king-probe - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

king-probe - Évaluer et visualiser l'emballage interatomique des protéines

DESCRIPTION

Syntaxe : probe input.pdb >> out.kin

ou : probe [flags] "src pattern" ["target pattern"] pdbfiles... >> out.kin

Drapeaux:
-Soi auto intersection : src -> src (par défaut)

-Tous les deux se croisent dans les deux sens : src <=> targ

-Une fois que intersection unique : src -> targ

-Dehors surface externe van der Waals de src (surface de contact du solvant)

-AUTObondrot nom de fichier
lire et traiter un fichier autobondrot

raccourcis :

< > idem : -4H -mc -la -soi "altA ogt33"

-DEFAUTS
idem : < >, mais autorise d'autres drapeaux

-SCSurface pareil que: -laissez tomber -rad1.4 -en dehors "pas d'eau"

-Exposé
pareil que: -laissez tomber -rad1.4 -en dehors (remarque : modèle de fournitures de l'utilisateur)

-Une surface
pareil que: -laissez tomber -rad0.0 -ajouter1.4 -en dehors "pas d'eau"

-ACCÈS
pareil que: -laissez tomber -rad0.0 -ajouter1.4 -en dehors (remarque : modèle de fournitures de l'utilisateur)

-NUMÉRISATION0 pareil que: -4H -mc -soi "alta blt40 ogt33"

-NUMÉRISATION1 pareil que: -4H -une fois que "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65,(pas de l'eau ogt33)"

-DUMPAtominfo
compter les atomes dans la sélection : src

(notez que BOTH et ONCE nécessitent deux modèles tandis que

OUT, SELF et DUMPATOMINFO nécessitent un seul modèle)

-Implicite
hydrogènes implicites

-Explicite
hydrogènes explicites (par défaut)

-Densité#
définir la densité de points (par défaut 16 points/sq A)

-Rayon#.#
régler le rayon de la sonde (par défaut 0.25 A)

-ADDvdw#.#
décalage ajouté aux rayons de Van der Waals (par défaut 0.0)

-SCALEvdw#.# facteur d'échelle pour les rayons de Van der Waals (par défaut 1.0)

-COSCale#.#
échelle C=O carbone Rayons de Van der Waals (par défaut 0.94)

-Pic dessiner une pointe au lieu de points (par défaut)

-Pic#.#
définir l'échelle de pointe (par défaut = 0.5)

-NOSpike
dessiner uniquement des points

-HB Régulier#.# chevauchement maximal pour les Hbonds normaux (par défaut = 0.6)

-HBChargé#.# max chevauchement pour les Hbonds facturés (par défaut = 0.8)

-Garder conserver les atomes non sélectionnés (par défaut)

-Tomber déposer les atomes non sélectionnés

-Limite limiter les points de relief à la distance maximale lors des baisers (par défaut)

-Sans limites
ne pas limiter les points de bosse

-Lentille ajouter le mot-clé objectif au fichier kin

-NOLEN
ne pas ajouter le mot-clé lens au fichier kin (par défaut)

-MC inclure les interactions chaîne principale->chaîne principale

-HET inclure des points dans les groupes HET sans eau (par défaut)

-NOHET
exclure les points pour les groupes HET sans eau

-Eaux
inclure des points à l'eau (par défaut)

-NOWATERs
exclure les points à arroser

-WAT2wat
montrer des points entre les eaux

-DUMPH2O
inclure l'eau H? liste de vecteurs en sortie

-4H étendre la suppression des points de la chaîne de liaison à 4 pour H (par défaut)

-3 limiter la suppression des points de la chaîne de liaison à 3

-2 limiter la suppression des points de la chaîne de liaison à 2

-1 limiter la suppression des points de la chaîne de liaison à 1

-IGNORER drop explicite "pattern": ignore les atomes sélectionnés par pattern

-DOCHO
reconnaître les CH..O Hbonds

-CHO#.#
facteur d'échelle pour le score CH..O Hbond (par défaut=0.5)

-PolaireH
utiliser des rayons courts d'hydrogènes polaires (par défaut)

-NOPolaireH
ne pas raccourcir les rayons des hydrogènes polaires

-NOFACEhbond ne pas identifier les HBonds aux faces aromatiques

-Nom "name" spécifie le nom du groupe (par défaut "dots")

-DOTMAÎTRE
nom du groupe utilisé comme maître supplémentaire={nom} sur les listes

-NOGroupe
ne pas générer d'instruction @group au format .kin

-Kinemage
ajouter l'instruction @kinemage 1 en haut de la sortie au format .kin

-Comptes
produire un compte de points-pas une liste de points

-Non formaté
sortie d'informations sur les points bruts

nom:pat:type:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
espY:spZ:spikeLen:score:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval :

-OFORMAT
informations de point de sortie formatées pour l'affichage en O

-XVFORMAT
informations de point de sortie formatées pour l'affichage dans XtalView

-UNE LIGNE
sortie une ligne :contacts:par:gravité:type:

-GAPcouleur
points de couleur par quantité d'espace (par défaut)

