniquement à tblast*)

-D N (mégablaste)
Type de sortie :
0 points de terminaison et score d'alignement
1 tous les points d'extrémité des segments non séparés
2 sorties BLAST traditionnelles (par défaut)
3 format d'une ligne délimité par des tabulations
4 texte incrémentiel ASN.1
5 ASN.1 binaire incrémentiel

-D N (graine)
Baisse des coûts pour aligner (par défaut = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, mégablast)
L'extension d'un écart coûte N (-1 invoque le comportement par défaut)

-E N (blast2, blastall, blastall_old)
L'extension d'un écart coûte N (-1 invoque le comportement par défaut : non affine si gourmand, 2
autrement)

-E N (blastpgp, impala, graine)
L'extension d'un écart coûte N (la valeur par défaut est 1)

-F str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) Options de filtre pour DUST ou SEG ; par défaut à
T pour bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3 et megablast, et pour F en
blastpgp, impala et rpsblast.

-F (graine)
Séquence de filtrage avec SEG.

-G N (bl2seq, blastcl3, mégablast)
L'ouverture d'un écart coûte N (-1 invoque le comportement par défaut)

-G N (blast2, blastall, blastall_old)
L'ouverture d'un écart coûte N (-1 invoque le comportement par défaut : non affine si gourmand, 5 si
en utilisant la programmation dynamique)

-G N (blastpgp, impala, graine)
L'ouverture d'un écart coûte N (la valeur par défaut est 11)

-H (explosion2)
Produire une sortie HTML

-H N (blastpgp)
Fin de la région requise dans la requête (-1 indique la fin de la requête)

-H (impala)
Imprimer l'aide (différente du message d'utilisation)

-H N (mégablaste)
Nombre maximal de HSP à enregistrer par séquence de base de données (la valeur par défaut est 0, illimité)

-I "Commencer Arrêtez" (bl2seq, blast2)
Emplacement sur la première séquence (requête) (s'applique uniquement si le fichier est spécifié avec -i contient
une seule séquence)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, mégablast,
rpsblast, seedtop) Afficher les IG dans les définitions

-J "Commencer Arrêtez" (bl2seq, blast2)
Emplacement sur la deuxième séquence (sujet) (s'applique uniquement si le fichier est spécifié avec -j
contient une seule séquence)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, mégablast,
rpsblast, seedtop) Croyez la requête defline

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Nombre de meilleurs hits d'une région à conserver. Désactivé par défaut. Si utilisé une valeur de 100
est recommandé. Des valeurs très élevées de -v or -b sont également suggérés.

-K N (graine)
Multiplicateur de taille de tampon d'accès interne (par rapport à la longueur de la requête ; valeur par défaut = 2)

-L (explosion2)
Utiliser (classique Mega BLAST) une table de correspondance avec une largeur de 12

-L commencer arrêter (blastall, blastall_old, blastcl3, mégablast,
rpsblast) Emplacement sur la séquence de requête (pour rpsblast, valide uniquement en mode blastp)

-M str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) Utiliser la matrice str (par défaut = BLOSUM62)

-M N (mégablaste)
Longueur totale maximale des requêtes pour une seule recherche (par défaut = 5000000)

-N (explosion2)
Afficher uniquement les accessions pour les ID de séquence dans la sortie tabulaire

-N X (blastpgp, rpsblast)
Nombre de bits pour déclencher l'espacement (par défaut = 22.0)

-N N (mégablaste)
Type de modèle Word non contigu :
0 codage (par défaut)
1 optimale
2 deux simultanés

-O nom de fichier (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) Write (ASN.1) alignements de séquences
à nom de fichier; valable uniquement pour blastpgp, impala, rpsblast et seedtop avec -Jet
valable uniquement pour mégablast avec -D2.

-P X (explosion2)
Seuil de pourcentage d'identité

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
Défini sur 1 pour le mode coup unique ou 0 pour le mode coup multiple (par défaut). Ne s'applique pas
à blastn.

-P nom de fichier (impala)
Lire les profils matriciels à partir de la base de données nom de fichier

-P N (mégablaste)
Nombre maximal de positions pour une valeur de hachage (défini sur 0 [par défaut] pour ignorer)

-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Traduire la requête selon le code génétique N dans /usr/share/ncbi/data/gc.prt (par défaut
vaut 1)

-Q nom de fichier (blastpgp)
Fichier de sortie pour la matrice PSI-BLAST en ASCII

-Q nom de fichier (mégablaste)
Sortie de requête masquée ; a besoin -D 2

-R (explosion2)
Calculez les alignements de Smith-Waterman localement optimaux. (Cette option n'est disponible que
pour tblastn écartelé.)

