infoaligne - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

infoalign - Affiche des informations de base sur un alignement de séquences multiples

SYNOPSIS

infoaligner -séquence ensemble de séquences [-matrice matrice] [-réfseq un magnifique] -pluralité flotter
-identité flotter -fichier de sortie fichier de sortie [-html booléen] -seul booléen -titre booléen
-Etats-Unis booléen -patate douce booléen -séqlongueur booléen -aligner la longueur booléen -lacunes booléen
-compte d'écart booléen -compte d'identifiant booléen -compte sim booléen -compte différentiel booléen
-changement booléen -poids booléen -la description booléen

infoaligner -Aide

DESCRIPTION

infoaligner est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du "Alignement : Multiple, Récupération de données : Données de séquence"
groupe(s) de commande.

OPTIONS

Entrée
-séquence ensemble de séquences
L'alignement de séquence à afficher.

-matrice matrice
Il s'agit du fichier de matrice de notation utilisé lors de la comparaison des séquences. Par défaut c'est le
fichier 'EBLOSUM62' (pour les protéines) ou le fichier 'EDNAFULL' (pour les séquences nucléiques). Ces
se trouvent dans le répertoire 'data' de l'installation d'EMBOSS.

-réfseq un magnifique
Si vous donnez le numéro dans l'alignement ou le nom d'une séquence, elle sera prise en compte
être la séquence de référence. La séquence de référence est celle contre laquelle tous les
d'autres séquences sont comparées. S'il est défini sur 0, la séquence consensus sera
utilisé comme séquence de référence. Par défaut, la séquence consensus est utilisée comme
séquence de référence.

Avancé
-pluralité flotter
Fixez un seuil pour le % de correspondances positives en deçà duquel il n'y a pas de consensus.
La pluralité par défaut est prise comme 50 % du poids total de toutes les séquences dans le
alignement. Valeur par défaut : 50.0

-identité flotter
Fournit la possibilité de définir le nombre requis d'identités à une position pour
cela pour donner un consensus. Par conséquent, si cette valeur est définie sur 100 %, seules les colonnes d'identités
contribuer au consensus. Valeur par défaut : 0.0

Sortie
-fichier de sortie fichier de sortie
Si vous entrez le nom d'un fichier ici, ce programme écrira les détails de la séquence
dans ce fichier.

-html booléen
Valeur par défaut : N

-seul booléen
C'est un moyen de raccourcir la ligne de commande si vous voulez seulement que quelques choses soient
affiché. Au lieu de spécifier : '-nohead -nousa -noname -noalign -nogaps -nogapcount
-nosimcount -noidcount -nodiffcount -noweight' pour obtenir uniquement la sortie de longueur de séquence,
vous pouvez spécifier '-only -seqlength' Valeur par défaut : N

-titre booléen
Valeur par défaut : @(!$(uniquement))

-Etats-Unis booléen
Valeur par défaut : @(!$(uniquement))

-patate douce booléen
Valeur par défaut : @(!$(uniquement))

-séqlongueur booléen
Valeur par défaut : @(!$(uniquement))

-aligner la longueur booléen
Valeur par défaut : @(!$(uniquement))

-lacunes booléen
Valeur par défaut : @(!$(uniquement))

-compte d'écart booléen
Valeur par défaut : @(!$(uniquement))

-compte d'identifiant booléen
Valeur par défaut : @(!$(uniquement))

-compte sim booléen
Valeur par défaut : @(!$(uniquement))

-compte différentiel booléen
Valeur par défaut : @(!$(uniquement))

-changement booléen
Valeur par défaut : @(!$(uniquement))

-poids booléen
Valeur par défaut : @(!$(uniquement))

-la description booléen
Valeur par défaut : @(!$(uniquement))

Utiliser infoaligne en ligne en utilisant les services onworks.net