Il s'agit de la commande kraken-build qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
kraken-build - attribuer des étiquettes taxonomiques à de courtes séquences d'ADN
SYNOPSIS
kraken-construire [tâche option] [Options]
DESCRIPTION
Tâche Options (exactement UN doit be choisi):
--download-taxonomie
Télécharger les informations taxonomiques du NCBI
--download-bibliothèque TYPE
Télécharger la bibliothèque partielle (TYPE = l'un des "bactéries", "plasmides", "virus", "humain")
--Ajouter à la bibliothèque DOSSIER
Ajouter FILE à la bibliothèque
--construire
Créer une base de données à partir de la bibliothèque (nécessite une taxonomie d/l'ed et au moins un fichier dans la bibliothèque)
--reconstruire
Créer une base de données à partir de la bibliothèque comme --construire, mais supprimez les fichiers existants hors bibliothèque/taxonomie
avant de construire
--nettoyer
Supprimer les fichiers inutiles d'une base de données construite
--rétrécir NOUVEAU_CT
Réduisez une base de données existante pour n'avoir que NEW_CT k-mers
--la norme
Télécharger et créer la base de données par défaut
--améliorer
Mettez à niveau une ancienne base de données existante pour utiliser l'ordre de réduction crypté (voir README
pour plus de détails)
--Aidez-moi Imprimer ce message
--version
Imprimer les informations sur la version
OPTIONS
--db Nom
Nom de la base de données/bibliothèque Kraken (obligatoire sauf pour --Aidez-moi/--version)
--threads #
Nombre de threads (déf : 1)
--new-db Nom
Nouveau nom de base de données Kraken (tâche de réduction uniquement ; obligatoire pour la tâche de réduction)
--kmer-len NUM
Longueur K-mer en pb (tâches de construction/réduction uniquement ; def : 31)
--minimizer-len NUM
Longueur du minimiseur en pb (tâches de construction/réduction uniquement ; def : 15)
--jellyfish-hachage-taille STR
Passez un argument de taille de hachage spécifique à jellyfish lors de la construction de la base de données (tâche de construction
seulement)
--max-db-taille TAILLE
Réduisez la base de données avant la construction complète, en vous assurant que la base de données et l'index utilisent ensemble <=
SIZE gigaoctets (tâche de génération uniquement)
--shrink-block-offset NUM
Lors du rétrécissement, sélectionnez le k-mer qui est NUM positions à partir de la fin d'un bloc de
k-mers (par défaut : 1)
--travail sur disque
Effectuez la plupart des opérations sur le disque plutôt que dans la RAM (cela ralentira la construction dans la plupart des
cas)
Utilisez kraken-build en ligne en utilisant les services onworks.net
