Il s'agit de la commande ipig qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
ipig - Intégration des PSM dans les visualisations du navigateur du génome
SYNOPSIS
ipig <psm fichier> |-g|-c|-cg [ ]
DESCRIPTION
iPiG cible l'intégration de correspondances de spectre de peptides (PSM) à partir de la spectrométrie de masse
(MS) identifications de peptides dans des visualisations génomiques fournies par un navigateur de génome tel
comme navigateur de génome UCSC (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG prend les PSM du format standard MS mzIdentML (*.mzid) ou au format texte et
fournit des résultats dans les formats de suivi du génome (fichiers BED et GFF3), qui peuvent être facilement
importés dans les navigateurs génomiques.
OPTIONS
<psm fichier>
indique le fichier avec les correspondances du spectre peptidique (mzid/txt)
-g, -gui
démarre l'interface utilisateur graphique d'iPiG
-c, -contrôle
démarre le contrôle des gènes, les fichiers nécessaires doivent être indiqués dans la configuration
filet
-cg, -controlgui
démarre l'interface utilisateur graphique du contrôle génétique
-d, -téléchargeur
démarre l'interface graphique de téléchargement
un fichier de configuration différent peut être indiqué (sinon ipig.conf est chargé par
défaut)
exigences supplémentaires:
en utilisant un mode non-gui, un fichier de configuration (ipig.conf par défaut) doit contenir plusieurs
paramètres supplémentaires, par exemple indiquant le génome de référence, etc.
en mode gui (-g ainsi que -cg), des paramètres supplémentaires peuvent être indiqués de deux manières, dans
l'interface ou avec un fichier de configuration également.
jetez un oeil à readme.txt et ipig.conf pour des exemples et plus de détails sur le
paramètres supplémentaires
Utilisez ipig en ligne en utilisant les services onworks.net