-R nom de fichier (blastall, blastall_old)
Lire le fichier de point de contrôle PSI-TBLASTN nom de fichier

-R (blastcl3)
Recherche d'explosion RPS

-R nom de fichier (blastpgp)
Fichier d'entrée pour le redémarrage de PSI-BLAST

-R (mégablaste)
Signaler les informations du journal à la fin de la sortie

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) Interrogez les brins à rechercher dans la base de données pour blastn, blastx, tblastx :
1 top
Fond 2
3 les deux (par défaut)

-S N (blastpgp)
Début de la région requise dans la requête (par défaut = 1)

-S N (graine)
Coût de coupure (par défaut = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, mégablast,
rpsblast) Produire une sortie HTML

-T N (explosion2)
Type de modèle Word non contigu :
0 codage (par défaut)
1 optimale
2 deux simultanés

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, mégablast,
rpsblast) Utiliser le filtrage en minuscules pour la séquence de requête

-V (bl2seq, blastall, mégablast)
Forcer l'utilisation du moteur hérité

-V (explosion2)
Utiliser une approche de taille de mot variable pour l'analyse de la base de données

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Utilisez des mots de taille N (durée de la meilleure correspondance parfaite ;
zéro invoque le comportement par défaut, sauf avec megablast, qui est par défaut à 28, et
blastpgp, dont la valeur par défaut est 3. Les valeurs par défaut des autres commandes varient selon
"program": 11 pour blastn, 28 pour megablast et 3 pour tout le reste.)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) Valeur de chute X pour l'alignement avec écart (en
bits) (zéro invoque le comportement par défaut, sauf avec megablast, qui est par défaut 20,
et rpsblast et seedtop, qui sont par défaut à 15. Les valeurs par défaut pour les autres
les commandes varient avec "program": 30 pour blastn, 20 pour megablast, 0 pour tblastx et
15 pour tout le reste.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Longueur effective de l'espace de recherche (utilisez zéro pour
la taille réelle)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) La valeur de chute de X pour la [programmation dynamique ?] finale est interrompue
alignement en bits (la valeur par défaut est 100 pour blastn et megablast, 0 pour tblastx, 25 pour
autres)

-a nom de fichier (bl2seq)
Écrire le texte ASN.1 sur la sortie nom de fichier

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Nombre de threads à utiliser (la valeur par défaut est un)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Nombre de séquences de base de données pour afficher les alignements pour
(B) (la valeur par défaut est 250)

-c (explosion2)
Masque minuscule

-c N (impala)
Constante dans les pseudocomptes pour la version multipasse ; 0 (par défaut) utilise la méthode d'entropie ;
sinon une valeur proche de 30 est recommandée

-c N (impala)
Constante dans les pseudocounts pour la version multipass (la valeur par défaut est 10)

-d N (bl2seq)
Utiliser la taille de base de données théorique de N (zéro représente la taille réelle)

-d str (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) Base de données à utiliser (la valeur par défaut est nr pour tous les exécutables
sauf blast2, qui nécessite une deuxième séquence FASTA si elle n'est pas définie)

-d nom de fichier (rpsblast)
Base de données RPS BLAST

-e X Valeur attendue (E) (par défaut = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Seuil d'extension des hits, par défaut si zéro : 0 pour blastn et megablast, 11 pour
blastp, 12 pour blastx et 13 pour tblasn et tblastx.

-f N (blastpgp)
Seuil d'extension des hits (11 par défaut)

-f (mégablaste)
Afficher les identifiants complets dans la sortie (par défaut : uniquement les IG ou les accessions)

-f (graine)
Forcer la recherche de modèles même s'ils sont trop probables

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
Ne pas effectuer d'alignement espacé (N/A pour tblastx)

-g (explosion2)
Utiliser un algorithme glouton pour les extensions espacées

-g F (mégablaste)
Faire en sorte que les mégablastes non contigus génèrent des mots pour chaque base de la base de données
(obligatoire avec le moteur BLAST actuel)

-h N (explosion2)
Pénalité de décalage de trame pour l'espacement hors trame (blastx, tblastn uniquement ; la valeur par défaut est
zéro)

-h X (blastpgp, impala)
seuil de valeur e pour inclusion dans le modèle multipass (par défaut = 0.002 pour blastpgp,
0.005 pour les impalas)

-i nom de fichier
Lire (première, requête) séquence ou définir à partir de nom de fichier (la valeur par défaut est stdin ; pas nécessaire pour
blastpgp en cas de redémarrage à partir de scoremat)

-j nom de fichier (bl2seq, explosion2)
Lire la deuxième séquence (sujet) ou définir à partir de nom de fichier

-j N (blastpgp)
Nombre maximum de passes à utiliser en version multipass (par défaut = 1)

-k str (explosion2)
Patron pour PHI-BLAST

-k nom de fichier (blastpgp, graine)
Fichier de hit d'entrée pour PHI-BLAST (par défaut = hit_file)

-l str (blastall, blastall_old, blastpgp, mégablast)
Restreindre la recherche de la base de données à la liste des IG [Chaîne]

-l nom de fichier (rpsblast)
Enregistrer les messages sur nom de fichier plutôt que l'erreur standard.