-ATOMcouleur
points de couleur par type d'atome

-Couleur de base
points de couleur par type de base d'acide nucléique

-COULEURBase
points de couleur par espace et type de base d'acide nucléique

-OUTCOULEUR "nom" spécifie la couleur du point pour -DEHORS (par défaut "gris")

-GAPPoids#
définir le poids pour les écarts de notation (par défaut 0.25)

-Poids BUMP# définir l'échelle relative pour marquer les bosses (par défaut 10.0)

-HBPoids#
définir l'échelle relative pour la notation des Hbonds (par défaut 4.0)

-DIVBas#.#
Division pour les catégories Bump (par défaut -0.4)

-DIVHaut#.#
Division pour les catégories de contact (par défaut 0.25)

-MINOCCupancy#.#
L'occupation en dessous est la même que zéro (par défaut 0.02)

-Élément
ajouter des boutons principaux pour différents éléments dans la sortie parent

-NOHBOUT
ne pas sortir les contacts pour les HBonds

-NOCLASHOUT
ne pas sortir les contacts pour les conflits

-NOVDWOUT
ne pas sortir les contacts pour les interactions van der Waals

-UNIQUEMENT BADOUT
onlybadout sortie de mauvais affrontements (contacts de chevauchement sévères)

-SOMMAIRE
sortie liste récapitulative des contacts et des affrontements

-UNE LIGNE
liste récapitulative de sortie sur une ligne

-AVIS
ne pas afficher le ticker de nom de résidu pendant le traitement

-STDBOND
supposer uniquement des modèles de liaison standard dans les résidus standard

-NOPARENT
ne pas lier les hydrogènes sur la base du tableau des atomes lourds parents

-SEGID utiliser le champ PDB SegID pour distinguer les résidus

-OLDU générer un style ancien -u sortie : kissEdge2BullsEye, etc.

-Verbeux
mode détaillé (par défaut)

-Référence
afficher la chaîne de référence

-Changements
afficher une liste des changements de programme

-Silencieux mode silencieux

-Aidez-moi afficher l'avis d'aide étendu (inclut d'autres indicateurs)

-VERSION
version une ligne vers stdout

Éléments du motif : (doit être mis entre guillemets sur la ligne de commande)

FILE# dans le fichier #

MODÈLE # dans le modèle #

CHAINEaa
au sein d'une chaîne

SEGaaaa
identifiant de segment aaaa (où _ représente un espace vide)

ALTa conformation alternative a

ATOMaaaa
nom de l'atome aaaa (où _ représente un blanc) (les 4 caractères sont utilisés donc H serait
ATOM_H__)

RESaaa résidu aaa

# résidu #

#un résidu #, insérez un

#-# plage de résidus # (insérer les codes ignorés)

un type de résidu par des codes à une lettre (par exemple, y)

aaa type de résidu par des codes à trois lettres (par exemple, tyr)

TOUS,PROTÉINES,MC,SC,BASE,ALPHA,BÊTA,AZOTE,CARBONE,
OXYGÈNE, SOUFRE, PHOSPHORE, HYDROGÈNE, MÉTAL, POLAIRE,
NON POLAIRE,CHARGE,DONATEUR,ACCEPTEUR,AROMATIQUE,METHYLE,HET,EAU,ADN,ARN

tout ou un sous-ensemble des atomes

OLT# Occupation inférieure à # (entier pourcentage)

OGT# Occupation supérieure à # (pourcentage entier)

BLT# Valeur B inférieure à # (entier)

BGT# Valeur B supérieure à # (entier)

INSa Insérer le code a (où _ représente un blanc)

DANS #.# DE #.#, #.#, #.#
atomes à distance du point

Les motifs peuvent être combinés dans des listes séparées par des virgules telles que "trp,phe,tyr" signifiant
TRP ou PHE ou TYR.

Les motifs séparés par des blancs doivent tous être vrais, par exemple "chainb 1-5" signifiant
résidus 1 à 5 dans la chaîne B.

Vous pouvez également grouper des motifs avec des parenthèses, séparer plusieurs motifs avec |
signifiant 'ou' et choisissez le complément avec NOT comme dans "not file1" signifiant pas dans
fichier 1.

Un fichier autobondrot est similaire aux autres fichiers d'entrée PDB mais il inclut des informations
identifier les atomes soumis à des rotations et à d'autres transformations.

Exemple de fragment de fichier autobondrot montrant la rotation des liaisons Calpha-Cbeta et un cycle périodique
fonction de pénalité de torsion pour cette rotation

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

bondrot:chi1:78.7 :
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos:-3:60:3 : ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

Les commandes Autobondrot utilisent des deux-points pour séparer les valeurs.
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # factice

Fonctions de polarisation :
COS:échelle:phaseOffset:fréquence POLY:échelle:offset:polynomialDegree CONST:value

Branchement :
ENREGISTRER et RESTAURATION ou "(" et ")"

(par exemple pour faire tourner chaque Chi et les méthyles pour l'isoleucine le

la séquence est : rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

Définir l'orientation : GO:angle1:angle2:... Inclure les fichiers : @filename Commentaires :
# texte de commentaire

sonde : version 2.13.110909, Copyright 1996-2011, J. Michael Word

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