Il s'agit de la commande indélébile qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
indélébile - simulateur puissant et flexible de l'évolution biologique
SYNOPSIS
indélébile
Aucune option ne peut être passée via la ligne de commande.
DESCRIPTION
indélébile peut simuler l'évolution d'un nucléotide, d'un acide aminé ou d'un codon multi-partitionnés
ensembles de données à travers les processus d'insertion, de suppression et de substitution en continu
temps. Tous les modèles évolutifs courants sont pris en charge.
La documentation complète pour indélébile est disponible sous
/usr/share/doc/indélébile/help/index.html.
CONFIGURATION
indélébile lit les paramètres d'une simulation exécutée à partir d'un fichier nommé contrôle.txt dans l'
répertoire actuel. Le fichier est divisé en blocs, chaque bloc contrôlant un
aspect particulier de la simulation. Les blocs peuvent contenir d'autres sous-blocs. Les commentaires peuvent
être donné dans le style C ou C++. Si indélébile est exécuté sans fichier de contrôle présent, un
exemple de fichier est généré.
[TAPER] type
Chaque fichier de contrôle doit commencer par un TYPE bloquer. Les types possibles sont NUCLÉOTIDE,
ACIDE AMINÉet CODON.
[LES PARAMÈTRES]
Ce bloc spécifie les préférences utilisateur non essentielles telles que les types de fichiers de sortie et
formats, graines pour le générateur de nombres aléatoires et sortie détaillée
rapports.
[MAQUETTE] nom du modèle
Ce bloc démarre un nouveau modèle évolutif à utiliser pour la simulation. Les
paramètres particuliers, y compris les modèles de substitution, les taux d'indel et le site de codons
les modèles sont contrôlés via des sous-modèles. nom du modèle peut être n'importe quel nom de votre choix.
[ARBRE] nom de l'arbre newick
Ce bloc est utilisé pour spécifier un arbre-guide avec le nom donné nom de l'arbre.
Les distances évolutives sont représentées par des longueurs de branches pour l'arbre dans NOUVEAU
le format.
[BRANCHES]
Ces blocs sont utilisés pour simuler des processus non stationnaires et non homogènes.
Différents modèles peuvent être spécifiés sur différentes branches de l'arbre de guidage permettant
branches d'avoir différents modèles de substitution, distribution de longueur indel, taux
hétérogénéité, composition de base, etc.
[PARTITION] nom de la partition
Au cours de chaque exécution, plusieurs partitions de séquence peuvent être simulées. Pour chaque partition
l'arbre-guide, le modèle évolutif et la longueur de la séquence doivent être spécifiés.
[ÉVOLUER]
Dans ce bloc, plusieurs répliques d'une partition peuvent être générées.
DROIT D'AUTEUR
Copyright © 2010 William Fletcher Licence GPLv3+ : GNU GPL version 3 ou ultérieure.
C'est un logiciel libre : vous êtes libre de le modifier et de le redistribuer. Il n'y a AUCUNE GARANTIE,
dans la mesure permise par la loi. Le texte complet de la licence est disponible sur
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
REMERCIEMENTS
William Fletcher et Ziheng Yang (2009). INDELible : un simulateur flexible de biologie
Évolution de séquence, Moléculaire Biologie ainsi que Évolution 26(8): 1879-1888.
Utilisez indélébile en ligne en utilisant les services onworks.net