-m (bl2seq)
Utilisez Mega Blast pour la recherche

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
Impala, megablast, rpsblast) options d'affichage d'alignement :
0 par paire (par défaut)
1 identité d'affichage ancrée dans une requête
2 requêtes ancrées, pas d'identités
3 identités d'affichage ancrées à des requêtes plates
4 requêtes plates ancrées, pas d'identités
5 requêtes ancrées, pas d'identités et de bouts francs
6 requêtes plates ancrées, pas d'identités et d'extrémités émoussées
7 sortie XML Blast (non disponible pour impala)
8 tabulaire (non disponible pour impala)
9 tabulaires avec lignes de commentaires (non disponible pour impala)
10 texte ASN.1 (non disponible pour impala ou rpsblast)
11 binaire ASN.1 (non disponible pour impala ou rpsblast)

-n (explosion2)
Afficher les IG dans les ID de séquence

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
Recherche MegaBlast

-n (mégablaste)
Utiliser une extension non gourmande (programmation dynamique) pour les scores d'écart affines

-o nom de fichier
Rédiger le rapport d'alignement final à nom de fichier plutôt que stdout

-p str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Utiliser le "programme" (type de comparaison) strL’ DESCRIPTION la section couvre ce
option plus en détail.

-p str (blastpgp)
option de programme pour PHI-BLAST (par défaut = blastpgp)

-p X (mégablaste)
Seuil de pourcentage d'identité (par défaut = 0)

-p F (rpsblast)
La séquence de requête est un nucléotide, pas une protéine

-p str (graine)
nom du programme:
patmatchp indique quels modèles se produisent dans une séquence
patternp indique quelles séquences contiennent un motif

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Pénalité pour une incompatibilité de nucléotides (blastn uniquement) (par défaut = -10
pour le semis, -3 pour tout le reste)

-q N (blastpgp)
Saisie ASN.1 Scoremat des données des points de contrôle :
0 aucune entrée de scoremat (par défaut)
1 redémarrage à partir du fichier de point de contrôle ASCII scoremat
2 redémarrer à partir du fichier de point de contrôle binaire scoremat

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Récompense pour une correspondance de nucléotides (blastn uniquement) (par défaut = 10 pour
semis, -10 pour tout le reste)

-s (explosion2)
No-op (anciennement demandé de générer des mots pour chaque base de la base de données)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Calculez les alignements de Smith-Waterman localement optimaux. Pour blastall, blastall_old et
blastcl3, ceci n'est disponible qu'en mode tblastn gapped.

-s N (mégablaste)
Score de réussite minimal à signaler (0 pour le comportement par défaut)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Longueur d'un modèle de mot non contigu (le plus grand intron autorisé dans un
séquence nucléotidique lors de la liaison de plusieurs affectations distinctes ; par défaut = 0 ;
les valeurs négatives désactivent la liaison pour blastall, blastall_old et blastcl3.)

-t N[u] (blastpgp)
Ajustement du score basé sur la composition. Le premier caractère est interprété comme suit :
0, F ou f
pas de statistiques basées sur la composition
1 statistiques basées sur la composition comme dans NAR 29 : 2994-3005, 2001
2, T ou t
ajustement du score basé sur la composition comme dans Bioinformatique 21 : 902-911, 2005,
conditionné par les propriétés de la séquence au tour 1 (par défaut)
3 ajustement du score basé sur la composition comme dans Bioinformatique 21 : 902-911, 2005,
inconditionnellement au tour 1

Lorsque des statistiques basées sur la composition sont utilisées, l'ajout de u (insensible à la casse) à la
l'argument demande une valeur p unifiée combinant la valeur p d'alignement et la p- compositionnelle
valeur au tour 1 uniquement.

-t N (mégablaste)
Longueur d'un modèle de mot non contigu (mot contigu si 0 [défaut])

-u (explosion2)
Ne faire qu'un alignement non appairé (toujours TRUE pour tblastx)

-u str (blastcl3)
Restreindre la recherche de la base de données aux résultats de la recherche Entrez2

-u N (blastpgp)
ASN.1 Scoremat sortie des données de point de contrôle :
0 aucune sortie de scoremat (par défaut)
1 fichier de point de contrôle ASCII scoremat (nécessite -J)
2 fichiers binaires de point de contrôle scoremat (nécessite -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Nombre de descriptions d'une ligne à afficher (V) (par défaut =
500)

-w N (explosion2)
Taille de la fenêtre (distance maximale autorisée entre une paire de coups initiaux ; 0 invoque
comportement par défaut, -1 désactive plusieurs hits)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
Pénalité de décalage de trame (algorithme OOF pour blastx)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) X dropoff pour les extensions non affectées en bits (0.0 invoque la valeur par défaut
comportement : 20 pour blastn, 10 pour mégablast et 7 pour tous les autres.)

-y N (mégablaste)
Valeur de chute X pour l'extension non affectée (la valeur par défaut est 10)

-z N (explosion2)
Longueur d'intron la plus longue pour une liaison HSP à écart inégal (tblastn uniquement ; la valeur par défaut est 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
megablast, rpsblast) Longueur effective de la base de données (utiliser zéro pour la taille réelle)

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