Il s'agit de la commande kmc_tools-intersect qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
kmc_tools-intersect - calcule l'intersection de deux bases de données KMC
SYNOPSIS
kmc_tools couper <output
[output_params]>
DESCRIPTION
La base de données de sortie contiendra uniquement les k-mers présents dans les deux ensembles d'entrée. Les
la valeur du compteur dans la base de données de sortie est égale à la valeur de compteur inférieure dans l'entrée.
OPTIONS
Pour chaque entrée, il existe des paramètres supplémentaires :
-ci
exclure les k-mers se produisant moins de fois
-cx
exclure les k-mers survenant plus de fois
Pour la sortie, il existe des paramètres supplémentaires :
-ci
exclure les k-mers se produisant moins de fois
-cx
exclure les k-mers survenant plus de fois
-cs
valeur maximale d'un compteur
EXEMPLE
kmc -k28 fichier1.fastq kmers1 tmp
kmc -k28 fichier2.fastq kmers2 tmp
kmc_tools intersection kmers1 -ci10 -cx200 kmers2 -ci4 -cx100 kmers1_kmers2_intersect -ci20 -cx150
Utilisez kmc_tools-intersect en ligne à l'aide des services onworks.net
